mzcdf2peaks

Преобразуйте mzCDF структуру, чтобы достигнуть максимума список

Синтаксис

[Peaklist, Times] = mzcdf2peaks(mzCDFStruct)

Входные параметры

mzCDFStruct

MATLAB® структура, содержащая информацию из файла NetCDF, такой как один созданный mzcdfread функция. Его поля соответствуют переменным и глобальным атрибутам в файле NetCDF. Если переменная NetCDF содержит локальные атрибуты, дополнительное поле создается с именем поля, являющегося именем переменной, добавленным с _attributes. Номер и имена полей будут варьироваться, в зависимости от массового программного обеспечения спектрометра, но обычно существует mass_values и intensity_values поля .

Выходные аргументы

Peaklist

Любое из следующего:

  • Матрица 2D столбца, где первый столбец содержит массу/заряд (m/z) значения и второй столбец, содержит ионные значения интенсивности.

  • Массив ячеек пиковых списков, где каждым элементом является матрица 2D столбца m/z значений и ионных значений интенсивности и каждого элемента, соответствует время задержания или спектру.

Times

Скаляр вектора времен задержания, сопоставленных с жидкостной хроматографией / масс-спектрометрия (LC/MS) или газовая хроматография/масс-спектрометрия (GC/MS) набор данных. Если Times вектор, число элементов равняется количеству пиковых списков, содержавшихся в Peaklist.

Описание

[Peaklist, Times] = mzcdf2peaks(mzCDFStruct) извлечения достигают максимума информация от mzCDFStruct, структура MATLAB, содержащая информацию из файла NetCDF, такой как один созданный mzcdfread функция, и создает Peaklist, одна матрица или массив ячеек матриц, содержащих массу/заряд (m/z) значения и ионные значения интенсивности и Times, скаляр или вектор времен задержания, сопоставленных с жидкостной хроматографией / масс-спектрометрия (LC/MS) или газовая хроматография/масс-спектрометрия (GC/MS) набор данных.

mzCDFStruct содержит поля, которые соответствуют переменным и глобальным атрибутам в файле NetCDF. Если переменная NetCDF содержит локальные атрибуты, дополнительное поле создается с именем поля, являющегося именем переменной, добавленным с _attributes. Номер и имена полей будут варьироваться, в зависимости от массового программного обеспечения спектрометра, но обычно существует mass_values и intensity_values поля .

Примеры

В следующем примере, файл results.cdf не обеспечивается.

  1. Используйте mzcdfread функционируйте, чтобы считать файл NetCDF в программное обеспечение MATLAB как структура. Затем извлеките пиковую информацию из структуры.

    mzcdf_struct = mzcdfread('results.cdf');
[peaks,time] = mzcdf2peaks(mzcdf_struct)

peaks = 

    [7008x2 single]
    [7008x2 single]
    [7008x2 single]
    [7008x2 single]

time =

    8.3430
   12.6130
   16.8830
   21.1530

  2. Создайте карту цветов, содержащую цвет для каждого пикового списка (время задержания).

    colors = hsv(numel(peaks));

  3. Создайте 3-D фигуру peaks и добавьте метки в него.

    figure
hold on

for i = 1:numel(peaks)
    t = repmat(time(i),size(peaks{i},1),1);
    plot3(t,peaks{i}(:,1),peaks{i}(:,2),'color',colors(i,:))
end

view(70,60)
xlabel('Time')
ylabel(mzcdf_struct.mass_axis_label)
zlabel(mzcdf_struct.intensity_axis_label)

Смотрите также

| | |

Представленный в R2008b

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте