Создание 4-D тома из набора изображений DICOM
V = dicomreadVolume(source)V, из набора файлов Digital Imaging and Communications in Medicine (DICOM), указанных source. dicomreadVolume определяет правильный порядок изображений и создает 4-D объем.
Примечание
Если вход является объемом DICOM, то функция возвращает данные тома после проверки порядка следования фрагментов изображения во входном томе. Когда фрагменты изображения находятся не в соответствующем порядке, функция корректирует порядок перед возвратом выходных данных.
V = dicomreadVolume(sourcetable)sourcetable. Таблица должна содержать только одну строку, указывающую метаданные для тома DICOM.
V = dicomreadVolume(sourcetable,rowname)rowname многострочной таблицы. Использовать этот синтаксис при sourcetable содержит несколько строк.
Загрузите данные тома из папки, содержащей файлы изображений DICOM. Используйте squeeze для удаления любых одиночных размеров.
[V,spatial,dim] = dicomreadVolume(fullfile(matlabroot,'toolbox/images/imdata/dog'));
V = squeeze(V);Отображение 4-D объема DICOM. Создание карты цветов и карты альфа (прозрачности) для изображений с магнитным резонансом (MR).
intensity = [0 20 40 120 220 1024]; alpha = [0 0 0.15 0.3 0.38 0.5]; color = ([0 0 0; 43 0 0; 103 37 20; 199 155 97; 216 213 201; 255 255 255])/ 255; queryPoints = linspace(min(intensity),max(intensity),256); alphamap = interp1(intensity,alpha,queryPoints)'; colormap = interp1(intensity,color,queryPoints);
Настройте панель отображения.
ViewPnl = uipanel(figure,'Title','4-D Dicom Volume');
Просмотрите объем с помощью пользовательской карты цветов и альфа-карты.
volshow(V,'Colormap',colormap,'Alphamap',alphamap,'Parent',ViewPnl);
Отображение возвращенной пространственной структуры из dicomreadVolume. Структура содержит пространственную информацию о входных файлах изображения DICOM.
spatial
spatial = struct with fields:
PatientPositions: [22×3 double]
PixelSpacings: [22×2 double]
PatientOrientations: [2×3×22 double]
Отображение информации о размерах из dicomreadVolume. Значение указывает, что смещение фрагмента является наибольшим вдоль z-размерность.
dim
dim = 3
Сбор сведений о файлах DICOM, содержащихся в папке, с помощью dicomCollection функция. Функция возвращает сведения о доступных метаданных DICOM в виде таблицы.
sourcetable = dicomCollection(fullfile(matlabroot,'toolbox/images/imdata'));Просмотрите таблицу. Таблица содержит несколько строк, каждая из которых содержит метаданные для наборов образов DICOM, имеющихся в указанной папке.
sourcetable
sourcetable=5×14 table
StudyDateTime SeriesDateTime PatientName PatientSex Modality Rows Columns Channels Frames StudyDescription SeriesDescription StudyInstanceUID SeriesInstanceUID Filenames
____________________ ________________________ _______________ __________ ________ ____ _______ ________ ______ ________________ _________________ __________________________________________________________________ __________________________________________________________________ ___________________________________________________________________________________________________________________
s1 30-Apr-1993 11:27:24 {[30-Apr-1993 11:27:24]} "Anonymized" "" "CT" 512 512 1 1 "RT ANKLE" "" "1.2.840.113619.2.1.1.322987881.621.736170080.681" "1.2.840.113619.2.1.2411.1031152382.365.736169244" {["Y:\jobarchive\Bdoc19b\2019_05_27_h05m12s43_job1128383_pass\matlab\toolbox\images\imdata\CT-MONO2-16-ankle.dcm"]}
s2 14-Dec-2013 15:47:31 {[14-Dec-2013 15:54:33]} "GORBERG MITZI" "F" "MR" 512 512 1 22 "CSP" "AX T2" "1.2.840.113619.2.244.3596.11880862.13689.1386517653.214" "1.2.840.113619.2.244.3596.11880862.13689.1386517653.217" {22×1 string }
