свойство онтологии

Вектор символов только для чтения, описывающий онтологию термина GO

Описание

ontology является свойством класса терминов, доступным только для чтения. ontology - вектор символов, описывающий онтологию члена GO.

Ценности

'molecular function'

'biological process'

'cellular component'

Используйте ontology свойство для определения онтологии объектов терминов или для доступа или фильтрации объектов терминов по онтологии.

Примеры

Пример 89. Использование свойства онтологии для определения онтологии термина «объект»

Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology из Интернета в объект geneont в программном обеспечении MATLAB ®.
```
GeneontObj = geneont('LIVE', true)
```
Программа MATLAB создает объект geneont и отображает количество объектов терминов, связанных с объектом geneont.
```
Gene Ontology object with 27769 Terms.
```
Отображение онтологии объекта-термина в 155-й позиции в объекте geneont, GeneontObj.
```
GeneontObj.terms(155).ontology

ans =

molecular function
```

Совет

Если известен идентификатор GO (например, 179) объекта-термина вместо его индекса или номера позиции (например, 155), можно использовать следующий синтаксис для отображения онтологии объекта-термина:

GeneontObj(179).terms.ontology

Для получения справки по преобразованию индекса или номера позиции объекта-члена в идентификатор GO см. term.id собственность.

Пример 90. Фильтрация объектов терминов по антологии сотовых компонентов

Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology из Интернета в объект geneont в программном обеспечении MATLAB.
```
GeneontObj = geneont('LIVE', true)
```
Программа MATLAB создает объект geneont и отображает количество объектов терминов, связанных с объектом geneont.
```
Gene Ontology object with 27769 Terms.
```
Отображение массива структуры, содержащего 27 786 объектов-членов, связанных с объектом geneont.
```
GeneontObj.terms

27786x1 struct array with fields:
    id
    name
    ontology
    definition
    comment
    synonym
    is_a
    part_of
    obsolete
```

Просмотрите свойства объекта-термина в 14, 723-й позиции в объекте geneont.

GeneontObj.terms(14723)

            id: 31655
          name: 'negative regulation of heat dissipation'
      ontology: 'biological process'
    definition: [1x113 char]
       comment: ''
       synonym: {4x2 cell}
          is_a: [3x1 double]
       part_of: 31653
      obsolete: 0

Создайте массив ячеек из векторов символов, которые перечисляют ontology для каждого члена в объекте geneont.
```
ontologies = get(GeneontObj.terms,'ontology');
```
Создание логической маски, идентифицирующей все термины с помощью ontology имущество cellular component.
```
mask = strcmp(ontologies,'cellular component');
```
Применить логическую маску ко всем терминам в GeneontObj geneont object для возврата структуры, содержащей только термины с ontology имущество cellular component.
```
cell_comp_terms = GeneontObj.terms(mask)

2362x1 struct array with fields:
    id
    name
    ontology
    definition
    comment
    synonym
    is_a
    part_of
    obsolete
```
Существует 2362 условия с ontology имущество cellular component.

Документация

свойство онтологии

Описание

Ценности

Примеры

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка