Exponenta Banner

getblast

Получите отчет BLAST из веб-сайта NCBI

свернуть все на странице

Синтаксис

blastdata = getblast(RID)
blastdata = getblast(RID,Name,Value)

Описание

пример

blastdata = getblast(RID) получает RID, ID Запроса для отчета BLAST NCBI, и возвращает данные об отчете в blastdata, MATLAB® структура. ID Запроса, RID, должно быть недавним, потому что NCBI производит чистку отчетов после 36 часов.

blastdata = getblast(RID,Name,Value) дополнительные опции использования заданы одним или несколькими аргументами пары "имя-значение".

Примеры

свернуть все

Открыть скрипт

Выполните поиск BLAST на последовательности белка и сохраните результаты в XML-файл.

Получите последовательность от Банка данных Белка и создайте структуру MATLAB.

S = getpdb('1CIV');

Используйте структуру в качестве входа для поиска BLAST с порогом значения 1e-10. Первый выход является ID запроса, и второй выход является предполагаемым временем (в минутах), пока поиск не завершается.

[RID1,ROTE] = blastncbi(S,'blastp','expect',1e-10);

Получите результаты поиска из отчета. Можно сохранить XML-отформатированный отчет в файл для оффлайнового доступа. Используйте ROTE в качестве времени ожидания, чтобы получить результаты.

report1 = getblast(RID1,'WaitTime',ROTE,'ToFile','1CIV_report.xml')

Blast results are not available yet. Please wait ...

report1 = 

  struct with fields:

                RID: 'R49TJMCF014'
          Algorithm: 'BLASTP 2.6.1+'
           Database: 'nr'
            QueryID: 'Query_224139'
    QueryDefinition: 'unnamed protein product'
               Hits: [1×100 struct]
         Parameters: [1×1 struct]
         Statistics: [1×1 struct]

Используйте blastread чтобы считать Показатель взрываемости из XML-отформатированного BLAST сообщают о файле.

blastdata = blastread('1CIV_report.xml')

blastdata = 

  struct with fields:

                RID: ''
          Algorithm: 'BLASTP 2.6.1+'
           Database: 'nr'
            QueryID: 'Query_224139'
    QueryDefinition: 'unnamed protein product'
               Hits: [1×100 struct]
         Parameters: [1×1 struct]
         Statistics: [1×1 struct]

В качестве альтернативы запустите поиск BLAST с инвентарным номером NCBI.

RID2 = blastncbi('AAA59174','blastp','expect',1e-10)

RID2 =

    'R49WAPMH014'

Получите результаты поиска из отчета.

report2 = getblast(RID2)

Blast results are not available yet. Please wait ...

report2 = 

  struct with fields:

                RID: 'R49WAPMH014'
          Algorithm: 'BLASTP 2.6.1+'
           Database: 'nr'
            QueryID: 'AAA59174.1'
    QueryDefinition: 'insulin receptor precursor [Homo sapiens]'
               Hits: [1×100 struct]
         Parameters: [1×1 struct]
         Statistics: [1×1 struct]

Входные параметры

свернуть все

Запросите ID для получения результатов определенного поиска BLAST NCBI в виде вектора символов или строки.

Пример: 'GTF033EZ015'

Аргументы name-value

Задайте дополнительные разделенные запятой пары Name,Value аргументы. Name имя аргумента и Value соответствующее значение. Name должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN.

Пример: 'ToFile','report.xml' сохраняет результаты в файл с именем report.xml.

Имя файла, чтобы сохранить данные об отчете к в виде разделенной запятой пары, состоящей из 'ToFile' и вектор символов или строка. Файл XML-отформатирован по умолчанию.

Пример: 'ToFile','Report.xml'

Время (в минутах), чтобы ожидать отчета от NCBI, чтобы быть готов в виде разделенной запятой пары, состоящей из 'WaitTime' и неотрицательное целое число. Если отчет все еще не готов после того, как требуемое время, ошибка будет сгенерирована.

Значение по умолчанию 0, то есть, нет никакой задержки получения отчета.

Совет

Используйте RTOE, запросите время выполнения, возвращенного blastncbi функционируйте как время ожидания здесь.

Пример: 'WaitTime',2

Тайм-аут связи (в секундах) для каждого запроса в виде положительной скалярной величины. Для получения дополнительной информации смотрите здесь.

Пример: 'TimeOut',10

Выходные аргументы

свернуть все

Данные об отчете BLAST, возвращенные как структура, которая содержит следующие поля:

Поле Описание
RIDЗапросите ID для получения результатов определенного поиска BLAST NCBI
AlgorithmАлгоритм NCBI раньше выполнял поиск BLAST
DatabaseВсе базы данных ищутся
QueryIDИдентификатор последовательности запроса
QueryDefinitionОпределение последовательности запроса
HitsСтруктура, содержащая информацию о последовательностях хита, таких как идентификаторы, инвентарные номера, длины и HSPs (высоко выигрывающие пары сегмента)
ParametersСтруктура, содержащая информацию о входных параметрах раньше, выполняла поиск
StatisticsСводные данные статистических деталей о выполняемом поиске, таких как lambda, каппа и энтропийные значения

Больше о

свернуть все

Хиты

Эта таблица приводит каждое поле blastdata.Hits.

Поле Описание
IDID подчиненной последовательности, которая совпадала с последовательностью запроса
DefinitionОписание подчиненной последовательности
AccessionДоступ подчиненной последовательности
LengthДлина подчиненной последовательности
HspsСтруктура, содержащая информацию о высоко выигрывающих парах сегмента (HSPs)

Hits.Hsps

Эта таблица суммирует поля Hits.Hsps.

Поле Описание
ScoreПопарный счет выравнивания к высоко выигрывающей паре сегмента между последовательностью запроса и подчиненной последовательностью.
BitScoreБитный счет к высоко выигрывающей паре сегмента.
ExpectЗначение ожидания для высоко выигрывающей пары сегмента.
IdentitiesКоличество идентичных или подобных остатков для высоко выигрывающей пары сегмента между последовательностью запроса и подчиненной последовательностью.
PositivesКоличество идентичных или подобных остатков для высоко выигрывающей пары последовательности между последовательностью запроса и подчиненной последовательностью аминокислот. Это поле применяется только к переведенному нуклеотиду или последовательностям запроса аминокислоты и базам данных.
GapsНеприсоединившиеся остатки для высоко выигрывающей пары сегмента.
AlignmentLengthПродолжительность выравнивания для высоко выигрывающей пары сегмента.
QueryIndicesИндексы положений остатка последовательности запроса для высоко выигрывающей пары сегмента.
SubjectIndicesИндексы подчиненных положений остатка последовательности для высоко выигрывающей пары сегмента.
FrameРамка считывания переведенной последовательности нуклеотида для высоко выигрывающей пары сегмента.
Alignment3 N символьным массивом, показывающим выравнивание для высоко выигрывающей пары последовательности между последовательностью запроса и подчиненной последовательностью. Первая строка является последовательностью запроса, вторая строка является выравниванием, и третья строка является подчиненной последовательностью.

Вопросы совместимости

развернуть все

Ошибки, запускающиеся в R2017b

Ошибки, запускающиеся в R2017b

Ошибки, запускающиеся в R2017b

Смотрите также

|

Представлено до R2006a

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка