plotSurvival

Постройте график функции выживания модели пропорциональных рисков Кокса

Описание

пример

plotSurvival(coxMdl) строит графики базовой функции выживания модели пропорциональных рисков Кокса coxMdl. Функция выживания в момент t - предполагаемая вероятность выживания до времени t. Термин baseline относится к функции выживания на определенном базовом уровне предикторов. Это значение сохранено в coxMdl.Baseline, и значение по умолчанию является средним значением набора данных, используемого для обучения.

пример

plotSurvival(coxMdl,X) строит график функции выживания, когда предикторы имеют значения в X. График включает одну линию для каждой строки X.

пример

plotSurvival(coxMdl,X,Stratification) строит график функции выживания для заданного значения переменной расслоения Stratification. У вас должна быть одна строка Stratification для каждой строки в X.

Примечание

Когда вы обучаете coxMdl использование переменных стратификации и передача переменных предиктора X, plotSurvival также требует, чтобы вы передали переменные стратификации.

пример

plotSurvival(coxMdl,ax,___) графики в заданных графических осях ax использование любой комбинации входных аргументов в предыдущих синтаксисах.

пример

plotSurvival(___,'Time',T) строит график функции выживания в случаях, перечисленных в T.

graphics = plotSurvival(___) возвращает массив Stair графические объекты. См. Раздел Свойств лестницы»

Примеры

свернуть все

Выполните регрессию пропорциональных рисков Кокса на lightbulb набор данных, который содержит моделируемые сроки службы лампочек. Первый столбец данных о лампочках содержит время жизни (в часах) двух разных типов лампочек. Второй столбец содержит двоичную переменную, указывающую, является ли луковица флуоресцентной или раскаленной; 0 указывает, что лампочка флуоресцентна, а 1 указывает, что она накалена. Третий столбец содержит информацию о цензуре, где 0 указывает, что луковица наблюдалась до отказа, и 1 указывает, что наблюдение было подвергнуто цензуре.

Подгонка модели пропорциональных рисков Кокса на время жизни лампочек с учетом цензуры. Переменная предиктора является типом лампы.

load lightbulb
coxMdl = fitcox(lightbulb(:,2),lightbulb(:,1), ...
    'Censoring',lightbulb(:,3));

Постройте график функции выживания базовой линии как функции времени t, что означает вероятность того, что световой пузырь выходит из строя через некоторое время t. По умолчанию базовая линия вычисляется для среднего значения предиктора, которое в этом случае mean(lightbulb(:,2)) = 0.5.

plotSurvival(coxMdl)

Figure contains an axes. The axes with title Estimated Survival Probability contains an object of type stair. This object represents Baseline.

Постройте график выживания для флуоресцентных лампочек (предиктор = 0) и лампочек накаливания (предиктор = 1).

plotSurvival(coxMdl,[0;1])

Figure contains an axes. The axes with title Estimated Survival Probability contains 2 objects of type stair. These objects represent X=0, X=1.

Чтобы вычислить выживание без графического изображения, используйте survival.

Загрузите coxModel данные. (Эти моделируемые данные сгенерированы в примере объекта модели пропорциональных опасностей Кокса.) Модель с именем coxMdl имеет три уровня стратификации (1, 2 и 3) и предиктор X с тремя категориальными значениями (1, 1/20 и 1/100).

load coxModel

Постройте график выживания для X = 1 на трех уровнях расслоения.

c1 = categorical(1);
X = [c1;c1;c1];
stratification = [1;2;3];
plotSurvival(coxMdl,X,stratification)
xlim([1,30])

Figure contains an axes. The axes with title Estimated Survival Probability contains 3 objects of type stair. These objects represent X=1, Stratification=1, X=1, Stratification=2, X=1, Stratification=3.

Загрузите coxModel данные. (Эти моделируемые данные сгенерированы в примере объекта модели пропорциональных опасностей Кокса.) Модель с именем coxMdl имеет три уровня стратификации (1, 2 и 3) и предиктор X с тремя категориальными значениями (1, 1/20 и 1/100).

load coxModel

Чтобы включить программное редактирование графика выживания, создайте оси.

h = figure;
axes1 = axes('Parent',h);

Постройте график функции выживания для X значение предиктора categorical(1) и уровень расслоения 3. Этот уровень расслоения представляет постоянную скорость опасности. При логарифмическом масштабировании полученный график выживания должен быть близок к прямой линии. График для времени с 1 по 30.

oo = categorical(1);
plotSurvival(coxMdl,axes1,oo,3,'Time',linspace(1,30,300));
axes1.YScale = 'log';

Figure contains an axes. The axes with title Estimated Survival Probability contains an object of type stair. This object represents X=1, Stratification=3.

Входные параметры

свернуть все

Подобранная модель пропорциональных рисков Кокса, заданная как CoxModel объект. Создание coxMdl использование fitcox.

Предикторы для модели, заданные как массив предикторов того же типа, используемых для обучения coxMdl. Каждая строка X представляет один набор предикторов.

Типы данных: double | table | categorical

Уровень стратификации, заданный как переменная или переменные того же типа, используемые для обучения coxMdl. Задайте одинаковое число строк в Stratification как в X.

Типы данных: single | double | logical | char | string | table | cell | categorical

Оси для графического изображения, заданные как объект графических осей.

Время для оценок выживания, заданное как вектор действительных чисел. plotSurvival сортировка заданного времени и преобразование их в вектор-столбец, при необходимости. Полученные значения линейно интерполируются по временам в обучающих данных.

Пример: 0:40

Типы данных: double

Введенный в R2021a