Exponenta Banner
exponenta event banner

устаревшее свойство

Класс: термин

Логическое значение только для чтения, указывающее, является ли термин GO устаревшим

Описание

obsolete является свойством класса терминов, доступным только для чтения. obsolete - логическое значение, указывающее, является ли термин GO устаревшим (1) или не устарело (0).

Ценности

1 - Устаревшие
0 - Не устарело

Используйте obsolete свойство для определения того, является ли объект-термин устаревшим, или для доступа к объектам-терминам или фильтрации их по устаревшему значению.

Примеры

Пример 87. Использование устаревшего свойства для определения устаревшего статуса объекта-термина

  1. Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology из Интернета в объект geneont в программном обеспечении MATLAB ®.

    GeneontObj = geneont('LIVE', true)

    Программа MATLAB создает объект geneont и отображает количество объектов терминов, связанных с объектом geneont. 

    Gene Ontology object with 27769 Terms.

  2. Отображение устаревшего статуса объекта-термина на третьей и седьмой позициях в объекте geneont. GO

    GeneontObj.terms(3).obsolete

ans =

     0

GeneontObj.terms(7).obsolete

ans =

     1

Совет

Если известен идентификатор GO (например, 8) объекта-термина вместо его индекса или номера позиции (например, 7), можно использовать следующий синтаксис для отображения устаревшего статуса объекта-термина:

GeneontObj(8).terms.obsolete

Для получения справки по преобразованию индекса или номера позиции объекта-члена в идентификатор GO см. term.id собственность.

Пример 88. Фильтрация объектов терминов по устаревшему состоянию

  1. Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology из Интернета в объект geneont в программном обеспечении MATLAB.

    GeneontObj = geneont('LIVE', true)

    Программа MATLAB создает объект geneont и отображает количество объектов терминов, связанных с объектом geneont.

    Gene Ontology object with 27769 Terms.

  2. Отображение массива структуры, содержащего 27 786 объектов-членов, связанных с объектом geneont.

    GeneontObj.terms

27786x1 struct array with fields:
    id
    name
    ontology
    definition
    comment
    synonym
    is_a
    part_of
    obsolete

  3. Создание массива ячеек логиков со списком obsolete для каждого члена в объекте geneont.

    obsolescence = get(GeneontObj.terms,'obsolete');

  4. Создайте логическую маску из массива ячеек, которая идентифицирует все несолевые члены.

    mask = ~cell2mat(obsolescence);

  5. Применить логическую маску ко всем терминам в GeneontObj geneont возвратить структуру, содержащую только те термины, которые не устарели.

    nonobsolete_terms = GeneontObj.terms(mask)

26424x1 struct array with fields:
    id
    name
    ontology
    definition
    comment
    synonym
    is_a
    part_of
    obsolete

    Существует 26 424 термина, которые не устарели.

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка