Выравнивание

Сопоставьте чтения со ссылочными последовательностями

Выровняйте чтения последовательности к ссылочным последовательностям с помощью различных функций. Галстук-бабочка 1 (bowtie) приспособлен к выравниванию относительно коротких чтений (до 50 BP). Галстук-бабочка 2 (bowtie2) более подходит для чтений дольше, чем 50 BP и предоставляет несколько преимуществ включая один - и поддержка чтений парного конца, локальная и сквозная поддержка выравнивания и разорванное выравнивание с аффинными штрафами. BWA Выравнивания Нор-Wheeler (bwamem) подходит для выравнивания 70 последовательностей запроса bp-1 Mbp. Это работает выравниваниями отбора с максимальными точными совпадениями и расширяющими seed с алгоритмом Смита-лодочника аффинного разрыва.

Функции

`bowtie`	Короткие чтения карты к ссылочной последовательности с помощью Нор-Wheeler преобразовывают
`bowtiebuild`	Сгенерируйте индекс с помощью Нор-Wheeler, преобразовывают
`bowtie2`	Сопоставьте чтения последовательности со ссылочной последовательностью
`bowtie2build`	Создайте Галстук-бабочку 2 индексных файла из ссылочных последовательностей
`bowtie2inspect`	Смотрите Галстук-бабочку 2 индексных файла
`bwaindex`	Создайте индексы BWA из ссылочной последовательности
`bwamem`	Сопоставьте чтения последовательности со ссылочным геномом с помощью BWA
`align2cigar`	Преобразуйте выровненные последовательности в соответствующие подписи в формате CIGAR
`cigar2align`	Преобразуйте невыровненные последовательности в выровненные последовательности с помощью подписей в формате CIGAR

Классы

`BioMap`	Содержите последовательность, качество, выравнивание и данные об отображении
`Bowtie2AlignOptions`	Опции, чтобы сопоставить чтения со ссылочной последовательностью
`Bowtie2BuildOptions`	Содержите опции, чтобы создать Галстук-бабочку 2 индексных файла из ссылочных последовательностей
`Bowtie2InspectOptions`	Содержите опции, чтобы смотреть Галстук-бабочку 2 индексных файла
`BWAIndexOptions`	Опция установлена для `bwaindex`
`BWAMEMOptions`	Опция установлена для `bwamem`

Темы

Визуализируйте данные NGS Используя приложение Genomics Viewer

Используйте приложение Genomics Viewer для данных о выравнивании представления NGS для одного изменения нуклеотида цитохрома p450 ген.

Пакеты программной поддержки Bioinformatics Toolbox

Загрузите и установите пакеты поддержки Биоинформатики для рабочих процессов NGS.

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Памятка переводчика

1. Если смысл перевода понятен, то лучше оставьте как есть и не придирайтесь к словам, синонимам и тому подобному. О вкусах не спорим.

2. Не дополняйте перевод комментариями “от себя”. В исправлении не должно появляться дополнительных смыслов и комментариев, отсутствующих в оригинале. Такие правки не получится интегрировать в алгоритме автоматического перевода.

3. Сохраняйте структуру оригинального текста - например, не разбивайте одно предложение на два.

4. Не имеет смысла однотипное исправление перевода какого-то термина во всех предложениях. Исправляйте только в одном месте. Когда Вашу правку одобрят, это исправление будет алгоритмически распространено и на другие части документации.

5. По иным вопросам, например если надо исправить заблокированное для перевода слово, обратитесь к редакторам через форму технической поддержки.