Выравнивание пар последовательностей
В этом примере показано, как извлечь некоторые последовательности из GenBank ®, найти открытые системы считывания (ORF), а затем выровнять последовательности с помощью глобальных и локальных алгоритмов выравнивания .
Доступ к данным NCBI из рабочей области MATLAB ®
Одним из многочисленных увлекательных разделов веб-сайта NCBI является раздел «Гены и болезни». В этом разделе приводится комплексное введение в медицинскую генетику.
В этом примере вы будете смотреть на гены, связанные с болезнью Тэя-Сакса. Tay-Sachs является аутосомно-рецессивным заболеванием, вызванным мутациями в обоих аллелях гена (HEXA, который кодирует альфа- подмодуль гексосаминидазы A) на хромосоме 15.
Опорная последовательность NCBI для HEXA имеет номер присоединения NM_000520. Можно использовать getgenbank функция для извлечения информации о последовательности из репозитория данных NCBI и загрузки ее в MATLAB ® .
humanHEXA = getgenbank('NM_000520');
При выполнении поиска BLAST или при поиске в геноме мыши вы можете найти ортогональный ген, AK080777 является числом присоединения для гена гексосаминидазы А мыши.
mouseHEXA = getgenbank('AK080777');
Для вашего удобства ранее загруженные последовательности включаются в MAT-файл. Обратите внимание, что данные в общедоступных хранилищах часто кураторятся и обновляются; поэтому результаты этого примера могут несколько отличаться при использовании современных наборов данных.
load('hexosaminidase.mat','humanHEXA','mouseHEXA')
Исследование открытых систем координат чтения (ORF)
Можно использовать функцию seqshoworfs искать ORF в последовательности для гена HEXA человека. Заметьте, что самая длинная ORF находится на первой системе координат чтения. Выходное значение в переменной humanORFs - структура, задающая положение стартового и стопового кодонов для всех ORF на каждой системе координат считывания.
humanORFs = seqshoworfs(humanHEXA.Sequence)
humanORFs=1×3 struct array with fields:
Start
Stop
Теперь посмотрите на ORF в гене мыши HEXA. В этом случае ORF также находится в первой системе координат.
mouseORFs = seqshoworfs(mouseHEXA.Sequence)
mouseORFs=1×3 struct array with fields:
Start
Stop
Выравнивание последовательностей
Первым шагом является использование выравнивания глобальных последовательностей для поиска сходств между этими последовательностями. Можно было бы посмотреть на выравнивание между нуклеотидными последовательностями, но обычно более поучительно смотреть на выравнивание между белковыми последовательностями, в этом примере мы знаем, что последовательности являются кодирующими последовательностями. Используйте nt2aa функция для преобразования нуклеотидных последовательностей в соответствующие аминокислотные последовательности. Заметьте, что ген HEXA встречается в первой системе координат для обеих последовательностей, в противном случае следует использовать входной параметр Frame для задания альтернативной системы координат кодирования.
humanProtein = nt2aa(humanHEXA.Sequence); mouseProtein = nt2aa(mouseHEXA.Sequence);
Один из самых простых способов искать сходство между последовательностями - с точечным графиком.
seqdotplot(mouseProtein,humanProtein)
Warning: Match matrix has more points than available screen pixels.
Scaling image by factors of 1 in X and 2 in Y.
xlabel('Human hexosaminidase A');ylabel('Mouse hexosaminidase A');
С настройками по умолчанию точечный график немного трудно интерпретировать, поэтому можно попробовать немного более строгий точечный график.
seqdotplot(mouseProtein,humanProtein,4,3)
Warning: Match matrix has more points than available screen pixels.
Scaling image by factors of 1 in X and 2 in Y.
xlabel('Human hexosaminidase A');ylabel('Mouse hexosaminidase A');
Диагональная линия указывает, что, вероятно, есть хорошее выравнивание, поэтому теперь можно взглянуть на глобальное выравнивание с помощью функции nwalign который использует алгоритм Нидлемана-Вунша.
[score, globalAlignment] = nwalign(humanProtein,mouseProtein)
score = 634.3333
globalAlignment = 3x812 char array
'SCRRPAQSAARSRSLRSRPEVKGQGVGPPGVAGAEPPLVT*FADKSRGRRSPDQGLTWPAPSERGDQRAMTSSRLWFSLLLAAAFAGRATALWPWPQNFQTSDQRYVLYPNNFQFQYDVSSAAQPGCSVLDEAFQRYRDLLFGSGSWPRPYLTGKRHTLEKNVLVVSVVTPGCNQLPTLESVENYTLTINDDQCLLLSETVWGALRGLETFSQLVWKSAEGTFFINKTEIEDFPRFPHRGLLLDTSRHYLPLSSILDTLDVMAYNKLNVFHWHLVDDPSFPYESFTFPELMRKGSYNPVTHIYTAQDVKEVIEYARLRGIRVLAEFDTPGHTLSWGPGIPGLLTPCYSGSEPSGTFGPVNPSLNNTYEFMSTFFLEVSSVFPDFYLHLGGDEVDFTCWKSNPEIQDFMRKKGFGEDFKQLESFYIQTLLDIVSSYGKGYVVWQEVFDNKVKIQPDTIIQVWREDIPVNYMKELELVTKAGFRALLSAPWYLNRISYGPDWKDFYIVEPLAFEGTPEQKALVIGGEACMWGEYVDNTNLVPRLWPRAGAVAERLWSNKLTSDLTFAYERLSHFRCELLRRGVQAQPLNVGFCEQEFEQT*APGTEEGAGCR*MVVEPGFHCILARGRSPLPSCPLPACPCAWRERGRCWRSHSIKSNVAFFYNKHGLPVFKKKSVNGVRVRAQPGWSQCLPLRSFKLRAGNETYSLCAVLPCL*AMSLPSHS*PYSRHLP*SSACSLHFCIISPRRWYMEKDVGAWRCSGQWGGLQTQPGHRRASPPCILIHLPPLELFSFGFLAASILYNHYLNIIKHILFS'
' || |: | | | | | ||:: ||| |||||||:| ||||||||| :|| :||:||||||||:| |||||| || ||||||:|||:||||||||||| :::|::|| ||:||||||| ||::|:|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||:|:|||||||||:|||||||||||||||||||||||||:|||||||||| |||||||||||| ||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||: ||||||||||||:||:||||:|||:|||||||||||||||||||||||||:|| ||:|||| ||||||||||||||||||:| |||||||||||||||::||||||||||::||:|| |:: :|:|||||||||||||||::|||||||:| ||||||:||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||::||::: ||::|||||||||:|||:||||::|| |||||||||| | :| : :|| | | || |: :: | | :: | : :| : | :| : : | ::: | | |::| : | | | :| ||::|| | |: | | | :: |: | '
'--------AA------------GR--------G---------A----G-R-------W----------AMAGCRLWVSLLLAAALACLATALWPWPQYIQTYHRRYTLYPNNFQFRYHVSSAAQAGCVVLDEAFRRYRNLLFGSGSWPRPSFSNKQQTLGKNILVVSVVTAECNEFPNLESVENYTLTINDDQCLLASETVWGALRGLETFSQLVWKSAEGTFFINKTKIKDFPRFPHRGVLLDTSRHYLPLSSILDTLDVMAYNKFNVFHWHLVDDSSFPYESFTFPELTRKGSFNPVTHIYTAQDVKEVIEYARLRGIRVLAEFDTPGHTLSWGPGAPGLLTPCYSGSHLSGTFGPVNPSLNSTYDFMSTLFLEISSVFPDFYLHLGGDEVDFTCWKSNPNIQAFMKKKGF-TDFKQLESFYIQTLLDIVSDYDKGYVVWQEVFDNKVKVRPDTIIQVWREEMPVEYMLEMQDITRAGFRALLSAPWYLNRVKYGPDWKDMYKVEPLAFHGTPEQKALVIGGEACMWGEYVDSTNLVPRLWPRAGAVAERLWSSNLTTNIDFAFKRLSHFRCELVRRGIQAQPISVGCCEQEFEQT*A--T--SA--E----HPG-------G------C----CP---------L-SQ-LR--*A--------P---RR-V--LALR-E----Q-VP--G-Q---G-*SFT---------A-SRPGES---T---P----CP---C--APVT--TEKEAGA----GT--GV--Q---*R-----------------------S-MW-HF-------L--'
Уточнение с полуглобальным выравниванием
Выравнивание очень хорошее, за исключением клеммных сегментов. Например, заметьте разреженные совпадающие пары в первых позициях. Это происходит из-за того, что глобальное выравнивание пытается принудительно согласовать все концы, и существует точка, где штраф за открытие новых погрешностей сопоставим с счетом совпадающих остатков. В некоторых случаях желательно снять штраф за разрыв, добавленный в концах глобального выравнивания; это позволяет вам лучше соответствовать этой паре последовательностей. Этот метод обычно известен как 'semi-global' alignment или 'glocal' alignment.
[score, globalAlignment] = nwalign(humanProtein,mouseProtein,'glocal',true)score = 1.0413e+03
globalAlignment = 3x825 char array
'SCRRPAQSAARSRSLRSRPEVKGQGVGPPGVAGAEPPLVT*FADKSRGRRSPDQGLTWPAPSERGDQR-AMTSSRLWFSLLLAAAFAGRATALWPWPQNFQTSDQRYVLYPNNFQFQYDVSSAAQPGCSVLDEAFQRYRDLLFGSGSWPRPYLTGKRHTLEKNVLVVSVVTPGCNQLPTLESVENYTLTINDDQCLLLSETVWGALRGLETFSQLVWKSAEGTFFINKTEIEDFPRFPHRGLLLDTSRHYLPLSSILDTLDVMAYNKLNVFHWHLVDDPSFPYESFTFPELMRKGSYNPVTHIYTAQDVKEVIEYARLRGIRVLAEFDTPGHTLSWGPGIPGLLTPCYSGSEPSGTFGPVNPSLNNTYEFMSTFFLEVSSVFPDFYLHLGGDEVDFTCWKSNPEIQDFMRKKGFGEDFKQLESFYIQTLLDIVSSYGKGYVVWQEVFDNKVKIQPDTIIQVWREDIPVNYMKELELVTKAGFRALLSAPWYLNRISYGPDWKDFYIVEPLAFEGTPEQKALVIGGEACMWGEYVDNTNLVPRLWPRAGAVAERLWSNKLTSDLTFAYERLSHFRCELLRRGVQAQPLNVGFCEQEFEQT*APGTEEGAGCR*MV-VEPGFHCILA-R----GR--SPLPSCP-LPA-CPCA-WRERGRCWRSHSIK-SNVAFFYNKHGLPVFKKKSVNGVRVRAQPGWSQCLPLRSFKLRAGNETYSLCAVLPCL*AMSLPSHS*PYSRHLP*SSACSLHFCIISPRRWYMEKDVGAWRCSGQWGGLQTQPGHRRASPPCILIHLPPLELFSFGFLAASILYNHYLNIIKHILFS'
' : || | ||:: ||| |||||||:| ||||||||| :|| :||:||||||||:| |||||| || ||||||:|||:||||||||||| :::|::|| ||:||||||| ||::|:|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||:|:|||||||||:|||||||||||||||||||||||||:|||||||||| |||||||||||| ||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||: ||||||||||||:||:||||:|||:|||||||||||||||||||||||||:|| ||:|||| ||||||||||||||||||:| |||||||||||||||::||||||||||::||:|| |:: :|:|||||||||||||||::|||||||:| ||||||:||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||::||::: ||::|||||||||:|||:||||::|| |||||||||| ::|: :|| : :: : : :|| | |: | | | : |||| : : : ::: :: | '
'------------------------------------------------------------AAGRGAGRWAMAGCRLWVSLLLAAALACLATALWPWPQYIQTYHRRYTLYPNNFQFRYHVSSAAQAGCVVLDEAFRRYRNLLFGSGSWPRPSFSNKQQTLGKNILVVSVVTAECNEFPNLESVENYTLTINDDQCLLASETVWGALRGLETFSQLVWKSAEGTFFINKTKIKDFPRFPHRGVLLDTSRHYLPLSSILDTLDVMAYNKFNVFHWHLVDDSSFPYESFTFPELTRKGSFNPVTHIYTAQDVKEVIEYARLRGIRVLAEFDTPGHTLSWGPGAPGLLTPCYSGSHLSGTFGPVNPSLNSTYDFMSTLFLEISSVFPDFYLHLGGDEVDFTCWKSNPNIQAFMKKKGF-TDFKQLESFYIQTLLDIVSDYDKGYVVWQEVFDNKVKVRPDTIIQVWREEMPVEYMLEMQDITRAGFRALLSAPWYLNRVKYGPDWKDMYKVEPLAFHGTPEQKALVIGGEACMWGEYVDSTNLVPRLWPRAGAVAERLWSSNLTTNIDFAFKRLSHFRCELVRRGIQAQPISVGCCEQEFEQT*ATSAEHPGGCCPLSQLR*APRRVLALREQVPGQG*SFTASRPGESTPCPCAPVTTEKEAGAGTGVQ*RSMWHFL-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------'
Уточнение выравнивания путем извлечения белковой последовательности
Другой способ улучшить ваше выравнивание - это использование только белковых последовательностей. Заметьте, что выровненная область разделена начальной (M-метионин) и стоповой (*) аминокислотами в последовательностях. Если последовательность сокращена так, что рассматриваются только переведенные области, то, похоже, вы получите лучшее выравнивание. Используйте find команда для поиска индекса начальной аминокислоты в каждой последовательности:
humanStart = find(humanProtein == 'M',1)humanStart = 70
mouseStart = find(mouseProtein == 'M',1)mouseStart = 11
Точно так же используйте find команда для поиска индекса первой остановки после начала преобразования. Необходимо уделять особое внимание, потому что в самом начале humanProtein также есть остановка последовательность.
humanStop = find(humanProtein(humanStart:end)=='*',1) + humanStart - 1humanStop = 599
mouseStop = find(mouseProtein(mouseStart:end)=='*',1) + mouseStart - 1mouseStop = 539
Используйте эти индексы для усечения последовательностей.
humanSeq = humanProtein(humanStart:humanStop); humanSeqFormatted = seqdisp(humanSeq)
humanSeqFormatted = 9x70 char array
' 1 MTSSRLWFSL LLAAAFAGRA TALWPWPQNF QTSDQRYVLY PNNFQFQYDV SSAAQPGCSV'
' 61 LDEAFQRYRD LLFGSGSWPR PYLTGKRHTL EKNVLVVSVV TPGCNQLPTL ESVENYTLTI'
'121 NDDQCLLLSE TVWGALRGLE TFSQLVWKSA EGTFFINKTE IEDFPRFPHR GLLLDTSRHY'
'181 LPLSSILDTL DVMAYNKLNV FHWHLVDDPS FPYESFTFPE LMRKGSYNPV THIYTAQDVK'
'241 EVIEYARLRG IRVLAEFDTP GHTLSWGPGI PGLLTPCYSG SEPSGTFGPV NPSLNNTYEF'
'301 MSTFFLEVSS VFPDFYLHLG GDEVDFTCWK SNPEIQDFMR KKGFGEDFKQ LESFYIQTLL'
'361 DIVSSYGKGY VVWQEVFDNK VKIQPDTIIQ VWREDIPVNY MKELELVTKA GFRALLSAPW'
'421 YLNRISYGPD WKDFYIVEPL AFEGTPEQKA LVIGGEACMW GEYVDNTNLV PRLWPRAGAV'
'481 AERLWSNKLT SDLTFAYERL SHFRCELLRR GVQAQPLNVG FCEQEFEQT* '
mouseSeq = mouseProtein(mouseStart:mouseStop); mouseSeqFormatted = seqdisp(mouseSeq)
mouseSeqFormatted = 9x70 char array
' 1 MAGCRLWVSL LLAAALACLA TALWPWPQYI QTYHRRYTLY PNNFQFRYHV SSAAQAGCVV'
' 61 LDEAFRRYRN LLFGSGSWPR PSFSNKQQTL GKNILVVSVV TAECNEFPNL ESVENYTLTI'
'121 NDDQCLLASE TVWGALRGLE TFSQLVWKSA EGTFFINKTK IKDFPRFPHR GVLLDTSRHY'
'181 LPLSSILDTL DVMAYNKFNV FHWHLVDDSS FPYESFTFPE LTRKGSFNPV THIYTAQDVK'
'241 EVIEYARLRG IRVLAEFDTP GHTLSWGPGA PGLLTPCYSG SHLSGTFGPV NPSLNSTYDF'
'301 MSTLFLEISS VFPDFYLHLG GDEVDFTCWK SNPNIQAFMK KKGFTDFKQL ESFYIQTLLD'
'361 IVSDYDKGYV VWQEVFDNKV KVRPDTIIQV WREEMPVEYM LEMQDITRAG FRALLSAPWY'
'421 LNRVKYGPDW KDMYKVEPLA FHGTPEQKAL VIGGEACMWG EYVDSTNLVP RLWPRAGAVA'
'481 ERLWSSNLTT NIDFAFKRLS HFRCELVRRG IQAQPISVGC CEQEFEQT* '
Выровняйте эти две последовательности.
[score, alignment] = nwalign(humanSeq,mouseSeq)
score = 1.0423e+03
alignment = 3x530 char array
'MTSSRLWFSLLLAAAFAGRATALWPWPQNFQTSDQRYVLYPNNFQFQYDVSSAAQPGCSVLDEAFQRYRDLLFGSGSWPRPYLTGKRHTLEKNVLVVSVVTPGCNQLPTLESVENYTLTINDDQCLLLSETVWGALRGLETFSQLVWKSAEGTFFINKTEIEDFPRFPHRGLLLDTSRHYLPLSSILDTLDVMAYNKLNVFHWHLVDDPSFPYESFTFPELMRKGSYNPVTHIYTAQDVKEVIEYARLRGIRVLAEFDTPGHTLSWGPGIPGLLTPCYSGSEPSGTFGPVNPSLNNTYEFMSTFFLEVSSVFPDFYLHLGGDEVDFTCWKSNPEIQDFMRKKGFGEDFKQLESFYIQTLLDIVSSYGKGYVVWQEVFDNKVKIQPDTIIQVWREDIPVNYMKELELVTKAGFRALLSAPWYLNRISYGPDWKDFYIVEPLAFEGTPEQKALVIGGEACMWGEYVDNTNLVPRLWPRAGAVAERLWSNKLTSDLTFAYERLSHFRCELLRRGVQAQPLNVGFCEQEFEQT*'
'|:: ||| |||||||:| ||||||||| :|| :||:||||||||:| |||||| || ||||||:|||:||||||||||| :::|::|| ||:||||||| ||::|:|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||:|:|||||||||:|||||||||||||||||||||||||:|||||||||| |||||||||||| ||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||: ||||||||||||:||:||||:|||:|||||||||||||||||||||||||:|| ||:|||| ||||||||||||||||||:| |||||||||||||||::||||||||||::||:|| |:: :|:|||||||||||||||::|||||||:| ||||||:||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||::||::: ||::|||||||||:|||:||||::|| |||||||||'
'MAGCRLWVSLLLAAALACLATALWPWPQYIQTYHRRYTLYPNNFQFRYHVSSAAQAGCVVLDEAFRRYRNLLFGSGSWPRPSFSNKQQTLGKNILVVSVVTAECNEFPNLESVENYTLTINDDQCLLASETVWGALRGLETFSQLVWKSAEGTFFINKTKIKDFPRFPHRGVLLDTSRHYLPLSSILDTLDVMAYNKFNVFHWHLVDDSSFPYESFTFPELTRKGSFNPVTHIYTAQDVKEVIEYARLRGIRVLAEFDTPGHTLSWGPGAPGLLTPCYSGSHLSGTFGPVNPSLNSTYDFMSTLFLEISSVFPDFYLHLGGDEVDFTCWKSNPNIQAFMKKKGF-TDFKQLESFYIQTLLDIVSDYDKGYVVWQEVFDNKVKVRPDTIIQVWREEMPVEYMLEMQDITRAGFRALLSAPWYLNRVKYGPDWKDMYKVEPLAFHGTPEQKALVIGGEACMWGEYVDSTNLVPRLWPRAGAVAERLWSSNLTTNIDFAFKRLSHFRCELVRRGIQAQPISVGCCEQEFEQT*'
Информация об открытой системе координат чтения также доступна из выхода seqshoworfs команда, но индексы основаны на нуклеотидных последовательностях. Используйте эти индексы, чтобы обрезать исходные нуклеотидные последовательности и затем перевести их в аминокислоты.
humanPORF = nt2aa(humanHEXA.Sequence(humanORFs(1).Start(1):humanORFs(1).Stop(1))); mousePORF = nt2aa(mouseHEXA.Sequence(mouseORFs(1).Start(1):mouseORFs(1).Stop(1))); [score, ORFAlignment] = nwalign(humanPORF,mousePORF)
score = 1042
ORFAlignment = 3x529 char array
'MTSSRLWFSLLLAAAFAGRATALWPWPQNFQTSDQRYVLYPNNFQFQYDVSSAAQPGCSVLDEAFQRYRDLLFGSGSWPRPYLTGKRHTLEKNVLVVSVVTPGCNQLPTLESVENYTLTINDDQCLLLSETVWGALRGLETFSQLVWKSAEGTFFINKTEIEDFPRFPHRGLLLDTSRHYLPLSSILDTLDVMAYNKLNVFHWHLVDDPSFPYESFTFPELMRKGSYNPVTHIYTAQDVKEVIEYARLRGIRVLAEFDTPGHTLSWGPGIPGLLTPCYSGSEPSGTFGPVNPSLNNTYEFMSTFFLEVSSVFPDFYLHLGGDEVDFTCWKSNPEIQDFMRKKGFGEDFKQLESFYIQTLLDIVSSYGKGYVVWQEVFDNKVKIQPDTIIQVWREDIPVNYMKELELVTKAGFRALLSAPWYLNRISYGPDWKDFYIVEPLAFEGTPEQKALVIGGEACMWGEYVDNTNLVPRLWPRAGAVAERLWSNKLTSDLTFAYERLSHFRCELLRRGVQAQPLNVGFCEQEFEQT'
'|:: ||| |||||||:| ||||||||| :|| :||:||||||||:| |||||| || ||||||:|||:||||||||||| :::|::|| ||:||||||| ||::|:|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||:|:|||||||||:|||||||||||||||||||||||||:|||||||||| |||||||||||| ||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||: ||||||||||||:||:||||:|||:|||||||||||||||||||||||||:|| ||:|||| ||||||||||||||||||:| |||||||||||||||::||||||||||::||:|| |:: :|:|||||||||||||||::|||||||:| ||||||:||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||::||::: ||::|||||||||:|||:||||::|| ||||||||'
'MAGCRLWVSLLLAAALACLATALWPWPQYIQTYHRRYTLYPNNFQFRYHVSSAAQAGCVVLDEAFRRYRNLLFGSGSWPRPSFSNKQQTLGKNILVVSVVTAECNEFPNLESVENYTLTINDDQCLLASETVWGALRGLETFSQLVWKSAEGTFFINKTKIKDFPRFPHRGVLLDTSRHYLPLSSILDTLDVMAYNKFNVFHWHLVDDSSFPYESFTFPELTRKGSFNPVTHIYTAQDVKEVIEYARLRGIRVLAEFDTPGHTLSWGPGAPGLLTPCYSGSHLSGTFGPVNPSLNSTYDFMSTLFLEISSVFPDFYLHLGGDEVDFTCWKSNPNIQAFMKKKGF-TDFKQLESFYIQTLLDIVSDYDKGYVVWQEVFDNKVKVRPDTIIQVWREEMPVEYMLEMQDITRAGFRALLSAPWYLNRVKYGPDWKDMYKVEPLAFHGTPEQKALVIGGEACMWGEYVDSTNLVPRLWPRAGAVAERLWSSNLTTNIDFAFKRLSHFRCELVRRGIQAQPISVGCCEQEFEQT'
В качестве альтернативы можно использовать информацию о кодирующей области (CDS) из структуры данных GenBank для поиска кодирующей области генов.
idx = humanHEXA.CDS.indices; humanCodingRegion = humanHEXA.Sequence(idx(1):idx(2)); idx = mouseHEXA.CDS.indices; mouseCodingRegion = mouseHEXA.Sequence(idx(1):idx(2));
Можно также получить преобразование областей кодирования из этой структуры.
humanTranslatedRegion = humanHEXA.CDS.translation; mouseTranslatedRegion = mouseHEXA.CDS.translation;
Локальная выравнивание
Вместо усечения последовательностей для поиска лучшего выравнивания, альтернативным подходом является использование локального выравнивания. Функция swalign выполняет локальное выравнивание с помощью алгоритма Смита-Уотермана. Это показывает очень хорошее выравнивание для всей кодирующей области и разумное сходство для нескольких остатков за пределами обоих концов гена.
[score, localAlignment] = swalign(humanProtein,mouseProtein)
score = 1057
localAlignment = 3x547 char array
'RGDQR-AMTSSRLWFSLLLAAAFAGRATALWPWPQNFQTSDQRYVLYPNNFQFQYDVSSAAQPGCSVLDEAFQRYRDLLFGSGSWPRPYLTGKRHTLEKNVLVVSVVTPGCNQLPTLESVENYTLTINDDQCLLLSETVWGALRGLETFSQLVWKSAEGTFFINKTEIEDFPRFPHRGLLLDTSRHYLPLSSILDTLDVMAYNKLNVFHWHLVDDPSFPYESFTFPELMRKGSYNPVTHIYTAQDVKEVIEYARLRGIRVLAEFDTPGHTLSWGPGIPGLLTPCYSGSEPSGTFGPVNPSLNNTYEFMSTFFLEVSSVFPDFYLHLGGDEVDFTCWKSNPEIQDFMRKKGFGEDFKQLESFYIQTLLDIVSSYGKGYVVWQEVFDNKVKIQPDTIIQVWREDIPVNYMKELELVTKAGFRALLSAPWYLNRISYGPDWKDFYIVEPLAFEGTPEQKALVIGGEACMWGEYVDNTNLVPRLWPRAGAVAERLWSNKLTSDLTFAYERLSHFRCELLRRGVQAQPLNVGFCEQEFEQT*APGTEEGAGC'
'|| | ||:: ||| |||||||:| ||||||||| :|| :||:||||||||:| |||||| || ||||||:|||:||||||||||| :::|::|| ||:||||||| ||::|:|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||:|:|||||||||:|||||||||||||||||||||||||:|||||||||| |||||||||||| ||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||: ||||||||||||:||:||||:|||:|||||||||||||||||||||||||:|| ||:|||| ||||||||||||||||||:| |||||||||||||||::||||||||||::||:|| |:: :|:|||||||||||||||::|||||||:| ||||||:||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||::||::: ||::|||||||||:|||:||||::|| |||||||||| ::|: :||'
'RGAGRWAMAGCRLWVSLLLAAALACLATALWPWPQYIQTYHRRYTLYPNNFQFRYHVSSAAQAGCVVLDEAFRRYRNLLFGSGSWPRPSFSNKQQTLGKNILVVSVVTAECNEFPNLESVENYTLTINDDQCLLASETVWGALRGLETFSQLVWKSAEGTFFINKTKIKDFPRFPHRGVLLDTSRHYLPLSSILDTLDVMAYNKFNVFHWHLVDDSSFPYESFTFPELTRKGSFNPVTHIYTAQDVKEVIEYARLRGIRVLAEFDTPGHTLSWGPGAPGLLTPCYSGSHLSGTFGPVNPSLNSTYDFMSTLFLEISSVFPDFYLHLGGDEVDFTCWKSNPNIQAFMKKKGF-TDFKQLESFYIQTLLDIVSDYDKGYVVWQEVFDNKVKVRPDTIIQVWREEMPVEYMLEMQDITRAGFRALLSAPWYLNRVKYGPDWKDMYKVEPLAFHGTPEQKALVIGGEACMWGEYVDSTNLVPRLWPRAGAVAERLWSSNLTTNIDFAFKRLSHFRCELVRRGIQAQPISVGCCEQEFEQT*ATSAEHPGGC'
Выравнивание комплементарных последовательностей ДНК
Все функции выравнивания последовательности, предусмотренные в MATLAB, могут быть настроены. Для примера, изменяя строки и столбцы матрицы скоринга, можно выровнять последовательности по дополнению, а не по тождествам. В этом случае можно переупорядочить NUC44 матрица скоринга; положительный счет дается для дополнений, в то время как отрицательный счет дается в противном случае. Первые 30 нуклеотидов из гена HEXA мыши будут выровнены с его комплементом.
[M, info] = nuc44; map = nt2int(seqcomplement(info.Order))
map = 1x15 uint8 row vector
4 3 2 1 6 5 8 7 9 10 14 13 12 11 15
Mc = M(:,map)
Mc = 15×15
-4 -4 -4 5 -4 1 1 -4 -4 1 -1 -1 -1 -4 -2
-4 -4 5 -4 1 -4 1 -4 1 -4 -1 -1 -4 -1 -2
-4 5 -4 -4 -4 1 -4 1 1 -4 -1 -4 -1 -1 -2
5 -4 -4 -4 1 -4 -4 1 -4 1 -4 -1 -1 -1 -2
-4 1 -4 1 -4 -1 -2 -2 -2 -2 -1 -3 -1 -3 -1
1 -4 1 -4 -1 -4 -2 -2 -2 -2 -3 -1 -3 -1 -1
1 1 -4 -4 -2 -2 -4 -1 -2 -2 -3 -3 -1 -1 -1
-4 -4 1 1 -2 -2 -1 -4 -2 -2 -1 -1 -3 -3 -1
-4 1 1 -4 -2 -2 -2 -2 -1 -4 -1 -3 -3 -1 -1
1 -4 -4 1 -2 -2 -2 -2 -4 -1 -3 -1 -1 -3 -1
⋮
[score, compAlignment] = nwalign(mouseHEXA.Sequence(1:30), ... seqcomplement(mouseHEXA.Sequence(1:30)), 'SCORINGMATRIX', ... Mc, 'ALPHABET', 'NT')
score = 150
compAlignment = 3x30 char array
'GCTGCTGGAAGGGGAGCTGGCCGGTGGGCC'
'::::::::::::::::::::::::::::::'
'CGACGACCTTCCCCTCGACCGGCCACCCGG'
close all;