Приложение Sequence Viewer объединяет многие функции последовательности в панели инструментов Toolbox™ биоинформатики. Вместо ввода команд в окне команд MATLAB ® можно выбрать и ввести параметры с помощью приложения.
Следующая процедура иллюстрирует, как просмотреть аминокислотную последовательность для ORF, расположенной в нуклеотидной последовательности. Можно импортировать собственную аминокислотную последовательность или получить белковую последовательность из базы данных GenBank ®. В этом примере используется регистрационный номер NP_000511 GenBank, который является альфа-субъединицей для человеческого фермента, связанного с болезнью Тэя-Сакса.
Выберите Файл > Загрузить последовательность из > NCBI.
Откроется диалоговое окно Загрузить последовательность из NCBI (Download Sequence from NCBI).
В диалоговом окне введите номер присоединения для записи базы данных NCBI, например, NP_000511. Нажмите кнопку «Белок» и нажмите кнопку «ОК».
Средство просмотра последовательностей обращается к базе данных NCBI в Интернете и загружает информацию об аминокислотной последовательности для введенного номера присоединения.
Выберите Отображение > Аминокислотная цветовая схема, а затем выберите Заряд, Функция, Гидрофобность, Структура или Тейлор. Например, выберите «Функция».
Цвета дисплея изменяются для выделения информации о зарядах аминокислотных остатков. Следующая таблица показывает цветовые легенды для аминокислотных цветовых схем.
| Аминокислотная цветовая схема | Легенда цвета |
|---|---|
| Обвинение |
|
| Функция |
|
| Гидрофобность |
|
| Структура |
|
| Тейлор | Каждой аминокислоте присвоен свой цвет, основанный на цветах, предложенных W.R. Taylor. |
Закройте средство просмотра последовательностей из командной строки MATLAB, используя следующий синтаксис:
seqviewer('close')[1] Тейлор, W.R. (1997). Остаточные цвета: предложение по аминохромографии. Белковая инженерия 10, 7, 743-746.