Exponenta Banner

setFlag

Класс: BioMap

Установите флаги последовательности чтения для BioMap объект

расширьте все на странице

Синтаксис

NewObj = setFlag(BioObj, FlagValues)
NewObj = setFlag(BioObj, FlagValues, Subset)

Описание

NewObj = setFlag(BioObj, FlagValues) возвращает NewObj, новое BioMap объект, созданный из BioObj, существующее BioMap объект, с Flag набор свойств к FlagValues, вектор из неотрицательных целых чисел, указывающих на поразрядную информацию, которая задает состояние каждого из 11 флагов, описанных спецификацией формата SAM.

NewObj = setFlag(BioObj, FlagValues, Subset) устанавливает Flag свойство элементов задано Subset к FlagValues.

Входные параметры

развернуть все

Объект Биокласса сопоставления в виде BioMap объект

Примечание

Если BioObj был создан из a BioIndexedFile объект, вы не можете установить его Flag свойство.

Флаговые значения SAM в виде вектора из неотрицательных целых чисел. Каждое целое число соответствует последовательности чтения того и указывает на поразрядную информацию, которая задает состояние каждого из 11 флагов, описанных спецификацией формата SAM. Эти флаги описывают различные аспекты секвенирования и выравнивания последовательности чтения.

Подмножество элементов в BioObjВ виде одного из следующего:

  • вектор из положительных целых чисел

  • логический вектор

  • массив ячеек из символьных векторов, содержащий допустимые заголовки последовательности

Примечание

Непосредственное отношение должно существовать между номером и порядком элементов в FlagValues и Subset. Если вы используете массив ячеек заголовков, чтобы задать Subset, имейте в виду, что повторный заголовок указывает все элементы с тем заголовком.

Выходные аргументы

развернуть все

Объект Биокласса сопоставления, возвращенного как BioMap объект.

Примеры

развернуть все

Скрипт Open Live Script

Создайте объект BioMap из файла SAM. Установите 'InMemory' к истине, чтобы позволить изменять свойства объектов.

bm = BioMap('ex2.sam','InMemory',true);

Проверяйте флаговое значение SAM 5-й последовательности чтения.

bm.Flag(5)
ans = uint16
    137

Обновите флаговое значение.

bm2 = setFlag(bm,75,5);
bm2.Flag(5)
ans = uint16
    75

Обновите флаговые значения первых и третьих элементов.

bm3 = setFlag(bm,[0 0],[1 3]);
bm3.Flag(1)
ans = uint16
    0

bm3.Flag(3)
ans = uint16
    0

Альтернативы

Альтернатива использованию setFlag метод, чтобы обновить существующий объект должен использовать точечную индексацию с Flag свойство:

BioObj.Flag(Indices) = NewFlag

В предыдущем синтаксисе, Indices вектор из положительных целых чисел или логический вектор. Indices не может быть массив ячеек из символьных векторов, содержащий заголовки последовательности. NewFlag вектор из неотрицательных целых чисел, указывающих на поразрядную информацию, которая задает состояние каждого из 11 флагов, описанных спецификацией формата SAM. Каждое целое число соответствует последовательности чтения того в a BioMap объект. Indices и NewFlag должен иметь тот же номер и порядок элементов.

Смотрите также

|

Темы

Внешние веб-сайты

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка