Класс: BioMap
Установите подпись (информация о выравнивании) для BioMap объект
NewObj = setSignature(BioObj, Signature)
NewObj = setSignature(BioObj, Signature, Subset)
NewObj = setSignature(BioObj, Signature)NewObj, новое BioMap объект, созданный из BioObj, существующее BioMap объект, с Signature набор свойств к Signature, массив ячеек отформатированных СИГАРОЙ векторов символов, каждое представление, как последовательность чтения выравнивается к ссылочной последовательности.
NewObj = setSignature(BioObj, Signature, Subset)NewObj, новое BioMap объект, созданный из BioObj, существующее BioMap объект, с Signature свойство подмножества набора элементов к Signature, массив ячеек отформатированных СИГАРОЙ векторов символов, каждое представление, как считанные последовательности, заданные Subset, выровняйтесь к ссылочной последовательности. Это устанавливает подпись только для объектных элементов, указанных Subset.
|
Объект Примечание Если |
|
Массив ячеек отформатированных СИГАРОЙ векторов символов, каждое представление, как последовательность чтения выравнивается к ссылочной последовательности. Подпись может быть пустой. |
|
Одно из следующих, чтобы задать подмножество элементов в
Примечание Непосредственное отношение должно существовать между номером и порядком элементов в |
|
Объект |
Создайте a BioMap объект, и затем набор подмножество подписей:
% Construct a BioMap object from a SAM file
BMObj1 = BioMap('ex1.sam');
% Set the Signature property of the second element to a new value
BMObj1 = setSignature(BMObj1, {'36M'}, 2);Обновить подписи в существующем BioMap объект, используйте тот же объект в качестве входа BioObj и выход NewObj.
Если вы изменяете последовательности или запускаете положения в объекте, вы, возможно, должны использовать setSignature метод, чтобы изменить Signature свойство модифицированных последовательностей соответственно.
Альтернатива использованию setSignature метод, чтобы обновить существующий объект должен использовать точечную индексацию с Signature свойство:
BioObj.Signature(Indices) = NewSignature
В предыдущем синтаксисе, Indices вектор из положительных целых чисел или логический вектор. Indices не может быть массив ячеек из символьных векторов, содержащий заголовки последовательности. NewSignature вектор символов или массив ячеек отформатированных СИГАРОЙ векторов символов, каждое представление, как последовательность чтения выравнивается к ссылочной последовательности. Подпись может быть пустой. Indices и NewSignature должен иметь тот же номер и порядок элементов.