Использование различных построений MPI в системах UNIX

Построение MPI

На Linux^® и операционных систем Macintosh, можно использовать сборку MPI, отличающуюся от той, которая поставляется с Parallel Computing Toolbox™. В этом разделе описываются шаги для создания сборки MPI для использования с типовым интерфейсом планировщика. Если у вас уже есть альтернативная сборка MPI, перейдите к разделу Использовать сборку MPI.

Распакуйте источники MPI в целевую файловую систему на вашей машине. Например, предположим, что вы загрузили mpich2-distro.tgz и хотите распаковать его в /opt для создания:
```
# cd /opt
# mkdir mpich2 && cd mpich2
# tar zxvf path/to/mpich2-distro.tgz
# cd mpich2-1.4.1p1
```
Создайте свой MPI с помощью enable-shared опция (это жизненно важно, так как вы должны создать общий MPI библиотеки, двоичный совместимый с MPICH2-1.4.1p1 для R2013b с R2018b или MPICH3.2.1 для R2019a и более поздних версий). Например, следующие команды создают MPI с nemesis канальное устройство и gforker пусковая установка.
```
#./configure -prefix=/opt/mpich2/mpich2-1.4.1p1 \
 --enable-shared --with-device=ch3:nemesis \
 --with-pm=gforker 2>&1 | tee log
# make 2>&1 | tee -a log
# make install 2>&1 | tee -a log
```

Используйте свою сборку MPI

Когда ваша сборка MPI готова, этот этап подсвечивает шаги, чтобы использовать его с типовым планировщиком. Чтобы обеспечить работу кластера с другой сборкой MPI, выполните следующие шаги.

Протестируйте свою сборку, запустив mpiexec исполняемый файл. Сборка должна быть готова к тестированию, если она bin/mpiexec и lib/libmpich.so доступны в месте установки MPI.
Следуя примеру в Build MPI, /opt/mpich2/mpich2-1.4.1p1/bin/mpiexec и /opt/mpich2/mpich2-1.4.1p1/lib/libmpich.so готовы к использованию, поэтому можно протестировать сборку с помощью:
```
$ /opt/mpich2/mpich2-1.4.1p1/bin/mpiexec -n 4 hostname
```
Создайте mpiLibConf (Parallel Computing Toolbox), чтобы направить Parallel Computing Toolbox использовать ваш новый MPI. Напишите mpiLibConf.m чтобы вернуть соответствующую информацию для вашей сборки. Для примера:
```
function [primary, extras] = mpiLibConf
primary = '/opt/mpich2/mpich2-1.4.1p1/lib/libmpich.so';
extras  = {};
```
The primary путь должен быть допустимым в кластере; и ваши mpiLibConf.m файл должен быть выше по пути рабочих кластеров, чем matlabroot/ toolbox/parallel/mpi. (Отправка mpiLibConf.m как вложенный файл для этой цели не работает. Вы можете получить mpiLibConf.m функцию в рабочем пути путем перемещения файла в папку в пути или путем использования планировщика cd в своей команде так, что он запускает MATLAB^® worker из папки, содержащей функцию.)
Определите необходимые демоны и опции командной строки.
- Определите все необходимые демоны (часто что-то вроде mpdboot или smpd). The gforker пример сборки в этом разделе использует MPI, который не нуждается в службах или демонах, работающих на кластере, но может использовать только локальный компьютер.
- Определите правильные опции командной строки, которые будут переданы mpiexec.
Чтобы настроить кластер на использование новой сборки MPI, измените скрипт обертки связывающегося задания, чтобы выбрать правильную mpiexec. Кроме того, в скрипте оболочки может быть этап, на котором запускаются демоны менеджера процессов MPI.
Скрипт обертки связывающегося задания должен:
- Определите, какие узлы выделяются планировщиком.
- Запуск необходимых процессов демона. Для примера для менеджера процессов MPD это означает вызов "mpdboot -f <nodefile>".
- Определите какие mpiexec исполняемый файл для запуска рабочих процессов.
- Остановите процессы демона. Для примера для менеджера процессов MPD это означает вызов "mpdallexit".
Для примеров обмена сценариями обертки заданий смотрите Sample Plugin Scripts (Parallel Computing Toolbox).

Документация