sbmlimport

Импорт файла в формате SBML

Синтаксис

modelObj = sbmlimport(File)

Описание

modelObj = sbmlimport(File) импортирует File, файл в формате Systems Biology Markup Language (SBML), в MATLAB и создает объект модели modelObj.

File - вектор символов или строка, задающая имя файла или путь и имя файла, поддерживаемые операционной системой. File расширения .sbml или .xml. File может также быть URL, если у вас есть Java^® язык программирования.

sbmlimport поддерживает SBML уровня 3 версии 1 и более ранних версий.

Функциональные характеристики и ограничения см. в разделе Поддержка SBML.

Входные параметры

File

Вектор символов или строка, задающая одно из следующих:

Имя файла или путь и имя файла, поддерживаемые операционной системой
URL

Примеры

Импорт модели SBML:

sbmlobj = sbmlimport('oscillator.xml');

Вопросы совместимости

расширить все

`sbmlimport` добавляет начальное правило назначения при импорте некоторых моделей SBML

Поведение изменено в R2017b

sbmlimport добавляет начальное правило назначения при импорте моделей SBML со следующими условиями.
- Если у модели SBML есть вид s инициализированный, чтобы X с использованием initialAmount и имеет параметр атрибута hasOnlySubstanceUnits = false:
  - SimBiology устанавливает начальное количество s равным X.
  - Если модель еще не имеет начального назначения или повторного правила назначения для s, SimBiology добавляет начальное правило назначения s = X / V, где V - объем (емкость) отсека. Это правило гарантирует, что начальное количество s является модулем концентрации.
  - Если модель уже имеет начальное назначение или повторное правило назначения для s, то SimBiology не использует X значения. Вместо этого SimBiology оценивает правило и устанавливает соответствующую начальную сумму.
- Если у модели SBML есть вид s инициализированный, чтобы X с использованием initialConcentration и имеет параметр атрибута hasOnlySubstanceUnits = true:
  - SimBiology устанавливает начальное количество s равным X.
  - Если модель еще не имеет начального назначения или повторного правила назначения для s, SimBiology добавляет начальное правило назначения s = X * V, где V - объем (емкость) отсека. Это правило гарантирует, что начальная сумма s является модулем суммы.
  - Если модель уже имеет начальное назначение или повторное правило назначения для s, то SimBiology не использует X значения. Вместо этого SimBiology оценивает правило и устанавливает соответствующую начальную сумму.
Если вид, s в модели SBML, имеет настройку атрибута hasOnlySubstanceUnits = true без каких-либо модулей измерения, SimBiology выдает предупреждение и устанавливает модуль измерения количества вида в модуль по умолчанию (моль), чтобы убедиться, что она интерпретируется как величина, а не как концентрация. Импортированная модель SimBiology имеет DimensionalAnalysis значение свойства установлено на false, чтобы предотвратить ошибки размерного анализа.

Поддержка URL-схем, отличных от HTTP и HTTPS, будет удалена

Не рекомендуемый запуск в R2021a

Поддержка передачи URL-адреса, который не HTTP и HTTPS будет удалено в следующем релизе. Сначала загрузите файл локально, а затем используйте имя файла как вход в sbmlimport вместо этого.

Ссылки

Finney, A., Hucka, M., (2003). Systems Biology Markup Language (SBML) Уровень 2: Структуры и средства для определений моделей.

См. также

DimensionalAnalysis | get | sbiosimulate | sbmlexport | set

Темы

Представлено до R2006a

Документация

sbmlimport

Синтаксис

Описание

Входные параметры

Примеры

Вопросы совместимости

`sbmlimport` добавляет начальное правило назначения при импорте некоторых моделей SBML

Поддержка URL-схем, отличных от HTTP и HTTPS, будет удалена

Ссылки

См. также

Темы

Документация SimBiology

Поддержка

Документация

sbmlimport

Синтаксис

Описание

Входные параметры

Примеры

Вопросы совместимости

sbmlimport добавляет начальное правило назначения при импорте некоторых моделей SBML

Поддержка URL-схем, отличных от HTTP и HTTPS, будет удалена

Ссылки

См. также

Темы

Документация SimBiology

Поддержка

`sbmlimport` добавляет начальное правило назначения при импорте некоторых моделей SBML