Подготовьте объект SimFunction для ускоренных симуляций
accelerate(F)
F | SimFunction object созданный createSimFunction метод модели SimBiology. |
accelerate(F) готовится SimFunction object F для ускоренных симуляций.
Примечание
F автоматически ускоряется при первом выполнении функции. Однако при необходимости ускорите работу объекта вручную в приложениях развертывания.
Этот пример использует модель Лотка-Вольтерра (хищник-добыча), описанную Гиллеспи [1].
Загрузите образец проекта, содержащий модель лотки.
sbioloadproject lotka;Создайте объект SimFunction f с c1 и c2 в качестве входных параметров, которые нужно сканировать, и y1 и y2 как выход функции без дозы.
f = createSimFunction(m1,{'Reaction1.c1', 'Reaction2.c2'},{'y1', 'y2'}, [])f =
SimFunction
Parameters:
Name Value Type
______________ _____ ___________
'Reaction1.c1' 10 'parameter'
'Reaction2.c2' 0.01 'parameter'
Observables:
Name Type
____ _________
'y1' 'species'
'y2' 'species'
Dosed: None SimFunction f объекта не установлен для ускорения во время создания. Но он будет автоматически ускоряться при выполнении.
f.isAccelerated
ans =
0Задайте матрицу входа, которая содержит значения параметров для c1 и c2.
phi = [10 0.01];
Выполняйте симуляции до тех пор, пока время остановки не составит 5, и стройте график результатов симуляции.
sbioplot(f(phi,5))
Подтвердите SimFunction f объекта была ускорена во время выполнения.
f.isAccelerated
ans =
1[1] Gillespie D.T. «Точная стохатическая симуляция связанных химических реакций» (1977) The Journal of Physical Chemistry, 81 (25), 2340-2361.