Создайте удаленный ID запроса отчета BLAST NCBI или соединитесь с отчетом BLAST NCBI
blastncbi( отправляет запрос BLAST к NCBI против Seq,Program)Seq, нуклеотид или последовательность аминокислот, с помощью Program, заданная программа BLAST. Затем это возвращает ссылку на отчет BLAST NCBI. Для справки в выборе соответствующей программы BLAST посетите https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/producttable.shtml.
___ = blastncbi(___, дополнительные опции использования, заданные одним или несколькими аргументами пары "имя-значение" и любым из аргументов в предыдущих синтаксисах.Name,Value)
Выполните поиск BLAST на последовательности белка и сохраните результаты в XML-файл.
Получите последовательность от Банка данных Белка и создайте структуру MATLAB.
S = getpdb('1CIV');
Используйте структуру в качестве входа для поиска BLAST с порогом значения 1e-10. Первый выход является ID запроса, и второй выход является предполагаемым временем (в минутах), пока поиск не завершается.
[RID1,ROTE] = blastncbi(S,'blastp','expect',1e-10);
Получите результаты поиска из отчета. Можно сохранить XML-отформатированный отчет в файл для оффлайнового доступа. Используйте ROTE в качестве времени ожидания, чтобы получить результаты.
report1 = getblast(RID1,'WaitTime',ROTE,'ToFile','1CIV_report.xml')
Blast results are not available yet. Please wait ...
report1 =
struct with fields:
RID: 'R49TJMCF014'
Algorithm: 'BLASTP 2.6.1+'
Database: 'nr'
QueryID: 'Query_224139'
QueryDefinition: 'unnamed protein product'
Hits: [1×100 struct]
Parameters: [1×1 struct]
Statistics: [1×1 struct]
Используйте blastread чтобы считать Показатель взрываемости из XML-отформатированного BLAST сообщают о файле.
blastdata = blastread('1CIV_report.xml')
blastdata =
struct with fields:
RID: ''
Algorithm: 'BLASTP 2.6.1+'
Database: 'nr'
QueryID: 'Query_224139'
QueryDefinition: 'unnamed protein product'
Hits: [1×100 struct]
Parameters: [1×1 struct]
Statistics: [1×1 struct]
В качестве альтернативы запустите поиск BLAST с инвентарным номером NCBI.
RID2 = blastncbi('AAA59174','blastp','expect',1e-10)
RID2 =
'R49WAPMH014'
Получите результаты поиска из отчета.
report2 = getblast(RID2)
Blast results are not available yet. Please wait ...
report2 =
struct with fields:
RID: 'R49WAPMH014'
Algorithm: 'BLASTP 2.6.1+'
Database: 'nr'
QueryID: 'AAA59174.1'
QueryDefinition: 'insulin receptor precursor [Homo sapiens]'
Hits: [1×100 struct]
Parameters: [1×1 struct]
Statistics: [1×1 struct]
Seq — Нуклеотид или последовательность аминокислотНуклеотид или последовательность аминокислот в виде вектора символов, строки или структуры MATLAB, содержащей Sequence поле .
Если Seq вектор символов или строка, доступные параметры:
GenBank®, GenPept или инвентарный номер RefSeq
Имя файла FASTA
URL, указывающий на файл последовательности
Program — Программа BLASTПрограмма BLAST в виде одного из следующего:
'blastn' — Поисковый запрос нуклеотида по сравнению с базой данных нуклеотида.
'blastp' — Поисковый запрос белка по сравнению с базой данных белка.
'blastx' — Поиск (перевел) запрос нуклеотида по сравнению с базой данных белка.
'megablast' — Ищите очень подобные последовательности нуклеотида.
'tblastn' — Поисковый запрос белка по сравнению с переведенной базой данных нуклеотида.
'tblastx' — Поиск (перевел) запрос нуклеотида по сравнению с (переведенной) базой данных нуклеотида.
Задайте дополнительные разделенные запятой пары Name,Value аргументы. Name имя аргумента и Value соответствующее значение. Name должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN.
'Matrix','PAM70','Expect',1e-10 использует PAM70 матрица замены с порогом значения для набора соответствий к 1e-10.Database — База данных, чтобы искать'nr' (значение по умолчанию) | вектор символов | строкаБаза данных, чтобы искать в виде разделенной запятой пары, состоящей из 'Database' и вектор символов или строка.
Для баз данных нуклеотида допустимый выбор:
'nr' (значение по умолчанию)
'refseq_rna'
'refseq_genomic'
'est'
'est_human'
'est_mouse'
'est_others'
'gss'
'htgs'
'pat'
'pdb'
'alu'
'dbsts'
'chromosome'
Для баз данных белка допустимый выбор:
'nr' (значение по умолчанию)
'refseq_protein'
'swissprot'
'pat'
'pdb'
'env_nr'
Примечание
Доступные базы данных могут измениться. Проверяйте веб-сайт NCBI для получения дополнительной информации.
Для справки в выборе соответствующей базы данных, посещения
.MaxNumberSequences — Максимальное количество хитов, чтобы возвратитьсяМаксимальное количество хитов, чтобы возвратиться в виде разделенной запятой пары, состоящей из 'MaxNumberSequences' и положительное целое число. Фактические результаты поиска могут иметь меньше хитов, чем, что вы задаете, в зависимости от запроса, базы данных, значения ожидания и других параметров. Значением по умолчанию является 100.
Filter — Фильтр применяется к последовательности запросаФильтр применился к последовательности запроса в виде разделенной запятой пары, состоящей из 'Filter' и одно из следующего:
'L' — Области маски низкой композиционной сложности.
'R' — Человек маски повторяет элементы (допустимый для blastn и megablast только).
'm' — Замаскируйте запрос при создании seed уничтожения, но не во время расширения.
'none' — Никакая маска не применяется.
'l' — Маскируют любая буква, которая является нижним регистром в запросе.
Можно задать несколько допустимых букв в односимвольном векторе или представить в виде строки, чтобы применить несколько фильтров целиком. Например, 'Lm' применяет и низкий композиционный фильтр сложности и маску.
Выбор варьируется в зависимости от выбранного Program. Для получения дополнительной информации см. таблицу Choices for Optional Properties Программой BLAST.
Expect — Статистический порог значения для соответствийСтатистический порог значения для соответствий против последовательностей базы данных в виде разделенной запятой пары, состоящей из 'Expect' и положительное вещественное число. Значением по умолчанию является 10.
Можно узнать больше о статистике локального сравнения последовательности в https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/tutorial/Altschul-1.html#head2.
Word — Размер слова для последовательности запросаРазмер слова для последовательности запроса в виде разделенной запятой пары, состоящей из 'Word' и положительное целое число.
Выбор для поиска запроса белка:
2
3 (значение по умолчанию)
Выбор для поиска запроса нуклеотида:
7
11 (значение по умолчанию)
15
Выбор, когда Program установлен в 'megablast' :
16
20
24
28 (значение по умолчанию)
32
48
64
128
Matrix — Матрица замены для последовательностей аминокислот'BLOSUM62' (значение по умолчанию) | вектор символов | строкаМатрица замены для последовательностей аминокислот в виде разделенной запятой пары, состоящей из 'Matrix' и вектор символов или строка. Матрица присваивает счет к возможному выравниванию любых двух остатков аминокислоты. Выбор:
'PAM30'
'PAM70'
'BLOSUM45'
'BLOSUM62' (значение по умолчанию)
'BLOSUM80'
MatchScores — Соответствие и несоответствие баллам в выравнивании нуклеотидаСоответствие и несоответствие баллам в выравнивании нуклеотида в виде разделенной запятой пары, состоящей из 'MatchScores' и двухэлементный числовой векторный [R Q]. Первый элемент R счет соответствия и второй элемент Q счет несоответствия. Эта опция для blastn и megablast только.
Чтобы гарантировать точную оценку значения выравнивания, только ограниченный набор комбинаций поддерживается. См. таблицу BLAST Optional Properties для всех поддерживаемых значений. Значение по умолчанию для megablast [1 -2], и значение по умолчанию для blastn [1 -3].
GapCosts — Штрафы за открытие и расширение разрываШтрафы за открытие и расширение разрыва в виде разделенной запятой пары, состоящей из 'GapCosts' и двухэлементный числовой вектор. Вектор содержит два целых числа: первым является штраф за открытие разрыва, и вторым является штраф за расширение разрыва.
Допустимый разрыв стоит за blastp, blastx, tblastn, и tblastx варьируйтесь согласно матрице замены белка. Для получения дополнительной информации смотрите GapCosts для blastp, blastx, tblastn, и tblastx.
Допустимый разрыв стоит за blastn и megablast варьируйтесь согласно MatchScores ([R Q]). Для получения дополнительной информации смотрите GapCosts для blastn и мегауничтожения.
CompositionAdjustment — Композиционный тип корректировки, чтобы компенсировать составы аминокислоты'none' (значение по умолчанию) | 'cbs' | 'ccsm' | 'ucsm'Композиционный тип корректировки, чтобы компенсировать составы аминокислоты последовательностей, сравниваемых в виде разделенной запятой пары, состоящей из 'CompositionAdjustment' и одно из следующих значений:
'none'— Никакая корректировка не применяется (значение по умолчанию).
'cbs'— Основанный на составе подход статистики используется для корректировок счета.
'ccsm'— Условная композиционная матрица счета используется для корректировок счета.
'ucsm'— Универсальная композиционная матрица счета используется для корректировок счета.
Эта опция для blastp, blastx, и tblastn только. Получившиеся масштабированные баллы дают к более точным электронным значениям, чем стандартные, немасштабированные баллы. Для получения дополнительной информации смотрите Композиционные корректировки.
Entrez — Entrez запрашивают синтаксис, чтобы искать подмножество выбранной базы данныхEntrez запрашивают синтаксис, чтобы искать подмножество выбранной базы данных в виде разделенной запятой пары, состоящей из 'Entrez' и вектор символов или строка. Используйте эту опцию, чтобы ограничить поисковые запросы на основе типов молекулы, длин последовательности, организмов, и так далее. Для получения дополнительной информации об ограничении поисковых запросов см. https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/blastcgihelp.shtml#entrez_query.
Adv — Расширенные настройкиРасширенные настройки в виде разделенной запятой пары, состоящей из 'Adv' и вектор символов или строка. Например, чтобы задать значения вознаграждения и штрафа для соответствий нуклеотида и несоответствий, используйте '-r 1 -q -3'. Для получения дополнительной информации см. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Doc/urlapi.html.
TimeOut — Тайм-аут связиТайм-аут связи (в секундах), чтобы представить BLAST запрашивает в виде положительной скалярной величины. Для получения дополнительной информации смотрите здесь.
Типы данных: double
RID — Запросите ID для отчета BLAST NCBIЗапросите ID для отчета BLAST NCBI, возвращенного как вектор символов.
RTOE — Запросите время выполненияЗапросите время выполнения, возвращенного как целое число. Это - предполагаемое время в минутах, пока поиск не завершается.
Совет
Если вы используете getblast функция, чтобы получить отчет BLAST, используйте эту временную оценку в качестве 'WaitTime' опция.
Выбор для дополнительных свойств программой BLAST
| Когда программа BLAST... | Затем выбор для следующих опций... | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| База данных | Фильтр | Word | Матрица | MatchScores [R Q] | GapCosts | |
'blastn' | 'nr' (значение по умолчанию)'refseq_rna''refseq_genomic''est''est_human''est_mouse''est_others''gss''htgs''pat''pdb''alu''dbsts''chromosome' | 'Lm' (значение по умолчанию)'R''m''l''none' | 711 15 | — | [1 -3][1 -4] [1 -2] [1 -1] [2 -3] [4 -5] | Смотрите GapCosts для blastn и мегауничтожения. |
'megablast' | 1620 24 28 32 48 64 128 | [1 -3][1 -4] [1 -2] [1 -1] [2 -3] [4 -5] | ||||
'tblastn' | 'L' (значение по умолчанию)'m''l''none' | 23 | 'PAM30''PAM70''BLOSUM45''BLOSUM62' (значение по умолчанию)'BLOSUM80'
