sbioensemblerun

Несколько стохастических ансамблевых прогонов модели SimBiology

Синтаксис

simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns) simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, Interpolation) simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, configsetObj) simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, configsetObj, Interpolation) simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, variantObj) simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, variantObj, Interpolation) simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, configsetObj, variantObj) simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, configsetObj, variantObj, Interpolation)

Аргументы

`simdataObj`	Массив `SimData objects` содержащий данные моделирования, сгенерированные `sbioensemblerun`. Все элементы `simdataObj` содержат данные для одних и тех же состояний в одной и той же модели.
`modelObj`	Моделируемый объект модели.
`Numruns`	Целочисленный скаляр, представляющий число стохастических запусков для выполнения.
`Interpolation`	Символьный вектор или строка, обозначающая схему интерполяции, которая должна использоваться, если данные должны быть интерполированы для получения согласованного временного вектора. Допустимые значения: `'linear'` (линейная интерполяция), `'zoh'` (удержание нулевого порядка), или `'off'` (без интерполяции). По умолчанию: `'off'`. Если интерполяция включена, данные интерполируются для согласования вектора времени с наименьшим временем остановки моделирования.
`configsetObj`	Укажите объект набора конфигурации, который будет использоваться при моделировании ансамбля. Дополнительные сведения о наборах конфигурации см. в разделе `Configset object`.
`variantObj`	Укажите объект варианта, который будет применяться к модели во время моделирования ансамбля. Дополнительные сведения об объектах-исполнениях см. в разделе `Variant object`.

Описание

simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns) выполняет стохастический ансамблевый прогон объекта модели SimBiology ® (modelObj) и возвращает результаты в simdataObj, массив SimData objects. Активный конфигурационный набор и активные варианты используются во время моделирования и сохраняются в выходном объекте SimData (simdataObj).

sbioensemblerun использует настройки в активном конфигурационном наборе на объекте модели (modelObj) для выполнения повторных прогонов моделирования. SolverType свойство активного конфигурационного набора должно иметь значение одного из стохастических решателей: 'ssa', 'expltau', или 'impltau'. sbioensemblerun генерирует ошибку, если SolverType свойство устанавливается на любой из решателей детерминированного (ОДУ).

simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, Interpolation) выполняет стохастический ансамблевый прогон модельного объекта (modelObj) и интерполирует результаты работы ансамбля на общий временной вектор с использованием схемы интерполяции (Interpolation).

simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, configsetObj) выполняет ансамблевый прогон модельного объекта (modelObj), используя указанный набор конфигурации (configsetObj).

simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, configsetObj, Interpolation) выполняет ансамблевый прогон модельного объекта (modelObj), используя указанный набор конфигурации (configsetObj) и интерполирует результаты работы ансамбля на общий временной вектор с использованием схемы интерполяции (Interpolation).

simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, variantObj) выполняет ансамблевый прогон модельного объекта (modelObj), используя объект variant или массив объектов variant (variantObj).

simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, variantObj, Interpolation) выполняет ансамблевый прогон модельного объекта (modelObj), используя объект variant или массив объектов variant (variantObj) и интерполирует результаты работы ансамбля на общий временной вектор с использованием схемы интерполяции (Interpolation).

simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, configsetObj, variantObj) выполняет ансамблевый прогон модельного объекта (modelObj), используя набор конфигурации (configsetObj) и объект-вариант или массив объектов-вариантов (variantObj). Если объект набора конфигурации (configsetObj) пуст, активный конфигурационный набор модели используется для моделирования. Если объект варианта (variantObj) пуст, то для моделирования не используется ни один вариант (даже активные варианты в модели).

simdataObj = sbioensemblerun(modelObj, Numruns, configsetObj, variantObj, Interpolation) выполняет ансамблевый прогон модельного объекта (modelObj), используя набор конфигурации (configsetObj) и объект-вариант или массив объектов-вариантов (variantObj) и интерполирует результаты работы ансамбля на общий временной вектор с использованием схемы интерполяции (Interpolation).

Примеры

В этом примере показано, как выполнить прогон ансамбля и создать график распределения 2-D.

Файл проекта, radiodecay.sbproj, содержит модель, хранящуюся в переменной с именем m1. Груз m1 в рабочую область MATLAB ®.
```
sbioloadproject('radiodecay.sbproj','m1');
```
Измените решатель активного конфигурационного набора на ssa. Также отрегулируйте LogDecimation свойство на SolverOptions свойства набора конфигурации.
```
cs = getconfigset(m1, 'active');
set(cs, 'SolverType', 'ssa');
so = get(cs, 'SolverOptions');
set(so, 'LogDecimation', 10);
```
Совет
LogDecimation позволяет определить частоту записи расчетных данных в качестве выходных данных. Если модель имеет высокие концентрации или количество видов, или длительное время моделирования (например, 600s) можно реже записывать данные моделирования для управления объемом сгенерированных данных. Помните, что при этом вы можете пропустить некоторые переходы, если ваша модель очень динамична. Попробуйте установить LogDecimation до 10 или более.
Выполните ансамбль из 20 прогонов с линейной интерполяцией для получения согласованного вектора времени.
```
simdata = sbioensemblerun(m1, 20, 'linear');
```
Создание 2-D графика распределения видов 'z' в момент времени = 1,0.
```
FH = sbioensembleplot(simdata, 'z', 1.0);
```

См. также

Представлен в R2006a

Документация