Sequence Alignment

Визуализируйте и отредактируйте несколько выравниваний последовательности

расширьте все на странице

Описание

Приложение Sequence Alignment позволяет вам визуализировать и отредактировать несколько выравниваний последовательности.

Вы можете:

  • Смотрите выравнивание последовательности и внесите ручные корректировки.

  • Просмотрите информацию о последовательности последствия и экспортируйте ее в файл или MATLAB® рабочая область.

  • Сгенерируйте филогенетическое дерево от выровненных последовательностей.

Sequence Alignment app

Откройте приложение Sequence Alignment

  • Панель инструментов MATLAB: На вкладке Apps, под Computational Biology, кликают по значку приложения.

  • Командная строка MATLAB: Войти seqalignviewer.

Примеры

развернуть все

Скрипт Open Live Script

Загрузите и просмотрите файл выравнивания последовательности кратного.

seqalignviewer('aagag.aln')

Figure Biological Sequence Alignment - 1 contains 3 axes objects and other objects of type uipanel, uitoolbar, uimenu. Axes object 1 contains 2 objects of type text, patch. Axes object 2 contains 5 objects of type image, text, patch. Axes object 3 contains 6 objects of type image, patch, text.

В качестве альтернативы можно нажать Sequence Alignment на вкладке Apps, чтобы открыть приложение и просмотреть данные о выравнивании.

Можно также сгенерировать филогенетическое дерево от выровненных последовательностей из приложения. Выберите Display> View Tree.

Связанные примеры

Программируемое использование

развернуть все

seqalignviewer открывает приложение Sequence Alignment.

seqalignviewer(Alignment) загрузки несколько данных о выравнивании последовательности Alignment в приложение. Alignment может быть одно из следующего:

  • Структура MATLAB, содержащая Sequence поле, такой, как возвращено fastaread, gethmmalignment, multialign, или multialignread

  • Символьный массив MATLAB, содержащий данные о MSA, такой, как возвращено multialign

  • Строка, задающая файл или URL, который содержит данные о MSA

  • 3 N символьным массивом, показывающим попарное выравнивание двух последовательностей, такие как массив, возвращенный nwalign или swalign.

seqalignviewer('close') закрывает приложение.

Смотрите также

Приложения

Функции

Представленный в R2012b

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте