Bioinformatics Toolbox™ обеспечивает пакеты поддержки для различных рабочих процессов секвенирования следующего поколения и исследований. Сделать пакет поддержки доступным в вашем MATLAB® командная строка, необходимо сначала установить его.
Выполните эти шаги, чтобы установить пакет поддержки.
В разделе Environment панели инструментов MATLAB выберите Add-Ons> Get Add-Ons.
В Add-On Explorer ищите пакет поддержки, который вы хотите установить путем ввода его имени.
Установите пакет поддержки.
Для получения дополнительной информации об установке дополнений, смотрите, Получают и Управляют Дополнениями. Дополнительные сведения см. в Дополнениях.
В следующей таблице перечислены все пакеты поддержки Bioinformatics Toolbox, которые доступны для скачивания как Дополнения.
Имя пакета поддержки | Версия† | Соответствующие функции MATLAB | Поддерживаемая ОС |
|---|---|---|---|
Интерфейс Bioinformatics Toolbox для Выравнивателя Галстука-бабочки [1] (ссылка на загрузку) | 2.3.2 | Mac и UNIX® | |
Пакет поддержки запонок для Bioinformatics Toolbox [2] (ссылка на загрузку) | 2.2.1 |
| Mac и UNIX |
Пакет поддержки BWA для Bioinformatics Toolbox [3][4] (ссылка на загрузку) | 0.7.17 | Mac и UNIX |
†Версия исходного (стороннего) программного обеспечения
[1] Langmead, Бен и Стивен Л Залцберг. “Быстро Содержащий разрывы считанное Выравнивание с Галстуком-бабочкой 2”. Методы природы 9, № 4 (апрель 2012): 357–59. https://doi.org/10.1038/nmeth.1923.
[2] Trapnell, Капуста, Брайан А Уильямс, Гео Pertea, Али Мортэзэви, Гордон Кван, Мэриджк Дж ван Бэрен, Стивен Л Залцберг, Барбара Дж Уолд и Лайор Пэчтер. “Блок расшифровки стенограммы и Квантификация RNA-Seq Показывают Неаннотируемые Расшифровки стенограммы и Изоформу, Переключающуюся во время Клеточной дифференцировки”. Биотехнология природы 28, № 5 (май 2010): 511–15.
[3] Литий, Хэн и Ричард Дербин. “Быстрое и Точное Долго считанное Выравнивание с Преобразованием Нор-Wheeler”. Биоинформатика 26, № 5 (1 марта 2010): 589–95. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp698.
[4] Литий, Хэн и Ричард Дербин. “Быстрое и Точное Короткое Выравнивание Чтения с Преобразованием Нор-Wheeler”. Биоинформатика 25, № 14 (15 июля 2009): 1754–60. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp324.