gethmmalignment

Получите несколько выравнивание последовательности, сопоставленное с профилем скрытой модели Маркова (HMM) от базы данных PFAM

Синтаксис

AlignStruct = gethmmalignment(PFAMName)
AlignStruct = gethmmalignment(PFAMAccessNumber)
AlignStruct = gethmmalignment(PFAMNumber)
AlignStruct = gethmmalignment(..., 'ToFile', ToFileValue, ...)
AlignStruct = gethmmalignment(..., 'Type', TypeValue, ...)
AlignStruct = gethmmalignment(..., 'IgnoreGaps', IgnoreGaps, ...)
AlignStruct = gethmmalignment(..., 'TimeOut', TimeOutValue, ...)

Входные параметры

PFAMNameВектор символов, задающий имя семейства белков (уникальный идентификатор) HMM, профилирует запись в базе данных PFAM. Например, '7tm_2'.
PFAMAccessNumberВектор символов, задающий инвентарный номер семейства белков HMM, профилирует запись в базе данных PFAM. Например, 'PF00002'.
PFAMNumberЦелое число, задающее количество семейства белков HMM, профилирует запись в базе данных PFAM. Например, 2 номер семейства белков для семейства белков PF00002.
ToFileValueВектор символов, задающий имя файла или путь и имя файла для того, чтобы сохранить данные. Если вы зададите только имя файла, тот файл будет сохранен в MATLAB® Текущая папка.
TypeValue

Вектор символов, который задает набор возвращенных выравниваний. Выбор:

  • 'full' — Значение по умолчанию. Возвращает все выравнивания, которые соответствуют профилю HMM.

  • 'seed' — Возвращается только выравнивания раньше генерировали профиль HMM.

IgnoreGapsValueУправляет удалением символов - и . от последовательности. Выбором является true или false (значение по умолчанию).
TimeOutValueТайм-аут связи в секундах в виде положительной скалярной величины. Значение по умолчанию равняется 5. Для получения дополнительной информации смотрите здесь.

Выходные аргументы

AlignStructМассив структур MATLAB, содержащий несколько, упорядочивает выравнивание, сопоставленное с профилем HMM.

Описание

AlignStruct = gethmmalignment(PFAMName) ищет базу данных PFAM (http://pfam.xfam.org/) запись профиля HMM, представленную PFAMName, имя семейства белков, получает выравнивание последовательности нескольких, сопоставленное с профилем HMM, и возвращает AlignStruct, массив структур MATLAB, с каждой структурой, содержащей следующие поля:

Поле Описание
HeaderИмя белка
SequenceПоследовательность белка

AlignStruct = gethmmalignment(PFAMAccessNumber) ищет базу данных PFAM запись профиля HMM, представленную PFAMAccessNumber, инвентарный номер семейства белков, получает выравнивание последовательности нескольких, сопоставленное с профилем HMM, и возвращает AlignStruct, массив структур MATLAB.

AlignStruct = gethmmalignment(PFAMNumber) определяет инвентарный номер семейства белков из PFAMNumber, целое число, ищет базу данных PFAM связанную запись профиля HMM, получает выравнивание последовательности нескольких, сопоставленное с профилем HMM, и возвращает AlignStruct, массив структур MATLAB.

AlignStruct = gethmmalignment (..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) вызовы gethmmalignment с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

AlignStruct = gethmmalignment(..., 'ToFile', ToFileValue, ...) сохраняет данные, возвращенные от базы данных PFAM до файла, заданного ToFileValue.

Примечание

Можно считать FASTA-отформатированный файл, содержащий данные PFAM назад в программное обеспечение MATLAB с помощью fastaread функция.

AlignStruct = gethmmalignment(..., 'Type', TypeValue, ...) задает набор возвращенных выравниваний. Выбор:

  • 'full' — Значение по умолчанию. Возвращает все последовательности, которые соответствуют профилю HMM.

  • 'seed' — Возвращается только последовательности раньше генерировали профиль HMM.

AlignStruct = gethmmalignment(..., 'IgnoreGaps', IgnoreGaps, ...) управляет удалением символов - и . от последовательности. Выбором является true или false (значение по умолчанию).

AlignStruct = gethmmalignment(..., 'TimeOut', TimeOutValue, ...) устанавливает тайм-аут связи (в секундах) получать данные от базы данных PFAM.

Примеры

Получать выравнивание кратного последовательностей раньше обучало профиль HMM глобальному выравниванию к 7-трансмембранному белку приемника в семействе секретинов, введите:

pfamalign = gethmmalignment('PF00002','Type','seed')

pfamalign = 

  29×1 struct array with fields:

    Header
    Sequence
Представлено до R2006a
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте