Интеграция скомпилированных функций MATLAB в приложение Java требует использования комбинации API. Компилятор MATLAB SDK™ использует API для инициализации среды выполнения MATLAB, загрузки скомпилированных функций MATLAB в среду выполнения MATLAB и управления данными, передаваемыми между кодом Java и средой выполнения MATLAB. Компилятор генерирует некоторые API на основе сигнатур скомпилированных функций. Среда выполнения MATLAB предоставляет другие API, согласованные для всех приложений.
API Java облегчают разработку распределенных приложений с функциями для развертывания активных фигур через Интернет и крючками для использования RMI.