Exponenta Banner

geneentropyfilter

Удалите гены с низкими энтропийными значениями выражения

Синтаксис

Mask = geneentropyfilter(Data)
[Mask, FData] = geneentropyfilter(Data)
[Mask, FData, FNames] = geneentropyfilter(Data, Names)
geneentropyfilter(..., 'Percentile', PercentileValue)

Аргументы

Data

Объект DataMatrix или числовая матрица, где каждая строка соответствует результатам эксперимента для одного гена. Каждый столбец является результатами для всех генов из одного эксперимента.

Names

Массив ячеек из символьных векторов или вектор строки, где каждый элемент соответствует имени гена для каждой строки экспериментальных данных. Names имеет одинаковое число строк как Data с каждой строкой, содержащей имя или ID гена в наборе данных.

PercentileValue

Свойство задать процентиль, ниже которой удалены генные данные. Введите значение от 0 к 100.

Описание

Mask = geneentropyfilter(Data) идентифицирует профили экспрессии гена в Data с энтропийными значениями меньше, чем 10-я процентиль.

Mask логический вектор с одним элементом для каждой строки в Data. Элементы Mask соответствие строкам с отклонением, больше, чем порог, имеет значение 1, и те с отклонением меньше, чем порог является 0.

[Mask, FData] = geneentropyfilter(Data) возвращает FData, отфильтрованная матрица данных. