Класс: BioMap
Получите флаги последовательности чтения из BioMap объект
Flag = getFlag(BioObj)
Flag = getFlag(BioObj, Subset)
Flag = getFlag(BioObj)Flag, вектор из неотрицательных целых чисел, указывающих на поразрядную информацию, которая задает состояние 11 флагов, описанных спецификацией формата SAM. Каждое целое число соответствует последовательности чтения того от a BioMap объект.
Flag = getFlag(BioObj, Subset), указанных Subset.
|
Объект |
|
Одно из следующих, чтобы задать подмножество элементов в
Примечание Если вы используете массив ячеек заголовков, чтобы задать |
|
Вектор из неотрицательных целых чисел. Каждое целое число соответствует последовательности чтения того и указывает на поразрядную информацию, которая задает состояние 11 флагов, описанных спецификацией формата SAM. Эти флаги описывают различные аспекты секвенирования и выравнивания последовательности чтения. |
Создайте a BioMap объект, и затем получает флаговые значения SAM для различных элементов в объекте:
% Construct a BioMap object from a SAM file
BMObj1 = BioMap('ex1.sam');
% Retrieve integer specifying bit-wise information for 11
% SAM flags of the second element
flagValue = getFlag(BMObj1, 2)flagValue =
73% Retrieve integers specifying bit-wise information for 11 % SAM flags of the first and third elements flagValues = getFlag(BMObj1, [1 3])
flagValues =
73
137% Retrieve integers specifying bit-wise information for 11 % SAM flags of all elements allFlagValues = getFlag(BMObj1);
% Determine the status of the fourth flag (mate is unmapped) % for the second element, which has a flag value of 73 bitget(73, 4)
ans =
1После использования getFlag метод, чтобы возвратить целое число, указывающее поразрядную информацию для флагов SAM, используйте bitget функция, чтобы определить состояние определенного флага SAM. Для получения дополнительной информации смотрите Примеры.
Альтернатива использованию getFlag метод должен использовать точечную индексацию с Flag свойство:
BioObj.Flag(Indices)
В предыдущем синтаксисе, Indices вектор из положительных целых чисел или логический вектор. Indices не может быть массив ячеек из символьных векторов или представить в виде строки вектор, содержащий заголовки последовательности.