mzcdfread
Считайте данные о масс-спектрометрии из файла NetCDF
Синтаксис
mzCDFStruct = mzcdfread(File)
mzCDFStruct = mzcdfread(File,
...'TimeRange', TimeRangeValue, ...)
mzCDFStruct = mzcdfread(File,
...'ScanIndices', ScanIndicesValue, ...)
mzCDFStruct = mzcdfread(File,
...'Verbose', VerboseValue, ...)
Входные параметры
File | Вектор символов или строка, содержащая имя файла, или путь и имя файла, файла NetCDF, который содержит данные о масс-спектрометрии и соответствует ANDI/MS или ASTM E2077-00 (2005) стандартная спецификация или более ранние технические требования. Если вы задаете только имя файла, тот файл должен быть на MATLAB® путь поиска файлов или в текущей папке. |
TimeRangeValue | Двухэлементный числовой массив Совет Единицы измерения времени обозначаются в глобальных атрибутах NetCDF. Для итоговой информации об областях значений времени в файле NetCDF используйте Примечание Если вы задаете |
ScanIndicesValue | Положительное целое число, вектор из целых чисел или двухэлементный числовой массив Совет Для получения информации об индексах скана в файле NetCDF проверяйте Примечание Если вы задаете |
VerboseValue | Управляет отображением прогресса чтения |
Выходные аргументы
mzCDFStruct | Структура MATLAB, содержащая информацию о масс-спектрометрии из файла NetCDF. Его поля соответствуют переменным и глобальным атрибутам в файле NetCDF. Если переменная NetCDF содержит локальные атрибуты, дополнительное поле создается с именем поля, являющегося именем переменной, добавленным с |
Описание
mzCDFStruct = mzcdfread(File)File, и затем создает структуру MATLAB, mzCDFStruct.
File вектор символов или строка, содержащая имя файла, или путь и имя файла, файла NetCDF, который содержит данные о масс-спектрометрии. Файл должен соответствовать ANDI/MS или ASTM E2077-00 (2005) стандартная спецификация или более ранние технические требования.
mzCDFStruct содержит поля, которые соответствуют переменным и глобальным атрибутам в файле NetCDF. Если переменная NetCDF содержит локальные атрибуты, дополнительное поле создается с именем поля, являющегося именем переменной, добавленным с _attributes. Номер и имена полей будут варьироваться, в зависимости от массового программного обеспечения спектрометра, но обычно существует mass_values и intensity_values поля .
Совет
Анализ данных LC/MS требует расширенных объемов памяти от операционной системы.
Если вы получаете ошибки, связанные с памятью, попробуйте следующее:
Увеличьте виртуальную память (область подкачки) для вашей операционной системы как описано в Твердости “Из Памяти” Ошибки.
Если вы получаете ошибки, связанные с Java® пространство "кучи", увеличьте свое пространство "кучи" Java:
Если у вас есть версия 7.10 (R2010a) MATLAB или позже, смотрите Настройки Java Heap Memory.
Если у вас есть версия 7.9 (R2009b) MATLAB или ранее, см. https://www.mathworks.com/matlabcentral/answers/92813-how-do-i-increase-the-heap-space-for-the-java-vm-in-matlab-6-0-r12-and-later-versions.
mzCDFStruct = mzcdfread (FilePropertyName ', PropertyValue, ...)mzcdfread с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
указывает диапазон времени в mzCDFStruct = mzcdfread(File,
...'TimeRange', TimeRangeValue, ...)File читать. TimeRangeValue двухэлементный числовой массив [Start End]. Значение по умолчанию должно считать спектры изо всех случаев [0 Inf].
Совет
Единицы измерения времени обозначаются в глобальных атрибутах NetCDF. Для итоговой информации об областях значений времени в файле NetCDF используйте mzcdfinfo функция.
Примечание
Если вы задаете TimeRangeValue, вы не можете задать ScanIndicesValue.
mzCDFStruct = mzcdfread(File,
...'ScanIndices', ScanIndicesValue, ...)File читать. ScanIndicesValue положительное целое число, вектор из целых чисел или двухэлементный числовой массив [Start_Ind End_Ind]. Start_Ind и End_Ind каждый положительные целые числа, указывающие на индекс скана. Start_Ind должен быть меньше End_Ind. Значение по умолчанию должно считать все сканы.
Совет
Для получения информации об индексах скана в файле NetCDF проверяйте NumberOfScans поле в структуре, возвращенной mzcdfinfo функция.
Примечание
Если вы задаете ScanIndicesValue, вы не можете задать TimeRangeValue.
mzCDFStruct = mzcdfread(File,
...'Verbose', VerboseValue, ...)File. Выбором является true (значение по умолчанию) или false.
Примеры
В следующем примере, файл results.cdf не обеспечивается.
Считайте файл NetCDF в программное обеспечение MATLAB как структура.
out = mzcdfread('results.cdf');Просмотрите второй скан в файле NetCDF путем создания отдельных переменных, содержащих интенсивность и m/z значения, и затем строящих эти значения. Добавьте заголовок и x-и поля использования меток оси Y в структуре output.
idx1 = out.scan_index(2)+1; idx2 = out.scan_index(3); y = out.intensity_values(idx1:idx2); z = out.mass_values(idx1:idx2); stem(z,y,'marker','none') title(sprintf('Time: %f',out.scan_acquisition_time(2))) xlabel(out.mass_axis_units) ylabel(out.intensity_axis_units)
Смотрите также
jcampread | mzcdf2peaks | mzcdfinfo | mzxmlread | tgspcread