Bioinformatics Toolbox™ предоставляет алгоритмы и приложения для секвенирования следующего поколения (NGS), анализа микромассивов, масс-спектрометрии и генной онтологии. Используя функции тулбокса, можно считать геномные и протеомные данные из стандартных форматов файлов, таких как SAM, FASTA, CEL и CDF, а также из онлайновых баз данных, таких как NCBI Gene Expression Omnibus и GenBank^®. Можно исследовать и визуализировать эти данные с помощью браузеров последовательностей, пространственных тепловых карт и кластерграмм. Тулбокс также предоставляет статистические методы для обнаружения peaks, ввода значений для недостающих данных и выбора функций.

Можно объединить функции тулбокса для поддержки распространенных рабочих процессов биоинформатики. Можно использовать данные ChIP-Seq для идентификации факторов транскрипции; анализ данных RNA-Seq для идентификации дифференциально экспрессируемых генов; идентифицируют варианты номера копирования и SNP в данных микромассивов; и классифицируют профили белков, используя данные масс-спектрометрии.