Exponenta Banner
exponenta event banner

свойство name

Класс: термин

Вектор символов только для чтения, представляющий имя термина GO

Описание

name является свойством класса терминов, доступным только для чтения. name - символьный вектор, представляющий имя члена GO.

Ценности

Возможные значения - это любое имя, используемое для термина в базе данных Gene Ontology. Используйте name для определения имен объектов терминов или для доступа или фильтрации объектов терминов по имени.

Примеры

Пример 85. Использование свойства name для определения имени объекта-термина

  1. Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology из Интернета в объект geneont в программном обеспечении MATLAB ®.

    GeneontObj = geneont('LIVE', true)

    Программа MATLAB создает объект geneont и отображает количество объектов терминов, связанных с объектом geneont. 

    Gene Ontology object with 27769 Terms.

  2. Отображение имени объекта-термина на 157-й позиции в объекте geneont, GeneontObj.

    GeneontObj.terms(157).name

ans =

  cytosolic small ribosomal subunit

Совет

Если известен идентификатор GO (например, 181) объекта-термина вместо его индекса или номера позиции (например, 157), можно использовать следующий синтаксис для отображения имени объекта-термина:

GeneontObj(181).terms.name

Для получения справки по преобразованию индекса или номера позиции объекта-члена в идентификатор GO см. term.id собственность.

Пример 86. Использование свойства имени для поиска и отображения объектов-терминов

  1. Найти индекс или номер позиции объекта-члена, чей name свойство - 'membrane'.

    membrane_index = find(strcmp(get(GeneontObj.terms,'name'),'membrane'))

membrane_index =

        9556

  2. Используйте этот индекс или номер позиции и id для определения идентификатора GO объекта термина.

    membrane_goid = GeneontObj.terms(membrane_index).id

membrane_goid =

       16020

  3. Используйте этот идентификатор GO в качестве входных данных для getrelatives метод поиска идентификаторов GO других объектов-терминов, являющихся непосредственными родственниками объекта-термина, чьи name свойство - 'membrane'.

    relative_ids = getrelatives(GeneontObj,membrane_goid)

relative_ids =

        5628
        5886
       16020
       19867
       30673
       31090
       34045
       34357
       42175
       42622
       42734
       44464
       45211
       48475
       60342

  4. Перечислите name свойства этих объектов терминов. 

    get(GeneontObj(relative_ids).terms,'name')

ans = 

    'prospore membrane'
    'plasma membrane'
    'membrane'
    'outer membrane'
    'axolemma'
    'organelle membrane'
    'pre-autophagosomal structure membrane'
    'photosynthetic membrane'
    'nuclear envelope-endoplasmic reticulum network'
    'photoreceptor outer segment membrane'
    'presynaptic membrane'
    'cell part'
    'postsynaptic membrane'
    'coated membrane'
    'photoreceptor inner segment membrane'

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка