Exponenta Banner
exponenta event banner

getstoichmatrix (модель)

Получение матрицы стехиометрии из объекта модели

Порядок видов в выходных аргументах (M и objSpecies) соответствует порядку видов, возвращаемых modelObj.Species.

Синтаксис

M = getstoichmatrix(modelObj)
[M,objSpecies] = getstoichmatrix(modelObj)
[M,objSpecies,objReactions] = getstoichmatrix(modelObj)

Аргументы

MМатрица стехиометрии для modelObj.
modelObjУкажите model object.
objSpecies

Возврат списка modelObj виды по Name свойство вида.

Если виды находятся в нескольких отсеках, названия видов квалифицируются с указанием названия отсека в форме compartmentName.speciesName. Например, nucleus.DNA, cytoplasm.mRNA.

objReactionsВозврат списка modelObj реакции Name свойство реакций.

Описание

getstoichmatrix возвращает матрицу стехиометрии для объекта модели.

M = getstoichmatrix(modelObj) возвращает матрицу стехиометрии для объекта модели SimBiology ® (modelObjКому M.

Матрица стехиометрии определяется перечислением всех реакций, содержащихся в modelObj и все виды, содержащиеся в modelObj по строкам в матрице. Виды реакции представлены в матрице со стехиометрическим значением в месте расположения [ряда видов, столбца реакции]. Реагенты имеют отрицательные значения. Продукты имеют положительные значения. Все остальные расположения в матрице равны 0.

Например, если modelObj является объектом модели с двумя реакциями с именами R1 и R2 и Реакционные значения 2 A + B -> 3 C и B + 3 D -> 4 Aматрица стехиометрии будет определена как:

      R1   R2
A     -2    4
B     -1   -1
C      3    0
D      0   -3

[M,objSpecies] = getstoichmatrix(modelObj) возвращает матрицу стехиометрии в M и вид к objSpecies. objSpecies определяется путем перечисления всех Name значения свойств видов, содержащихся в Obj. В приведенном выше примере objSpecies будет {'A', 'B', 'C', 'D'};.

[M,objSpecies,objReactions] = getstoichmatrix(modelObj) возвращает матрицу стехиометрии в M и реакции на objReactions. objReactions определяется путем перечисления всех Name значения свойств реакций, содержащихся в modelObj. В приведенном выше примере objReactions будет {'R1', 'R2'}.

Примеры

  1. Чтение в m1, объект модели, использование sbmlimport:

    m1 = sbmlimport('lotka.xml');

  2. Получить матрицу стехиометрии для m1:

    [M,objSpecies,objReactions] = getstoichmatrix(m1)

Вопросы совместимости

развернуть все

В R2019b изменилось поведение

Представлен в R2006a

Документация по SimBiology

Поддержка