cghfreqplot

Отобразите частоту изменений номера копии ДНК через несколько выборок

Синтаксис

FreqStruct = cghfreqplot(CGHData) FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Threshold', ThresholdValue, ...) FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Group', GroupValue, ...) FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Subgrp', SubgrpValue, ...) FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Subplot', SubplotValue, ...) FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Cutoff', CutoffValue, ...) FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Chromosome', ChromosomeValue, ...) FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'IncludeX', IncludeXValue, ...) FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'IncludeY', IncludeYValue, ...) FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Chrominfo', ChrominfoValue, ...) FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'ShowCentr', ShowCentrValue, ...) FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Color', ColorValue, ...) FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'YLim', YLimValue, ...) FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Titles', TitlesValue, ...)

Входные параметры

`CGHData`	Основанная на массиве сравнительная геномная гибридизация (aCGH) данные в любой из следующих форм: Структура со следующими полями: `Sample` — Массив ячеек из символьных векторов или вектор строки, содержащий демонстрационные (дополнительные) имена. `Chromosome` — Вектор, содержащий числа хромосомы, на которых расположены клоны. `GenomicPosition` — Вектор, содержащий геномные положения (в BP, Кбите или mb модулях), с которым сопоставлены клоны. `Log2Ratio` — Матрица, содержащая _log2 отношение теста к интенсивности опорного сигнала для каждого клона. Каждая строка соответствует клону, и каждый столбец соответствует выборке. Матрица, в которой каждая строка соответствует клону. Первый столбец содержит номер хромосомы, второй столбец содержит геномное положение и остальные столбцы, каждый содержит _log2 отношение теста к интенсивности опорного сигнала для выборки.
`ThresholdValue`	Положительная скалярная величина или вектор, который задает порог усиления/потери. Клон считается усилением, если его _log2 отношение выше `ThresholdValue`, и потеря, если ее _log2 отношение ниже отрицательного `ThresholdValue`. `ThresholdValue` применяется можно следующим образом: Если положительная скалярная величина, это - усиление и порог потерь для всех выборок. Если двухэлементный вектор, первым элементом является порог усиления для всех выборок, и вторым элементом является порог потерь для всех выборок. Если вектор из той же длины как количество отсчетов, каждый элемент в векторе рассматривается как уникальное усиление и порог потерь для каждой выборки. Значением по умолчанию является `0.25`.
`GroupValue`	Задает демонстрационные группы, чтобы вычислить частоту от. Выбор: Вектор из демонстрационных индексов столбца (для данных только с одной группой). Выборки, заданные в векторе, рассматриваются группой. Массив ячеек векторов из демонстрационных индексов столбца (для данных, разделенных на несколько групп). Каждый элемент в массиве ячеек рассматривается группой. Значением по умолчанию является одна группа всех выборок в `CGHData`.
`SubgrpValue`	Управляет анализом выборок подгруппами. Выбором является `true` (значение по умолчанию) или `false`.
`SubplotValue`	Управляет отображением всех графиков в одном Окне рисунка, когда больше чем одна подгруппа анализируется. Выбором является `true` (значение по умолчанию) или `false` (отображения строят в отдельных окнах).
`CutoffValue`	Скаляр или двухэлементный числовой вектор, который задает сокращение, которое управляет графическим выводом только клонов с прибылями или убытками частоты, больше, чем или равный `CutoffValue`. Если двухэлементный вектор, первым элементом является сокращение для усилений, и второй элемент за потери. Значением по умолчанию является `0`.
`ChromosomeValue`	Один номер хромосомы или вектор из чисел хромосомы, которые задают хромосомы, для которых можно отобразить частотные графики. Значением по умолчанию являются все хромосомы в `CGHData`.
`IncludeXValue`	Управляет включением X хромосом в анализе. Выбором является `true` (значение по умолчанию) или `false`.
`IncludeYValue`	Управляет включением хромосомы Y в анализе. Выбором является `true` или `false` (значение по умолчанию).
`ChrominfoValue`	Цитогенетическая информация соединения, указанная любым из следующего: Структура, возвращенная `cytobandread` функция Вектор символов или строка, задающая имя файла текстового файла идеограммы NCBI или Браузера Генома UCSC cytoband текстовый файл Значением по умолчанию является Человек разумный цитогенетическая информация о соединении от Браузера Генома UCSC, Сборка NCBI 36.1 (`https://genome.UCSC.edu`).
`ShowCentrValue`	Управляет отображением позиций центромеры вертикальных пунктирных линий в частотном графике. Выбором является `true` (значение по умолчанию) или `false`. Совет Положения центромеры получены из `ChrominfoValue`.
`ColorValue`	Цветовая схема для вертикальных линий в графике, указывая на частоту прибылей и убытков, заданных любым из следующего: Имя или указатель на функцию, которая возвращает палитру Матрица M-3, содержащая значения RGB. Если M равняется 1, то тот один цвет используется для всех прибылей и убытков. Если M равняется 2 или больше, то первая строка используется для усилений, вторая строка используется для потерь, и проигнорированы остающиеся строки. Например, `[0 1 0;1 0 0]` задает зеленый для усиления и красный за потерю. Схема цвета по умолчанию является областью значений цветов от чистого зеленого (усиление = 1) через желтый (0) к чистому красному (потеря = –1).
`YLimValue`	Двухэлементный вектор, задающий минимальные и максимальные значения на вертикальной оси. Значением по умолчанию является `[1, -1]`.
`TitlesValue`	Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, который задает заголовки для группы (групп), которые добавляются к верхним частям графика (графиков).

Выходные аргументы

FreqStruct

Структура, содержащая данные о частоте в следующих полях:

Group — Массив структур, с каждой структурой, представляющей группу выборок. Каждая структура содержит следующие поля:
- Sample — Массив ячеек, содержащий имена выборок в группе.
- GainFrequency — Вектор-столбец, содержащий среднее усиление для каждого клона для группы выборок.
- LossFrequency — Вектор-столбец, содержащий среднюю потерю для каждого клона для группы выборок.
Chromosome — Вектор-столбец, содержащий числа хромосомы, на которых расположены клоны.
GenomicPosition — Вектор-столбец, содержащий геномные положения клонов.

Совет

Можно использовать эту структуру output в качестве входа к cghfreqplot функция.

Описание

FreqStruct = cghfreqplot(CGHData) отображает частоту усиления номера копии или потери через несколько выборок для каждого клона на массиве против их геномного положения вдоль хромосом.

FreqStruct = cghfreqplot (CGHDataPropertyName ', PropertyValue, ...) вызовы cghfreqplot с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Threshold', ThresholdValue, ...) задает порог усиления/потери. Клон считается усилением, если его _log2 отношение выше ThresholdValue, и потеря, если ее _log2 отношение ниже отрицательного ThresholdValue.

ThresholdValue применяется можно следующим образом:

Если положительная скалярная величина, это - усиление и порог потерь для всех выборок.
Если двухэлементный вектор, первым элементом является порог усиления для всех выборок, и вторым элементом является порог потерь для всех выборок.
Если вектор из той же длины как количество отсчетов, каждый элемент в векторе рассматривается как уникальное усиление и порог потерь для каждой выборки.

Значением по умолчанию является 0.25.

FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Group', GroupValue, ...) задает демонстрационные группы, чтобы вычислить частоту от. Выбор:

Вектор из демонстрационных индексов столбца (для данных только с одной группой). Выборки, заданные в векторе, рассматриваются группой.
Массив ячеек векторов из демонстрационных индексов столбца (для данных, разделенных на несколько групп). Каждый элемент в массиве ячеек рассматривается группой.

Значением по умолчанию является одна группа всех выборок в CGHData.

FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Subgrp', SubgrpValue, ...) управляет анализом выборок подгруппами. Выбором является true (значение по умолчанию) или false.

FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Subplot', SubplotValue, ...) управляет отображением всех графиков в одном Окне рисунка, когда больше чем одна подгруппа анализируется. Выбором является true (значение по умолчанию) или false (отображения строят в отдельных окнах).

FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Cutoff', CutoffValue, ...) задает значение сокращения, которое управляет графическим выводом только клонов с прибылями или убытками частоты, больше, чем или равный CutoffValue. CutoffValue скаляр или двухэлементный числовой вектор. Если двухэлементный числовой вектор, первым элементом является сокращение для усилений, и второй элемент за потери. Значением по умолчанию является 0.

FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Chromosome', ChromosomeValue, ...) отображает частотные графики только хромосомы (хромосом), заданной ChromosomeValue, который может быть одним номером хромосомы или вектором из чисел хромосомы. Значением по умолчанию являются все хромосомы в CGHData.

FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'IncludeX', IncludeXValue, ...) управляет включением X хромосом в анализе. Выбором является true (значение по умолчанию) или false.

FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'IncludeY', IncludeYValue, ...) управляет включением хромосомы Y в анализе. Выбором является true или false (значение по умолчанию).

FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Chrominfo', ChrominfoValue, ...) указывает цитогенетическую информацию соединения для хромосом. ChrominfoValue может иметь любой следующее

Структура, возвращенная cytobandread функция
Вектор символов или строка, задающая имя файла текстового файла идеограммы NCBI или Браузера Генома UCSC cytoband текстовый файл

Значением по умолчанию является Человек разумный цитогенетическая информация о соединении от Браузера Генома UCSC, Сборка NCBI 36.1 (https://genome.UCSC.edu).

Совет

Можно загрузить файлы, содержащие цитогенетические данные G-соединения из NCBI или FTP-сайта Браузера Генома UCSC. Например, можно загрузить цитогенетические данные о соединении для Человека разумного от:

ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg18/database/cytoBandIdeo.txt.gz

FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'ShowCentr', ShowCentrValue, ...) управляет отображением позиций центромеры вертикальных пунктирных линий в частотном графике. Выбором является true (значение по умолчанию) или false.

Совет

Положения центромеры получены из ChrominfoValue.

FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Color', ColorValue, ...) задает цветовую схему для вертикальных линий в графике, указывая на частоту прибылей и убытков. Выбор:

Имя или указатель на функцию, которая возвращает палитру.
Матрица M-3, содержащая значения RGB. Если M равняется 1, то тот один цвет используется для всех прибылей и убытков. Если M равняется 2 или больше, то первая строка используется для усилений, вторая строка используется для потерь, и проигнорированы остающиеся строки. Например, [0 1 0;1 0 0] задает зеленый для усиления и красный за потерю.

Схема цвета по умолчанию является областью значений цветов от чистого зеленого (усиление = 1) через желтый (0) к чистому красному (потеря = –1).

FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'YLim', YLimValue, ...) задает y вертикальные пределы для частотного графика. YLimValue двухэлементный вектор, задающий минимальные и максимальные значения на вертикальной оси. Значением по умолчанию является [1, -1].

FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Titles', TitlesValue, ...) задает заголовки для группы (групп), которые добавляются к верхним частям графика (графиков). TitlesValue может быть вектор символов, строка, вектор строки или массив ячеек из символьных векторов.

Примеры

свернуть все

Отобразите частоту изменений номера копии от нескольких выборок

Скрипт Open Live Script

Отобразите данные на графике из исследования клеточной линии Coriell

Загрузите основанный на массиве CGH (aCGH) данные из исследования клеточной линии Coriell (Snijders, A. и др., 2001).

load coriell_baccgh

Отобразите частотный график изменений номера копии через все выборки.

Struct = cghfreqplot(coriell_data);

Просмотрите всплывающие подсказки для данных, хромосом и центромер. Сначала нажмите кнопку Data Cursor на панели инструментов, затем кликните по черной границе хромосомы или точечной линии центромеры в графике. Чтобы удалить эту всплывающую подсказку, щелкните правой кнопкой по нему, затем выберите Delete Current Datatip.

Отобразите цветную полосу, указывающую на степень усиления или потери путем нажатия кнопки Insert Colorbar на панели инструментов.

Отобразите данные на графике из исследования рака поджелудочной железы

Загрузите aCGH данные из исследования рака поджелудочной железы (Агирре, A. и др., 2004).

load pancrea_oligocgh

Отобразите частотный график изменений номера копии через все выборки с помощью зелено-красной цветовой схемы.

cghfreqplot(pancrea_data, 'Color', [0 1 0; 1 0 0])

Графический вывод групп aCGH Данных

Задайте две группы данных.

grp1 = strncmp('PA.C', pancrea_data.Sample,4);
grp1_ind = find(grp1);
grp2 = strncmp('PA.T', pancrea_data.Sample,4);
grp2_ind = find(grp2);

Отобразите частотный график изменений номера копии через все выборки в этих двух группах и ограничьте графический вывод только клонами с прибылями или убытками частоты, больше, чем или равный 0,25.

SP = cghfreqplot(pancrea_data, 'Group', {grp1_ind, grp2_ind},...
                 'Title', {'CL', 'PT'}, 'Cutoff', 0.25);

Отобразите частотный график изменений номера копии через все выборки в первой группе и ограничьте график хромосомой 4 только.

SP = cghfreqplot(pancrea_data, 'Group', grp1_ind, ...
                 'Title', 'CL Group on Chr 4', 'Chromosome', 4);

Используйте chromosomeplot функция с 'addtoplot' опция, чтобы добавить идеограмму хромосомы 4 для Человека разумного к этому частотному графику. Поскольку график данных о частоте из исследования рака поджелудочной железы находится в модулях Кбита, используйте 'Unit' опция, чтобы преобразовать данные об идеограмме в модули Кбита.

fh = gcf;
currentAxes = fh.CurrentAxes;
chromosomeplot('hs_cytoBand.txt', 4, 'addtoplot', currentAxes, 'Unit', 2);

Ссылки

[1] Snijders, Утра, Nowak, N., Segraves, R., Блэквуд, S., Браун, N., Conroy, J., Гамильтон, G., Hindle, A.K., Хьюи, B., Kimura, K., Закон, S., Myambo, K., Паломник, J., Ylstra, B., Юэ, J.P., Серый, J.W., джайн, А.Н., Pinkel, D., и Альбертсон, D.G. (2001). Блок микромассивов для измерения всего генома ДНК копирует номер. Генетика природы 29, 263–264.

[2] Агирре, A.J., Брэннан, C., Стена замка, G., Sinha, R., Фэн, B., Лео, C., Чжан, Y., Чжан, J., Gans, степень доктора юридических наук, Бардиси, N., Cauwels, C., Cardo Кордона, C., Redston, M.S., DePinho, R.A., и Подбородок, L. (2004). Характеристика с высоким разрешением генома аденокарциномы поджелудочной железы. PNAS 101, 24, 9067–9072.

Введенный в R2008a

Документация

cghfreqplot

Синтаксис

Входные параметры

Выходные аргументы

Описание

Примеры

Отобразите частоту изменений номера копии от нескольких выборок

Ссылки

Смотрите также

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка