Фон

Предположим, что у вас есть модель с одним отделением с видом под названием drug это представляет общее количество препарата в организме. Препарат добавляют в организм посредством дозирования первого порядка, представленного реакцией dose -> drug, с константой скорости поглощения ka. Его удаляют из организма посредством элиминации первого порядка, представленной реакцией drug -> null, с константой скорости устранения ke. Этот пример показывает, как настроить такую модель с одним отделением, поглощение и удаление первого порядка.

Создайте модель с одним отсеком

Создайте модель SimBiology с именем onecomp.

m1 = sbiomodel('onecomp');

Определите элиминацию препарата путем добавления реакционной drug -> null в модель. The drug вид представляет общее количество лекарственного средства в отсеке.

r1 = addreaction(m1,'drug -> null');

Обратите внимание, что отсек и вид drug создаются автоматически, и drug добавляется в отсек. The null вид является зарезервированным видом, который действует как раковина в этой реакции.

Добавьте к реакции кинетический закон действия масс. Этот кинетический закон определяет устранение препарата, чтобы следовать кинетике первого порядка.

k1 = addkineticlaw(r1,'MassAction');

Определите параметр скорости устранения ke и добавить его в кинетический закон.

p1 = addparameter(k1,'ke','Value',1.0,'ValueUnits','1/hour');

Задайте параметр скорости ke как параметр прямой скорости реакции путем установки ParameterVariableNames свойство объекта кинетического права k2. Это позволяет SimBiology определять скорость реакции для drug -> null реакция.

k1.ParameterVariableNames = 'ke';

Настройка дозирования первого порядка

Добавьте реакцию, которая представляет поглощение лекарственного средства, используя второй вид dose. Он представляет промежуточный вид, который будет дозирован непосредственно и требуется для настройки кинетики поглощения первого порядка.

r2 = addreaction(m1,'dose -> drug');

Добавьте к реакции кинетический закон действия масс. Этот кинетический закон определяет поглощение препарата, чтобы следовать кинетике первого порядка.

k2 = addkineticlaw(r2,'MassAction');

Задайте параметр скорости поглощения ka и добавить его в кинетический закон.

p2 = addparameter(k2,'ka','Value',0.1,'ValueUnits','1/hour');

Задайте параметр скорости ka как параметр прямой скорости реакции путем установки ParameterVariableNames свойство объекта кинетического права k1. Это позволяет SimBiology определять скорость реакции для dose -> drug реакция.

k2.ParameterVariableNames = 'ka';

Предположим, вы хотите увеличить концентрацию препарата в системе путем введения серии доз: 250 мг три раза в день (t.i.d) в течение двух дней. Укажите количество дозы (Amount), временной интервал между каждой дозой (Interval), и общее количество доз (RepeatCount). Вам также нужно задать Active свойство объекта дозы к true так, чтобы доза была применена к модели во время симуляции. RepeatCount был установлен равным 5, вместо 6, поскольку он представляет количество доз после первой дозы во время начала дозы по умолчанию (d1.StartTime = 0).

d1 = sbiodose('d1','repeat');
d1.Amount = 250;
d1.AmountUnits = 'milligram';
d1.Interval = 8;
d1.TimeUnits = 'hour';
d1.RepeatCount = 5;
d1.Active = true;

Укажите целевой вид объекта дозы. Целью должна быть dose виды, а не drug вид, так что поглощение лекарственного средства следует кинетике первого порядка.

d1.TargetName = 'dose';

Симулируйте модель

Измените время остановки симуляции на 48 часов, чтобы соответствовать графику дозирования.

cs = getconfigset(m1);
cs.StopTime = 48;
cs.TimeUnits = 'hour';

В сложение не регистрируйте данные о видах доз, так как вы в основном заинтересованы в мониторинге видов лекарств, которые являются концентрацией лекарств в системе. Это делает визуализацию вида на графике более удобной. Для этого установите StatesToLog свойство включать виды drug только.

cs.RuntimeOptions.StatesToLog = {'drug'};

Симулируйте модель с помощью графика дозирования, заданного объектом |d1 |dose.

[t,sd,species] = sbiosimulate(m1,d1);

Графическое изображение результатов

Постройте график зависимости концентрации от временного профиля препарата в отсеке.

plot(t,sd);
legend(species,'Location','NorthWest');
xlabel('Hours');
ylabel('Drug Concentration');

Фон

Предположим, что у вас есть модель с одним отделением с видом под названием drug это представляет общее количество препарата в организме. Препарат удаляют из организма посредством элиминации первого порядка, представленной реакцией drug -> null, с константой скорости устранения ke. Другими словами, концентрация препарата в зависимости от временного профиля следует за моноэкспоненциальным снижением $$C_t=C_0{e}^{-k_{e}t}$$, где $$C_t$$ - концентрация препарата в момент t, $$C_0$$ - начальная концентрация, и ke - константа скорости устранения. Этот пример показывает, как настроить такую однокамерную модель и вводить серию болюсных доз, а именно 250 мг три раза в день (tid) в течение двух дней.

Создайте модель с одним отсеком

Сначала создайте модель SimBiology с именем onecomp.

m1 = sbiomodel('onecomp');

Определите удаление препарата из системы путем добавления реакции drug -> null в модель.

r1 = addreaction(m1,'drug -> null');

Вид drug автоматически создается и реакция добавляется в отделение. The null вид является зарезервированным видом, который действует как раковина в этой реакции.

Добавьте к реакции кинетический закон действия масс. Этот кинетический закон определяет устранение препарата, чтобы следовать кинетике первого порядка.

k1 = addkineticlaw(r1,'MassAction');

Определите параметр скорости устранения ke и добавить его в кинетический закон.

p1 = addparameter(k1,'ke','Value',1.0,'ValueUnits','1/hour');

Задайте параметр скорости ke как параметр прямой скорости реакции путем установки ParameterVariableNames свойство объекта кинетического права k1. Это позволяет SimBiology определять скорость реакции для drug -> null реакция.

k1.ParameterVariableNames = 'ke';

Настройте серию доз Болуса

Предположим, что вы хотите увеличить концентрацию препарата в системе путем введения серии болюсных доз: 250 мг три раза в день (tid) в течение двух дней. Создайте объект повторной дозы. Укажите количество дозы (Amount), цель дозы, временной интервал между каждой дозой (Interval), и общее количество доз (RepeatCount). Вам также нужно задать Active свойство объекта дозы к true так, чтобы доза была применена к модели во время симуляции.

d1 = sbiodose('d1','repeat');
d1.Amount = 250;
d1.AmountUnits = 'milligram';
d1.TargetName = 'drug';
d1.Interval = 8;
d1.TimeUnits = 'hour';
d1.RepeatCount = 5;
d1.Active = true;

RepeatCount был установлен равным 5, вместо 6, поскольку он представляет количество доз после первой дозы во время начала дозы по умолчанию (d1.StartTime = 0).

Симулируйте модель

Измените время остановки симуляции на 48 часов, чтобы соответствовать графику дозирования, заданному d1 объект дозы.

cs = getconfigset(m1);
cs.StopTime = 48;
cs.TimeUnits = 'hour';
[t,sd,species] = sbiosimulate(m1,d1);

Графическое изображение результатов

Постройте график зависимости концентрации от временного профиля препарата в системе.

plot(t,sd);
legend(species);
xlabel('Hours');
ylabel('Drug Concentration');

Фон

Предположим, что у вас есть модель с одним отделением с видом под названием drug это представляет общее количество препарата в организме. Препарат удаляют из организма посредством элиминации первого порядка, представленной реакцией drug -> null, с константой скорости устранения ke. Другими словами, концентрация препарата в зависимости от временного профиля следует за моноэкспоненциальным снижением $$C_t=C_0{e}^{-k_{e}t}$$, где $$C_t$$ - концентрация препарата в момент t, $$C_0$$ - начальная концентрация, и ke - константа скорости устранения. Этот пример показов, как настроить такую однокамерную модель и увеличить концентрацию лекарственного средства в этой камере посредством поглощения нулевого порядка, которое занимает 25 часов, чтобы ввести общую суммарную дозу 250 мг.

Создайте модель с одним отсеком

Создайте модель SimBiology с именем onecomp.

m1 = sbiomodel('onecomp');

Определите удаление препарата из системы путем добавления реакции drug -> null в модель.

r1 = addreaction(m1,'drug -> null');

Вид drug автоматически создается и добавляется в отсек. The null вид является зарезервированным видом, который действует как раковина в этой реакции.

Добавьте к реакции кинетический закон действия масс. Этот кинетический закон определяет устранение препарата, чтобы следовать кинетике первого порядка.

k1 = addkineticlaw(r1,'MassAction');

Определите параметр скорости устранения ke и добавить его в кинетический закон.

p1 = addparameter(k1,'ke','Value',1.0,'ValueUnits','1/hour');

Задайте параметр скорости ke как параметр прямой скорости реакции путем установки ParameterVariableNames свойство объекта кинетического права k1. Это позволяет SimBiology определять скорость реакции для drug -> null реакция.

k1.ParameterVariableNames = 'ke';

Настройка дозирования нулевого порядка

Чтобы настроить дозирование нулевого порядка, сначала создайте параметр длительности нулевого порядка p2 это представляет время, необходимое для введения дозы. Далее укажите количество дозы (Amount), цель дозы (TargetName), и имя параметра длительности нулевого порядка (DurationParameterName). Вам также нужно задать Active свойство объекта дозы к true так, чтобы доза была применена к модели во время симуляции.

p2 = addparameter(m1,'duration','Value',25,'ValueUnits','hour');
d1 = sbiodose('d1');
d1.Amount = 250;
d1.AmountUnits = 'milligram';
d1.TargetName = 'drug';
d1.DurationParameterName = 'duration'; %Name of the duration parameter |p2|
d1.Active = true;

Симулируйте модель

Измените время остановки симуляции на 48 часов, чтобы увидеть полный временной профиль. Примените график дозирования, заданный d1 в модель во время симуляции.

cs = getconfigset(m1);
cs.StopTime = 48;
cs.TimeUnits = 'hour';
[t,sd,species] = sbiosimulate(m1,d1);

Отобразите результаты

Постройте график зависимости концентрации от временного профиля препарата в отсеке.

plot(t,sd);
legend(species);
xlabel('Hours');
ylabel('Drug Concentration');

Фон

Предположим, что у вас есть модель с одним отделением с видом под названием drug это представляет общее количество препарата в организме. Препарат удаляют из организма посредством элиминации первого порядка, представленной реакцией drug -> null, с константой скорости устранения ke. Другими словами, концентрация препарата в зависимости от временного профиля следует за моноэкспоненциальным снижением $$C_t=C_0{e}^{-k_{e}t}$$, где $$C_t$$ - концентрация препарата в момент t, $$C_0$$ - начальная концентрация, и ke - константа скорости устранения. Этот пример показов, как настроить такую однокамерную модель и добавить капельного внутривенного введения с постоянной скоростью 10 мг/час для общей суммарной дозы 250 мг.

Создайте модель с одним отсеком

Создайте модель SimBiology с именем onecomp.

m1 = sbiomodel('onecomp');

Определите удаление препарата из системы путем добавления реакции drug -> null в модель.

r1 = addreaction(m1,'drug -> null');

Вид drug автоматически создается и добавляется в отсек. The null вид является зарезервированным видом, который действует как раковина в этой реакции.

Добавьте к реакции кинетический закон действия масс. Этот кинетический закон определяет устранение препарата, чтобы следовать кинетике первого порядка.

k1 = addkineticlaw(r1,'MassAction');

Определите параметр скорости устранения ke и добавить его в кинетический закон.

p1 = addparameter(k1,'ke','Value',1.0,'ValueUnits','1/hour');

Задайте параметр скорости ke как параметр прямой скорости реакции путем установки ParameterVariableNames свойство объекта кинетического права k1. Это позволяет SimBiology определять скорость реакции для drug -> null реакция.

k1.ParameterVariableNames = 'ke';

Настройка Капельного внутривенного введения

Укажите количество дозы (Amount), цель дозы (TargetName) и скорость введения (Rate). Вам также нужно задать Active свойство объекта дозы к true так, чтобы доза была применена к модели во время симуляции.

d1 = sbiodose('d1');
d1.Amount = 250;
d1.TargetName = 'drug';
d1.Rate = 10;
d1.RateUnits = 'milligram/hour';
d1.Active = true;

Симулируйте модель

Измените время остановки симуляции на 48 часов, чтобы увидеть полный временной курс. Примените график дозирования, заданный d1 в модель во время симуляции.

cs = getconfigset(m1);
cs.StopTime = 48;
cs.TimeUnits = 'hour';
[t,sd,species] = sbiosimulate(m1,d1);

Отобразите результаты

Постройте график зависимости концентрации от временного профиля препарата в системе.

plot(t,sd);
legend(species);
xlabel('Hours');
ylabel('Drug Concentration');