sbmlimport

Импорт файла в формате SBML

Синтаксис

modelObj = sbmlimport(File)

Описание

modelObj = sbmlimport(File) импорт File, файл с форматом SBML в MATLAB и создает объект моделиmodelObj.

File - символьный вектор или строка, указывающая имя файла или путь и имя файла, поддерживаемые операционной системой. File расширения .sbml или .xml.File также может быть URL, если у вас есть язык программирования Java ®.

sbmlimport поддерживает SBML уровня 3 версии 1 и более ранних.

Функциональные характеристики и ограничения см. в разделе Поддержка SBML.

Входные аргументы

File

Символьный вектор или строка, задающая одно из следующих значений:

Имя файла или путь и имя файла, поддерживаемые операционной системой
URL

Примеры

Импорт модели SBML:

sbmlobj = sbmlimport('oscillator.xml');

Вопросы совместимости

развернуть все

`sbmlimport` добавляет правило начального назначения при импорте некоторых моделей SBML

В R2017b изменилось поведение

sbmlimport добавляет правило начального назначения при импорте моделей SBML со следующими условиями.
- Если модель SBML имеет вид s, инициализированный как X с помощью initialAmount и имеет настройку атрибута hasOnlySubstanceUnits = false:
  - SimBiology устанавливает начальное количество s на X.
  - Если модель еще не имеет правила начального назначения или повторного назначения для s, SimBiology добавляет правило начального назначения s = X / V, где V - объем (вместимость) отсека. Это правило гарантирует, что начальное количество s является единицей концентрации.
  - Если модель уже имеет начальное или повторное правило назначения для s, то SimBiology не использует значение X. Вместо этого SimBiology оценивает правило и устанавливает соответствующую начальную величину.
- Если модель SBML имеет вид s, инициализированный как X с помощью initialConcentration и имеет настройку атрибута hasOnlySubstanceUnits = true:
  - SimBiology устанавливает начальное количество s на X.
  - Если модель еще не имеет правила начального назначения или повторного назначения для s, SimBiology добавляет правило начального назначения s = X * V, где V - объем (вместимость) отсека. Это правило гарантирует, что начальное количество s является единицей измерения количества.
  - Если модель уже имеет начальное или повторное правило назначения для s, то SimBiology не использует значение X. Вместо этого SimBiology оценивает правило и устанавливает соответствующую начальную величину.
Если для вида s в модели SBML задано значение атрибута hasOnlySubstanceUnits = true без каких-либо определенных единиц, SimBiology выдает предупреждение и устанавливает единицу количества вида в единицу по умолчанию (моль), чтобы убедиться, что она интерпретируется как количество, а не концентрация. Импортированная модель SimBiology имеет DimensionalAnalysis свойство имеет значение false, чтобы предотвратить ошибки размерного анализа.

Поддержка схем URL, отличных от HTTP и HTTPS, будет удалена

Не рекомендуется начинать с R2021a

Поддержка передачи URL-адреса, который не является HTTP и HTTPS будет удален в следующем выпуске. Сначала загрузите файл локально, а затем используйте имя файла в качестве входных данных для sbmlimport вместо этого.

Ссылки

Финни, А., Гучка, М., (2003). Язык разметки системной биологии (SBML) Уровень 2: Структуры и средства для определений моделей.

См. также

DimensionalAnalysis | get | sbiosimulate | sbmlexport | set

Темы

Представлен до R2006a

Документация

sbmlimport

Синтаксис

Описание

Входные аргументы

Примеры

Вопросы совместимости

`sbmlimport` добавляет правило начального назначения при импорте некоторых моделей SBML

Поддержка схем URL, отличных от HTTP и HTTPS, будет удалена

Ссылки

См. также

Темы

Документация по SimBiology

Поддержка

Документация

sbmlimport

Синтаксис

Описание

Входные аргументы

Примеры

Вопросы совместимости

sbmlimport добавляет правило начального назначения при импорте некоторых моделей SBML

Поддержка схем URL, отличных от HTTP и HTTPS, будет удалена

Ссылки

См. также

Темы

Документация по SimBiology

Поддержка

`sbmlimport` добавляет правило начального назначения при импорте некоторых моделей SBML