Exponenta Banner

joinseq

Соедините две последовательности, чтобы получить кратчайшее суперсеквенцию

Синтаксис

SeqNT3 = joinseq(SeqNT1, SeqNT2)

Аргументы

SeqNT1, SeqNT2Нуклеотидные последовательности. Введите вектор символов или строку для каждой последовательности.

Описание

SeqNT3 = joinseq(SeqNT1, SeqNT2) создает новую последовательность, которая является самой короткой суперсеквенцией SeqNT1 и SeqNT2. Если нет перекрытия между последовательностями, то SeqNT2 сцепляется с концом SeqNT1. Если длина перекрытия одинаковая в обоих концах последовательности, то перекрытие в конце SeqNT1 и начало SeqNT2 используется для соединения последовательностей.

Если SeqNT1 является подпоследовательностью SeqNT2, затем SeqNT2 возвращается как кратчайшее суперсредство и наоборот.

Примеры

Соедините две последовательности, которые содержат перекрытие.

seq1 = 'ACGTAAA';
seq2 = 'AAATGCA';
joined = joinseq(seq1,seq2)

joined =
    ACGTAAATGCA

См. также

| |

Представлено до R2006a

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка