SUNDIALS (Наборов нелинейных и дифференциальных/алгебраических решателей уравнений) являются частью свободно доступного стороннего пакета, разработанного в Ливерморской национальной лаборатории им. Лоуренса. Все другие решатели ОДУ, используемые для симуляции SimBiology® модели, такие как ode45 и ode15s, являются частью MATLAB® Пакет ODE. SimBiology в настоящее время (R2018b или более поздняя версия) использует SUNDIALS 3.1.0.
SimBiology всегда использует решатель SUNDIALS, чтобы выполнить анализ чувствительности на модели, независимо от того, что вы выбрали в качестве SolverType в конфигурации модели.
В сложение, если вы оцениваете параметры модели используя sbiofit или программу Fit Data с одной из следующих основанных на градиентах функций оценки: fmincon, fminunc, lsqnonlin, или lsqcurvefitSimBiology использует решатель SUNDIALS по умолчанию, чтобы вычислить чувствительность и использовать их для улучшения подбора кривой. Если вы используете sbiofitможно выключить эту функцию вычисления чувствительности путем установки значения аргумента пары "имя-значение" 'SensitivityAnalysis' false. Однако, если вы используете программу Fit Data, вы не можете выключить эту функцию. Рекомендуется, чтобы функция анализа чувствительности включалась, когда это возможно, для более точных градиентных приближений и лучшего соответствия параметра.
Когда вы задаете sundials для решателя программное обеспечение выбирает один из двух решателей SUNDIALS, CVODE или IDA, соответственно для вашей модели:
CVODE является решателем для систем ОДУ, как нежестких, так и жестких. Это используется, когда модель не имеет алгебраических правил.
IDA является решателем дифференциально-алгебраического уравнения (ДАУ), используемым, когда присутствует одно или несколько алгебраических правил.
Для получения дополнительной информации о решателях SUNDIALS смотрите https://www.llnl.gov/casc/sundials/description/description.html.
