Создание простой модели

В этом примере показано, как построить простую модель с двумя видами (A и B) и реакцией. Реакция A -> B, которая следует за кинетикой массового действия с параметром прямой скорости k. Следовательно, скорость изменения равна $\mathrm{dA/dt}=-k$* A.

Создание модели SimBiology с именем simpleModel.

m1 = sbiomodel('simpleModel');

Добавьте реакцию, которая включает два вида A и B, где A преобразуется в B.

r1 = addreaction(m1,'A -> B');

SimBiology автоматически добавляет виды A и B к модели.

m1.species

ans = 
   SimBiology Species Array

   Index:    Compartment:    Name:    Value:    Units:
   1         unnamed         A        0               
   2         unnamed         B        0               

Установить начальное количество первого вида (A) до 10.

m1.species(1).InitialAmount = 10;

Определите кинетический закон реакции, чтобы следовать кинетике массового действия. Этого можно достичь, добавив к реакции объект кинетического закона. r1.

kineticLaw = addkineticlaw(r1,'MassAction');

Добавьте параметр константы скорости к кинетическому закону массового действия. Необходимо установить ParameterVariableNames свойство объекта kinetic law к имени параметра 'k' чтобы можно было определить скорость реакции.

p1 = addparameter(kineticLaw,'k',0.5);
kineticLaw.ParameterVariableNames = 'k';

Моделирование модели.

sd = sbiosimulate(m1);

Постройте график результатов моделирования.

sbioplot(sd);