Systems Biology Markup Language (SBML) - стандартный формат для совместного использования моделями биологии систем с различными инструментами моделирования и симуляции. Текущая спецификация доступна в http://sbml.org/documents/.
Импортируйте модель SBML из файла или URL-адреса с помощью sbmlimport.
SimBiology® поддерживает подмножество спецификации SBML уровня 3 версии 1. Следующие функции SBML не импортируются в модель SimBiology:
Кусочно-кинетика - загружаются модели с кусочно-кинетикой, но определения кусочно-кинетики игнорируются.
MATLAB® несовместимые имена переменных в UnitDefinition - Модели, которые имеют имена переменных, несовместимые с MATLAB в UnitDefinition не загружены и отображается сообщение об ошибке.
The hasOnlySubstanceUnits атрибут не имеет соответствующего свойства в объекте SimBiology species. Вместо этого, если вид не имеет модулей, SimBiology использует DefaultSpeciesDimension свойство для определения, интерпретировать ли имена видов в выражениях как количества веществ или концентрации. Когда вы задаете DefaultSpeciesDimension на substance и не указывать модулей, SimBiology интерпретирует имена видов как количества веществ и не масштабирует ни по одной емкости отсека (объему). Когда для свойства задано значение concentrationИмена видов интерпретируются как концентрации и масштабируются соответствующей емкостью отсека. SimBiology не позволяет вам устанавливать начальное значение вида как концентрацию или количество вещества независимо от того, как вы обращаетесь к нему в выражениях. Чтобы обеспечить лучшую совместимость с моделями, имеющими этот атрибут, SimBiology добавляет начальное правило назначения или соответствующие модули во время процесса импорта. Для получения дополнительной информации смотрите Вопросы совместимости раздел sbmlimport.
Модели, содержащие другие модели в качестве подмоделей, загружаются, но подмодели игнорируются.
The fast атрибут любого объекта реакции игнорируется.
The delay, priority, initialValue, и persistent атрибуты объектов событий игнорируются.
XOR, OR, и AND логические операторы, имеющие три или более аргументов, не поддерживаются. Они поддерживаются только для двоичных операций.
Можно импортировать модели SBML с определениями функций. SimBiology заменяет определения функций соответствующими математическими выражениями.
Можно также загрузить модели SBML, которые используют идентификаторы реакции для ссылки на скорости реакции в математических выражениях. SimBiology заменяет ссылки на соответствующие скорости реакции.
Следующая информация о модели SimBiology включена в файл формата SBML:
Отделения, виды, параметры, реакции, правила и события, которые определены в модели и имеют свои Active значение свойства установлено в true.
Все определения модулей в формате, совместимом с SBML.
Моделируйте свойства компонента с помощью эквивалентов SBML, таких как примечания и единичные значения для видов и параметров.
Уравнение скорости реакции, но не определение кинетического закона.
SBML поддерживает не все функции SimBiology и MATLAB. Если ваша модель содержит любую из этих функций, SimBiology выдает соответствующие предупреждения во время экспорта модели. Следующие функции SimBiology не поддерживаются и не включаются в сохраненный файл формата SBML.
Projects - Модели, программы анализа и данные.
Kinetic law information - модели SimBiology хранят информацию о кинетическом законе, такую как имя кинетического закона и определение кинетического закона.
Variant information - Наборы величин (отсеки, виды и/или параметры), которые можно использовать, чтобы изменить начальное или базовое строение модели.
Dosing information - экзогенные шаги к количеству (или концентрации) вида в модели.
Пользовательские файлы функций MATLAB - Пользовательские функции, которые вы использовали в модели SimBiology.
Функции и свойства программного обеспечения SimBiology, такие как Name (of Rule только объекты), Tag и Active.
Some MATLAB features - Некоторые функции MATLAB и языковые конструкции не поддерживаются. Для примера, элементарных операций, таких как .*, ./, вектор символов, такой как 'drug', строка, такая как "drug", пустые скобки [] не поддерживаются.
Совет
Поскольку предыдущая информация не поддерживается SBML, мы рекомендуем сохранить как файл проекта SimBiology (.sbproj), чтобы захватить эту информацию.
