gethmmtree

Получите филогенетические древовидные данные от базы данных PFAM

Синтаксис

Tree = gethmmtree(PFAMName)
Tree = gethmmtree(PFAMAccessionNumber)
Tree = gethmmtree(PFAMNumber)
Tree = gethmmtree(...'ToFile', ToFileValue, ...)
Tree = gethmmtree(...'TimeOut',TimeOutValue)

Входные параметры

PFAMNameВектор символов, задающий имя семейства белков (уникальный идентификатор) HMM, профилирует запись в базе данных PFAM. Например, '7tm_2'.
PFAMAccessionNumberВектор символов, задающий инвентарный номер семейства белков HMM, профилирует запись в базе данных PFAM. Например, 'PF00002'.
PFAMNumberЦелое число, задающее количество семейства белков HMM, профилирует запись в базе данных PFAM. Например, 2 номер семейства белков для семейства белков PF0002.
ToFileValueСвойство задать местоположение и имя файла для того, чтобы сохранить данные. Введите или имя файла или путь и имя файла, поддержанное вашей системой (текстовый ASCII-файл).
TimeOutValueТайм-аут связи в секундах в виде положительной скалярной величины. Значение по умолчанию равняется 5. Для получения дополнительной информации смотрите здесь.

Выходные аргументы

TreeОбъект, содержащий филогенетического древовидного представителя семейства белков.

Описание

Tree = gethmmtree(PFAMName) ищет базу данных PFAM запись, представленную PFAMName, имя семейства белков, получает информацию и возвращает Tree, объект, содержащий филогенетического древовидного представителя семейства белков.

Tree = gethmmtree(PFAMAccessionNumber) ищет базу данных PFAM запись, представленную PFAMAccessionNumber, инвентарный номер семейства белков, получает информацию и возвращает Tree, объект, содержащий филогенетического древовидного представителя семейства белков.

Tree = gethmmtree(PFAMNumber) определяет инвентарный номер семейства белков из PFAMNumber, целое число, ищет базу данных PFAM связанную запись, получает информацию и возвращает Tree, объект, содержащий филогенетического древовидного представителя семейства белков.

Tree = gethmmtree (... 'PropertyName', PropertyValue, ...) вызовы gethmmtree с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

Tree = gethmmtree(...'ToFile', ToFileValue, ...) сохраняет данные, возвращенные в базу данных PFAM в файле ToFileValue.

Совет

Загружать 'seed' дерево, использовать gethmmtree без любых дополнительных входных параметров. Получить 'full' дерево, можно использовать gethmmalignment функционируйте, чтобы загрузить 'full' выравнивание и сборка дерево с помощью seqpdist и seqneighjoin функции, как проиллюстрировано в следующем примере.

Tree = gethmmtree(...'TimeOut',TimeOutValue) устанавливает тайм-аут связи (в секундах) получать данные от базы данных PFAM.

Примеры

Получите филогенетическое дерево, созданное из нескольких - выровненные последовательности раньше обучали модель профиля HMM глобальному выравниванию. Инвентарный номер PFAM PF00002 для 7-трансмембранного белка приемника в семействе секретинов.

tree  = gethmmtree('PF00002');

Восстановите 'full' дерево для того же семейства путем загрузки полного несколько упорядочивают выравнивание и создание дерева с помощью seqdist и seqneighjoin функции. Может потребоваться некоторое значительное количество времени, чтобы вычислить дерево для больших семей.

seqs = gethmmalignment('PF00002','type','full');
dis = seqpdist(seqs);
tree = seqneighjoin(dis,'equivar',seqs);

Смотрите также

|

Представлено до R2006a
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте