simbiology | Открыть построитель моделей SimBiology |
sbiomodel | Создание объекта модели |
sbioroot | Вернуть корневой объект SimBiology |
sbioreset | Удаление всех объектов модели |
sbioselect | Поиск объектов с указанными ограничениями |
sbiolastwarning | Последнее предупреждение SimBiology |
sbiolasterror | Последнее сообщение об ошибке SimBiology |
verify | Проверка и проверка модели SimBiology |
addcompartment | Создать объект-отсек |
addobservable | Добавление наблюдаемого объекта в модель SimBiology |
addspecies | Создание видового объекта и добавление к объекту-отсеку в объекте-модели |
addparameter | Создание объекта параметра и добавление в модель или объект кинетического закона |
addreaction | Создание объекта реакции и добавление к объекту модели |
addrule | Создание объекта правила и добавление к объекту модели |
addevent | Добавить объект события в объект модели |
findUnusedComponents | Поиск неиспользуемых видов, параметров и отсеков в модели |
findUsages(species,parameter,compartment) | Узнайте, как в модели используется вид, параметр или отсек |
findUsages | Узнайте, как наблюдаемый объект используется в модели SimBiology |
findUsages(unit,unitprefix) | Узнайте, как используется единица измерения или префикс единицы измерения |
findUsages(AbstractKineticLaw) | Узнайте, как используется объект AbstractKineticLaw |
updateInitialAssignments | Обновление правил начального назначения для удаления зависимостей заказа |
Model | Информация о модели и компонентах |
Observable | Объект, содержащий выражение для расчетов после моделирования |
Compartment | Объект, содержащий информацию о отсеке |
Species | Объект, содержащий видовую информацию |
Parameter | Информация о параметрах и объеме |
Reaction | Объект, содержащий информацию о реакции модели |
KineticLaw | Информация о кинетическом законе для реакции |
Rule | Правило удержания для видов и параметров |
Event | Хранить информацию о событии |
Root | Хранение моделей, библиотек единиц измерения и библиотек абстрактного кинетического права |
PKModelDesign object | Вспомогательный объект для построения фармакокинетической модели |
PKCompartment object | Используется PKModelDesign для создания модели SimBiology |
PKModelMap object | Определение ролей компонентов модели SimBiology |
construct | Построить модель SimBiology из PKModelDesign объект |
addCompartment | Добавить отсек в PKModelDesign объект |
| Построитель моделей SimBiology | Создание моделей QSP, PK/PD и механистической системной биологии в интерактивном режиме |
| Анализатор модели SimBiology | Анализ моделей QSP, PK/PD и механистической системной биологии |
Создание модели кинетики рецептор-лиганд
В этом примере показано, как создать и смоделировать простую модель кинетики рецептор-лиганд с помощью приложений SimBiology Model Builder и SimBiology Model Analyzer.
Включение ингибирования рецептора 2 (SGLT2) со-переносчика натрия-глюкозы гипотетическим соединением в существующую модель глюкоза-инсулин.
В этом примере показано, как создать простую модель программным путем.
В этом примере показано, как построить простую модель регуляции генов и смоделировать ее.
Создание и моделирование модели с помощью пользовательской функции
В этом примере показано, как создать пользовательскую функцию и включить ее в моделирование модели.
Модель SimBiology ® - это динамическая система, описанная набором величин и математических выражений.
Систему уравнений, созданную SimBiology, можно просмотреть при построении модели с использованием реакций, правил, событий, вариантов и доз.
A species object представляет собой вид, который представляет собой количество химического вещества или образования, которое участвует в реакциях.
Определения и оценки правил в моделях SimBiology
Правила - это математические выражения, позволяющие определять или изменять величины модели, а именно вместимость отсека, количество видов или значение параметра.
Определения и оценки реакций в моделях SimBiology
Реакция - это математическое выражение, описывающее процесс трансформации, переноса или связывания, который изменяет один или несколько видов.
Определение скорости реакции с помощью кинетики массового действия
Используйте кинетику массовых действий для определения реакций нулевого, первого, второго и обратимого порядка.
Определение скорости реакции с помощью кинетики фермента
Используйте дифференциальные уравнения, кинетику массового действия или кинетику Михаэлиса-Ментена для определения реакций фермента.
В SimBiology событие является дискретным переходом в значении величины или выражения в модели.
Используйте дозы для моделирования различных режимов дозирования.
Создание фармакокинетических моделей
SimBiology позволяет создавать одно-, двух- или многокамерные фармакокинетические модели для моделирования модели и оценки параметров.
SimBiology позволяет найти виды, параметры, отсеки и наблюдаемые, которые не используются в модели, и узнать, как они используются.
Оценка имен компонентов модели в выражениях
SimBiology следует некоторым правилам приоритета при вычислении имен в выражениях.