| – | Смотрите GapCosts для blastp, blastx, tblastn, и tblastx. | |
'tblastx' | ||||||
'blastp' | 'nr' (значение по умолчанию)'refseq_protein''swissprot''pat''pdb''env_nr' | 'L'
'm''l''none' (значение по умолчанию) | ||||
'blastx' | 'L' (значение по умолчанию)'m''l''none' | |||||
GapCosts для blastp, blastx, tblastn, и tblastx
| Матрица замены | Допустимый 'GapCosts' Значения |
|---|---|
'PAM30' | [7 2][6 2] [5 2] [10 1] [9 1] [8 1] |
'PAM70' | [8 2][7 2] [6 2] [11 1] [10 1] [9 1] |
'BLOSUM80' | |
'BLOSUM45' | [13 3][12 3] [11 3] [10 3] [15 2] [14 2] [13 2] [12 2] [19 1] [18 1] [17 1] [16 1] |
'BLOSUM62' | [9 2][8 2] [7 2] [12 1] [11 1] [10 1] |
GapCosts для blastn и megablast
| MatchScores [R Q] | Допустимый 'GapCosts' Значения |
|---|---|
[1 -4] | [5 2][1 2] [0 2] [2 1] [1 1] |
[1 -3] | [5 2][2 2] [1 2] [0 2] [2 1] [1 1] |
[1 -2] | [5 2][2 2] [1 2] [0 2] [3 1] [2 1] [1 1] |
[1 -1] | [5 2][3 2] [2 2] [1 2] [0 2] [4 1] [3 1] [2 1] |
[2 -3] | [5 2][4 4] [2 4] [0 4] [3 3] [6 2] [4 2] [2 2] |
[4 -5] | [5 2][6 5] [5 5] [4 5] [3 5] |
'psiblast' Программа BLAST была удаленаОшибки, запускающиеся в R2017b
Программа BLAST 'psiblast' был удален из одной из поддерживаемых программ.
'Inclusion' опция была удаленаОшибки, запускающиеся в R2017b
'Inclusion' пара "имя-значение" была удалена, поскольку она только применяется к psiblast программа, которая была также удалена.
'Descriptions' опция была удаленаОшибки, запускающиеся в R2017b
'Descriptions' пара "имя-значение" была удалена. Используйте 'MaxNumberSequences' вместо этого задавать максимальное количество хитов, чтобы возвратиться.
'Alignments' опция была удаленаОшибки, запускающиеся в R2017b
'Alignments' пара "имя-значение" была удалена. Используйте 'MaxNumberSequences' вместо этого задавать максимальное количество хитов, чтобы возвратиться.
'GapOpen' опция была удаленаОшибки, запускающиеся в R2017b
'GapOpen' пара "имя-значение" была удалена. Используйте 'GapCosts' вместо этого.
'ExtendGap' опция была удаленаОшибки, запускающиеся в R2017b
'ExtendGap' пара "имя-значение" была удалена. Используйте 'GapCosts' вместо этого.
'Pct' опция была удаленаОшибки, запускающиеся в R2017b
'Pct' пара "имя-значение" была удалена.
[1] Altschul, S.F., В. Джиш, В. Миллер, Э.В. Майерс и Д.Дж. Липмен (1990). "Основное локальное средство поиска выравнивания". J. Молекулярная масса Biol. 215, 403–410.
[2] Altschul, S.F., Т.Л. Мэдден, А.А. Шеффер, Цз. Чжан, Цз. Чжан, В. Миллер и Д. Дж. Липмен (1997). "Содержащий разрывы BLAST и PSI-BLAST: новое поколение базы данных белка ищет программы". Нуклеиновые кислоты Res. 25, 3389–3402.
У вас есть модифицированная версия этого примера. Вы хотите открыть этот пример со своими редактированиями?
1. Если смысл перевода понятен, то лучше оставьте как есть и не придирайтесь к словам, синонимам и тому подобному. О вкусах не спорим.
2. Не дополняйте перевод комментариями “от себя”. В исправлении не должно появляться дополнительных смыслов и комментариев, отсутствующих в оригинале. Такие правки не получится интегрировать в алгоритме автоматического перевода.
3. Сохраняйте структуру оригинального текста - например, не разбивайте одно предложение на два.
4. Не имеет смысла однотипное исправление перевода какого-то термина во всех предложениях. Исправляйте только в одном месте. Когда Вашу правку одобрят, это исправление будет алгоритмически распространено и на другие части документации.
5. По иным вопросам, например если надо исправить заблокированное для перевода слово, обратитесь к редакторам через форму технической поддержки.