System Biology Markup Language (SBML) - стандартный формат совместного использования моделей системной биологии различными программными средствами моделирования и симуляции. Текущая спецификация доступна по адресу http://sbml.org/documents/.
Импорт модели SBML из файла или URL-адреса с помощью sbmlimport.
SimBiology ® поддерживает подмножество спецификации SBML уровня 3 версии 1. Следующие функции SBML не импортируются в модель SimBiology :
Кусочная кинетика - загружаются модели с кусочной кинетикой, но определения кусочной кинетики игнорируются.
Несовместимые имена переменных MATLAB ® вUnitDefinition - Модели с именами переменных, несовместимыми с MATLAB в UnitDefinition не загружены и отображается сообщение об ошибке.
hasOnlySubstanceUnits не имеет соответствующего свойства в видовом объекте SimBiology. Вместо этого, если у вида нет единиц, SimBiology использует DefaultSpeciesDimension свойство для определения того, следует ли интерпретировать названия видов в выражениях как количества или концентрации веществ. При установке DefaultSpeciesDimension кому substance и не указывать единицы, SimBiology интерпретирует названия видов как количества веществ и не масштабирует ни по какой емкости (объему) отсека. Если свойство имеет значение concentrationназвания видов интерпретируются как концентрации и масштабируются по соответствующей вместимости отделения. SimBiology не позволяет задать начальное значение вида как концентрацию или количество вещества независимо от того, как вы ссылаетесь на него в выражениях. Чтобы обеспечить лучшую совместимость с моделями SBML, имеющими этот атрибут, SimBiology добавляет правило начального назначения или соответствующие единицы во время процесса импорта. Дополнительные сведения см. в разделе «Вопросы совместимости» sbmlimport.
Модели, содержащие другие модели в качестве подмоделей, загружаются, но подмодели игнорируются.
fast атрибут любого объекта реакции игнорируется.
delay, priority, initialValue, и persistent атрибуты объектов событий игнорируются.
XOR, OR, и AND логические операторы, имеющие три или более аргументов, не поддерживаются. Они поддерживаются только для двоичных операций.
Можно импортировать модели SBML с определениями функций. SimBiology заменяет определения функций соответствующими математическими выражениями.
Можно также загрузить модели SBML, которые используют идентификаторы реакций для привязки скоростей реакций в математических выражениях. SimBiology заменяет ссылки соответствующими скоростями реакции.
В файл формата SBML включена следующая информация о модели SimBiology:
Отделения, виды, параметры, реакции, правила и события, которые определены в модели и имеют свои Active свойство имеет значение true.
Все определения единиц измерения в формате, совместимом с SBML.
Свойства компонента модели с эквивалентами SBML, такими как примечания, и значения единиц измерения для видов и параметров.
Уравнение скорости реакции, но не определение кинетического закона.
Не все функции SimBiology и MATLAB поддерживаются SBML. Если модель содержит какие-либо из этих функций, SimBiology выдает соответствующие предупреждения во время экспорта модели. Следующие функции SimBiology не поддерживаются и не включены в сохраненный файл формата SBML.
Проекты - модели, программы анализа и данные.
Информация о кинетическом законе - модели SimBiology хранят информацию о кинетическом законе, такую как имя кинетического закона и определение кинетического закона.
Информация о вариантах - наборы количеств (отсеки, виды и/или параметры), которые можно использовать для изменения начальной или базовой конфигурации модели.
Информация о дозировке - экзогенные приращения к количеству (или концентрации) вида в модели.
Пользовательские файлы функций MATLAB - пользовательские функции, которые использовались в модели SimBiology.
Особенности и свойства, характерные для программного обеспечения SimBiology, такие как имя (из Rule только объекты), Тег и Активный.
Некоторые функции MATLAB - некоторые функции MATLAB и языковые конструкции не поддерживаются. Например, элементарные операции, такие как .*, ./, символьный вектор, такой как 'drug', строка, такая как "drug", пустая скобка [] не поддерживаются.
Совет
Поскольку предыдущая информация не поддерживается SBML, рекомендуется сохранить ее в виде файла проекта SimBiology (.sbproj) для сбора этой информации.
