affysnpquartets

Составьте таблицу результатов четырехразрядного байта зонда SNP для набора зонда Affymetrix

Синтаксис

SNPQStruct = affysnpquartets(CELStruct, CDFStruct, PS)

Входные параметры

CELStruct Структура, созданная affyread функция от Affymetrix® Файл CEL, который содержит информацию о значениях интенсивности отдельных зондов.
CDFStructСтруктура, созданная affyread функция из файла библиотеки Affymetrix CDF сопоставлена с файлом CEL. Файл библиотеки CDF содержит информацию, о которой принадлежат зонды, на который зонд установил.
PSТестовый индекс набора или тестовый ID/имя набора.

Выходные аргументы

SNPQStructСтруктура, содержащая тестовый четырехразрядный байт, происходит для определенного набора зонда SNP от данных в файле CEL и сопоставленном файле библиотеки CDF.

Описание

SNPQStruct = affysnpquartets(CELStruct, CDFStruct, PS) создает SNPQStruct, структура, содержащая тестовый четырехразрядный байт, заканчивается для определенного набора зонда SNP, заданного PS, из данных тестового уровня в файле CEL и сопоставленном файле библиотеки CDF. CELStruct структура, созданная affyread функция из файла Affymetrix CEL. PS тестовый индекс набора или тестовый ID/имя набора от CDFStruct, структура, созданная affyread функция из файла библиотеки Affymetrix CDF сопоставлена с файлом CEL. SNPQStruct структура, содержащая следующие поля.

Поле Описание
'ProbeSet'Идентификатор для тестового набора.
'AlleleA'Вектор символов, задающий основу, которая является аллелью для тестового набора.
'AlleleB'Вектор символов, задающий основу, которая является аллелью B для тестового набора.
'Quartet'Массив структур, содержащий значения интенсивности для PM (идеальная пара) и MM (несоответствие), зондирует пары, включая смысл и зонды антисмысла для аллелей A и B. Каждая структура в массиве соответствует тестовой паре в тестовом наборе.

Примеры

Следующий пример использует NA06985_Hind_B5_3005533.CEL файл. Можно загрузить это и другие демонстрационные файлы CEL от:

NA06985_Hind_B5_3005533.CEL файл включен в 100K_trios.hind.1.zip файл.

Следующий пример использует файл библиотеки CDF для Отображения 50K Задние 240 массивов, с которых можно загрузить:

Следующий пример принимает что NA06985_Hind_B5_3005533.CEL файл хранится на MATLAB® путь поиска файлов или в текущей папке. Это также принимает что связанный файл библиотеки CDF, Mapping50K_Hind240.cdf, хранится в D:\Affymetrix\LibFiles\.

  1. Считайте содержимое файла CEL в структуру MATLAB.

    celStruct = affyread('NA06985_Hind_B5_3005533.CEL');
  2. Считайте содержимое CDF-файла в структуру MATLAB.

    cdfStruct = affyread('D:\Affymetrix\LibFiles\Mapping50K_Hind240.cdf');
  3. Создайте структуру, содержащую результаты четырехразрядного байта зонда SNP для SNP_A-1684395 тестовый набор.

    SNPQStruct = affysnpquartets(celStruct,cdfStruct,'SNP_A-1684395')
    
    SNPQStruct = 
    
        ProbeSet: 'SNP_A-1684395'
         AlleleA: 'A'
         AlleleB: 'G'
         Quartet: [1x5 struct]
  4. Просмотрите значения интенсивности первой тестовой пары в тестовом наборе.

    SNPQStruct.Quartet(1)
    
    ans = 
    
            A_Sense_PM: 5013
            B_Sense_PM: 1290
            A_Sense_MM: 1485
            B_Sense_MM: 686
        A_Antisense_PM: 3746
        B_Antisense_PM: 1406
        A_Antisense_MM: 1527
        B_Antisense_MM: 958

Смотрите также

|

Введенный в R2008a
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте