Exponenta Banner

run

Создайте Галстук-бабочку 2 индексных файла

свернуть все на странице

Синтаксис

run(object,referenceFileNames,indexBaseName)
run(___,'IncludeAll',TF)
flag = run(___)

Описание

пример

run(object,referenceFileNames,indexBaseName) Галстук-бабочка сборок 2 индексных файла от ссылочной информации о последовательности, сохраненной в файлах FASTA, задан referenceFileNames.

run требует Интерфейса Bioinformatics Toolbox™ для Выравнивателя Галстука-бабочки. Если этот пакет поддержки не установлен, то функция обеспечивает ссылку на загрузку. Для получения дополнительной информации смотрите Пакеты Программной поддержки Bioinformatics Toolbox.

Примечание

run поддерживается на Mac и UNIX® платформы только.

пример

run(___,'IncludeAll',TF) задает, использовать ли все свойства объектов и их соответствующие значения при выполнении bowtie2build. Задайте эту опцию после всех других входных параметров. По умолчанию только модифицированные свойства используются, чтобы запустить функцию.

пример

flag = run(___) возвращает выход flag из функции с помощью любого из входных параметров в предыдущих синтаксисах.

Примеры

свернуть все

Создайте набор индексных файлов для генома Дрозофилы. Сообщение об ошибке появляется, если у вас нет Интерфейса Bioinformatics Toolbox для пакета поддержки Выравнивателя Галстука-бабочки установленным, когда вы запускаете функцию. Щелкните по обеспеченной ссылке, чтобы загрузить пакет с меню Дополнения.

Создайте объект опций.

buildOpt = Bowtie2BuildOptions;

Создайте индексные файлы с помощью run функция. В данном примере ссылочная последовательность Dmel_chr4.fa уже предоставлен тулбокс.

flag = run(buildOpt,'Dmel_chr4.fa', 'Dmel_chr4_index');

Если сборка индекса успешна, функция возвращает 0 и создает индексные файлы (*.bt2) в текущей папке. Файлы имеют префиксный 'Dmel_chr4_index'.

Входные параметры

свернуть все

Опции, чтобы создать индексные файлы в виде Bowtie2BuildOptions объект.

Пример: 'buildOpt'

Имена файлов со ссылочной информацией о последовательности в виде строки, вектора символов, массива строк или массива ячеек из символьных векторов.

Пример: 'Dmel_chr4.fa'

Типы данных: char | string | cell

Базовое имя (префикс) файлов справочного указателя в виде вектора символов или строки. Индексные файлы находятся в BT2 или BT21 формат.

Пример: 'Dmel_chr4'

Типы данных: char | string

Отметьте, чтобы использовать все свойства объектов и их соответствующие значения, когда вы запустите функцию в виде true или false. По умолчанию только модифицированные свойства используются.

Пример: true

Выходные аргументы

свернуть все

Статус выхода функции, возвращенной как целое число. flag 0 если функция запускается без ошибок или предупреждения. В противном случае это является ненулевым.

Ссылки

[1] Langmead, B. и С. Залцберг. "Быстро содержащий разрывы считанное выравнивание с Галстуком-бабочкой 2". Методы природы. 9, 2012, 357–359.

Смотрите также

| | | | |

Внешние веб-сайты

Введенный в R2018a

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка