exponenta event banner

Анализ микрочипов

Экспрессия генов и анализ генетических вариантов данных микрочипов

Микрочипы содержат олигонуклеотидные или кДНК зонды для измерения уровней экспрессии генов в геномной шкале. Биоинформатика Toolbox™ позволяет предварительно обрабатывать данные экспрессии из микрочипов с помощью различных методов нормализации и фильтрации. Используйте нормализованные данные для идентификации дифференциально экспрессируемых генов и выполните анализ обогащения результатов экспрессии с использованием Gene Ontology. Можно также обнаружить генетические варианты, такие как вариации числа копий (CNV) и однонуклеотидный полиморфизм (SNP), из данных сравнительной геномной гибридизации (CGH). Визуализация сетей взаимодействия гена и белка с белком с использованием алгоритмов теории графов.

  • Импорт данных и управление ими
    Импортируйте данные и аннотации из Affymetrix ® GeneChip ®, Illumina ®, Agilent ®, Gene Expression Omnibus (GEO), ImaGene ®, SPOT, GenePix ® GPR и GAL; управление экспериментальными данными и образцами метаданных в соответствии со стандартом MIAME
  • Предварительная обработка
    Подготовка необработанных данных микрочипов для анализа с использованием фоновой корректировки, нормализации и фильтрации выражений; обширная предварительная обработка данных Affymetrix и Illumina. Извлечение аннотаций зонда из файлов библиотеки
  • Анализ выражений
    Выявление, визуализация и классификация дифференциально экспрессируемых генов и профилей экспрессии
  • Анализ генетических вариантов
    Найти, проанализировать и визуализировать генетические варианты, такие как вариации числа копий (CNV) и однонуклеотидные полиморфизмы (SNP)
  • Генная онтология
    Информация о генной онтологии (GO) в реальном времени; анализ обогащения результатов экспрессии микрочипов с использованием сетей Gene Ontology
  • Анализ и визуализация сети
    Применять базовые алгоритмы теории графов к белково-белковым взаимодействиям (PPI) и другим генным сетям; просмотр сетевых связей с использованием интерактивных карт, графиков иерархии и путей

Характерные примеры