s3 03-Oct-2011 19:18:11 {[03-Oct-2011 18:59:02]} "" "M" "MR" 512 512 1 1 "RIGHT KNEE" "" "1.3.6.1.4.1.9590.100.1.2.320418845013189618318250681693358291211" "1.3.6.1.4.1.9590.100.1.2.287740981712351622214874344032214809569" {["Y:\jobarchive\Bdoc19b\2019_05_27_h05m12s43_job1128383_pass\matlab\toolbox\images\imdata\knee1.dcm" ]}
s4 03-Oct-2011 19:18:11 {[03-Oct-2011 19:05:04]} "" "M" "MR" 512 512 1 1 "RIGHT KNEE" "" "1.3.6.1.4.1.9590.100.1.2.320498134711034521212730362051554545799" "1.3.6.1.4.1.9590.100.1.2.316302984111738034326701385064023497963" {["Y:\jobarchive\Bdoc19b\2019_05_27_h05m12s43_job1128383_pass\matlab\toolbox\images\imdata\knee2.dcm" ]}
s5 30-Jan-1994 11:25:01 {0×0 double } "Anonymized" "" "US" 430 600 1 10 "Echocardiogram" "PS LAX MR & AI" "999.999.3859744" "999.999.94827453" {["Y:\jobarchive\Bdoc19b\2019_05_27_h05m12s43_job1128383_pass\matlab\toolbox\images\imdata\US-PAL-8-10x-echo.dcm"]}
Создайте 4-D объем DICOM из изображения DICOM, заданного в таблице. Укажите имя строки, содержащей требуемый набор образов DICOM. Установка параметра 'MakeIsotropic' кому true для создания изотропного объема. Используйте squeeze для удаления любых одиночных размеров.
V = dicomreadVolume(sourcetable,'s2','MakeIsotropic',true); V = squeeze(V);
Отображение объема изотропного 4-D DICOM с помощью volshow функция. Создайте карту цветов и альфа-карту (прозрачность) для MR-изображений.
intensity = [0 20 40 120 220 1024]; alpha = [0 0 0.15 0.3 0.38 0.5]; color = ([0 0 0; 43 0 0; 103 37 20; 199 155 97; 216 213 201; 255 255 255])/255; queryPoints = linspace(min(intensity),max(intensity),256); alphamap = interp1(intensity,alpha,queryPoints)'; colormap = interp1(intensity,color,queryPoints);
Настройте панель отображения.
ViewPnl = uipanel(figure,'Position',[0 0 1 1],'Title','Isotropic 4-D Dicom Volume');
Просмотрите объем с помощью пользовательской карты цветов и альфа-карты.
volshow(V,'Colormap',colormap,'Alphamap',alphamap,'CameraPosition',[3 3 4],'Parent',ViewPnl);
V - 4-D объем DICOM4-D том DICOM, возвращаемый в виде числового массива.
Размеры V [строки, столбцы, выборки, срезы], где выборки - количество цветовых каналов на воксель. Например, тома в градациях серого имеют один образец, а тома RGB - три образца. Используйте squeeze функция для удаления любых одиночных размеров, например, когда образец равен 1.
spatial - Расположение, разрешение и ориентация входных изображений DICOMМестоположение, разрешение и ориентация фрагментов, собранных из метаданных входных изображений DICOM, возвращаемых в виде структуры со следующими полями.
Пространственная структура
| Области | Описание |
|---|---|
PatientPositions | (x, y, z) триплет первого пикселя в каждом срезе, измеренный в миллиметрах от начала координат системы координат сканера |
PixelSpacings
| Расстояние между соседними строками и столбцами в пределах каждого фрагмента, в миллиметрах |
PatientOrientations
| Пара триплетов направление-косинус, которые обозначают направление строк и столбцов в каждом срезе относительно положения пациента |
Дополнительные сведения об атрибутах DICOM см. в части 3 стандарта DICOM, раздел C.7.6.2.
dim - Размер с наибольшим смещением 1 | 2 | 3Размер с наибольшим смещением, возвращаемый как 1, 2, или 3. Значение обозначает размер в 3-D системе координат, которая имеет наибольшую величину смещения между соседними срезами во входных данных DICOM.
Если наибольшее смещение вдоль размера x, то dim равно 1.
Если наибольшее смещение вдоль размера y, то dim равно 2.
Если наибольшее смещение находится вдоль размера z, то dim равно 3.
Обозреватель DICOM | dicomCollection | dicominfo | dicomread | tiffreadVolume