Exponenta Banner
exponenta event banner

свойство синонима

Класс: термин

Массив только для чтения, содержащий термины GO, которые являются синонимами этого термина GO

Описание

synonym является свойством класса терминов, доступным только для чтения. synonym - массив ячеек из двух столбцов, содержащий термины GO, которые являются синонимами этого термина GO. Первый столбец содержит вектор символов, определяющий тип синонима, например: 'exact_synonym', 'related_synonym', 'broad_synonym', 'narrow_synonym', или 'alt_id'. Второй столбец содержит идентификатор GO синонимического термина или символьный вектор, описывающий синонимический термин.

Ценности

Возможные значения - это идентификаторы терминов GO из базы данных Gene Ontology. Используйте synonym свойство для определения идентификаторов GO объектов синонимичных терминов.

Примеры

Пример 92. Использование свойства синонима для определения синонимичных терминов

  1. Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology из Интернета в объект geneont в программном обеспечении MATLAB ®.

    GeneontObj = geneont('LIVE', true)

    Программа MATLAB создает объект geneont и отображает количество объектов терминов, связанных с объектом geneont. 

    Gene Ontology object with 27769 Terms.

  2. Отображение объектов-терминов, синонимичных объекту-термину в третьей позиции объекта geneont. GeneontObj.

    synonyms = GeneontObj.terms(3).synonym

synonyms = 

    'alt_id'           'GO:0019952'
    'alt_id'           'GO:0050876'
    'exact_synonym'     [1x39 char]

  3. Поскольку точный синоним не имеет указанного идентификатора GO, отобразите текст этого синонима.

    synonyms(3,2)

ans = 

    '"reproductive physiological process" []'

  4. Отображение объектов-терминов, синонимичных объекту-термину в 352-й позиции в объекте geneont, GeneontObj.

    GeneontObj.terms(352).synonym

ans = 

    'alt_id'             'GO:0006374'        
    'alt_id'             'GO:0006375'        
    'related_synonym'             [1x26 char]
    'related_synonym'             [1x26 char]
    'narrow_synonym'              [1x51 char]
    'narrow_synonym'              [1x50 char]
    'broad_synonym'      '"mRNA splicing" []'
    'broad_synonym'               [1x22 char]

Совет

Если известен идентификатор GO (например, 398) объекта-термина вместо его индекса или номера позиции (например, 352), можно использовать следующий синтаксис для отображения синонима объекта-термина:

GeneontObj(398).terms.synonym

Для получения справки по преобразованию индекса или номера позиции объекта-члена в идентификатор GO см. term.id собственность.

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка