Остановите управление папками и удалите файлы определения проекта
matlab.project.deleteProject( останавливает управление указанной папкой в проекте и удаляет все файлы, сгенерированные при создании или внесении изменений в проект. Используйте эту команду для удаления проекта path)(*.prj) Файлы определений файлов и проектов, хранящиеся в resources/project папка. Проект больше не управляет папкой. Все остальные файлы остаются нетронутыми.