Класс: BioMap
Установите запускают положения выровненных последовательностей чтения в BioMap объект
NewObj = setStart(BioObj, Start)
NewObj = setStart(BioObj, Start, Subset)
NewObj = setStart(BioObj, Start)NewObj, новое BioMap объект, созданный из BioObj, существующее BioMap объект, с Start набор свойств к Start, вектор из положительных целых чисел, задающих положения запуска выровненных последовательностей чтения относительно чисел положения в ссылочной последовательности. Изменение Start свойство переключает выровненные последовательности.
NewObj = setStart(BioObj, Start, Subset)NewObj, новое BioMap объект, созданный из BioObj, существующее BioMap объект, с Start свойство подмножества набора элементов к Start, вектор из положительных целых чисел, задающих положения запуска выровненных последовательностей чтения относительно чисел положения в ссылочной последовательности. Это устанавливает положения запуска только для объектных элементов, указанных Subset.
|
Объект Примечание Если |
|
Вектор из положительных целых чисел, задающих положения запуска выровненных последовательностей чтения относительно чисел положения в ссылочной последовательности. |
|
Одно из следующих, чтобы задать подмножество элементов в
Примечание Непосредственное отношение должно существовать между номером и порядком элементов в |
|
Объект |
Создайте a BioMap объект, и затем набор подмножество последовательности запускают значения:
% Construct a BioMap object from a SAM file
BMObj1 = BioMap('ex1.sam');
% Set the Start property of the second element to a new value
BMObj1 = setStart(BMObj1, 5, 2);Чтобы обновиться запускают положения в существующем BioMap объект, используйте тот же объект в качестве входа BioObj и выход NewObj.
Если вы изменяете последовательности или подписи в объекте, вы, возможно, должны использовать setStart метод, чтобы изменить Start свойство переключить выравнивание модифицированных последовательностей соответственно.
Альтернатива использованию setStart метод, чтобы обновить существующий объект должен использовать точечную индексацию с Start свойство:
BioObj.Start(Indices) = NewStart
В предыдущем синтаксисе, Indices вектор из положительных целых чисел или логический вектор. Indices не может быть массив ячеек из символьных векторов, содержащий заголовки последовательности. NewStart вектор из целых чисел, задающих положения запуска выровненных последовательностей чтения относительно чисел положения в ссылочной последовательности. Indices и NewStart должен иметь тот же номер и порядок элементов.