getExons

Класс: GTFAnnotation

Возвратите таблицу экзонов от GTFAnnotation объект

расширьте все на странице

Синтаксис

exons = getExons(AnnotObj)
[exons,junctions]= getExons(AnnotObj)
[___] = getExons(AnnotObj,'Reference',R)
[___] = getExons(AnnotObj,'Gene',G)
[___] = getExons(AnnotObj,'Transcript',T)

Описание

exons = getExons(AnnotObj) возвращает exons, таблица существующих экзонов в AnnotObj.

[exons,junctions]= getExons(AnnotObj) также возвращает junctions, таблица соединенных соединений для каждой ссылки перечислена в AnnotObj.

[___] = getExons(AnnotObj,'Reference',R) возвращает экзоны, которые принадлежат ссылке (ссылкам), заданной R.

[___] = getExons(AnnotObj,'Gene',G) возвращает экзоны, которые принадлежат гену (генам), заданному G.

[___] = getExons(AnnotObj,'Transcript',T) возвращает экзоны, которые принадлежат расшифровке (расшифровкам) стенограммы, заданной T.

Входные параметры

развернуть все

Аннотация GTF в виде GTFAnnotation объект.

Имена ссылочных последовательностей в виде вектора символов, строки, представляют в виде строки вектор, массив ячеек из символьных векторов или категориальный массив.

Названия должны произойти от Reference поле AnnotObj. Если имя не существует, функция обеспечивает предупреждение и игнорирует его.

Имена генов в виде вектора символов, строки, представляют в виде строки вектор, массив ячеек из символьных векторов или категориальный массив.

Названия должны произойти от Gene поле AnnotObj. Если имя не существует, функция обеспечивает предупреждение и игнорирует имя.

Имена расшифровок стенограммы в виде вектора символов, строки, представляют в виде строки вектор, массив ячеек из символьных векторов или категориальный массив.

Названия должны произойти от Transcript поле AnnotObj. Если имя не существует, функция дает предупреждение и игнорирует имя.

Выходные аргументы

развернуть все

Экзоны в AnnotObj, возвращенный как таблица. Таблица содержит следующие переменные для каждой расшифровки стенограммы.

Имя переменнойОписание
TranscriptМассив ячеек из символьных векторов, содержащий идентификаторы расшифровки стенограммы, полученные из Transcript поле AnnotObj.
GeneNameМассив ячеек из символьных векторов, содержащий имена описанных генов, полученных из Attributes поле AnnotObj. Этот массив ячеек может содержать пустые символьные вектора, если соответствующие названия генов не найдены в Attributes.
GeneIDМассив ячеек из символьных векторов, содержащий описанные генные идентификаторы, полученные из Gene поле AnnotObj.
ReferenceКатегориальный массив, представляющий имена ссылочных последовательностей, которым принадлежат описанные гены. Ссылочные имена от Reference поле AnnotObj.
StartЗапустите местоположение каждого экзона.
StopОстановите местоположение каждого экзона.
StrandКатегориальный массив, содержащий скрутку описанного гена.

Соединенные соединения для каждой ссылки, возвращенной как таблица. Таблица содержит следующие переменные для каждого соединения.

Имя переменнойОписание
StartЗапустите местоположение каждого соединения.
StopОстановите местоположение каждого соединения.
ReferenceКатегориальный массив, представляющий имена ссылочных последовательностей, которым принадлежат соединения. Ссылочные имена от Reference поле AnnotObj.

Примеры

развернуть все

Скрипт Open Live Script

Создайте объект GTFAnnotation из отформатированного GTF файла.

obj = GTFAnnotation('hum37_2_1M.gtf');

Получите список названий генов, перечисленных в объекте.

gNames = getGeneNames(obj)
gNames = 28x1 cell
    {'uc002qvu.2'}
    {'uc002qvv.2'}
    {'uc002qvw.2'}
    {'uc002qvx.2'}
    {'uc002qvy.2'}
    {'uc002qvz.2'}
    {'uc002qwa.2'}
    {'uc002qwb.2'}
    {'uc002qwc.1'}
    {'uc002qwd.2'}
    {'uc002qwe.3'}
    {'uc002qwf.2'}
    {'uc002qwg.2'}
    {'uc002qwh.2'}
    {'uc002qwi.3'}
    {'uc002qwk.2'}
    {'uc002qwl.2'}
    {'uc002qwm.1'}
    {'uc002qwn.1'}
    {'uc002qwo.1'}
    {'uc002qwp.2'}
    {'uc002qwq.2'}
    {'uc010ewe.2'}
    {'uc010ewf.1'}
    {'uc010ewg.2'}
    {'uc010ewh.1'}
    {'uc010ewi.2'}
    {'uc010yim.1'}

Получите таблицу экзонов, которые принадлежат первому гену uc002qvu.2.

exons = getExons(obj,'Gene',gNames{1})
exons=8×7 table
      Transcript       GeneName         GeneID        Reference    Start      Stop     Strand
    ______________    __________    ______________    _________    ______    ______    ______

    {'uc002qvu.2'}    {0x0 char}    {'uc002qvu.2'}      chr2       218138    219001      -   
    {'uc002qvu.2'}    {0x0 char}    {'uc002qvu.2'}      chr2       224864    224920      -   
    {'uc002qvu.2'}    {0x0 char}    {'uc002qvu.2'}      chr2       229966    230044      -   
    {'uc002qvu.2'}    {0x0 char}    {'uc002qvu.2'}      chr2       231023    231191      -   
    {'uc002qvu.2'}    {0x0 char}    {'uc002qvu.2'}      chr2       233101    233229      -   
    {'uc002qvu.2'}    {0x0 char}    {'uc002qvu.2'}      chr2       234160    234272      -   
    {'uc002qvu.2'}    {0x0 char}    {'uc002qvu.2'}      chr2       247538    247602      -   
    {'uc002qvu.2'}    {0x0 char}    {'uc002qvu.2'}      chr2       249731    249852      -

Смотрите также

| | | | | | | | | | |

Темы

Внешние веб-сайты

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте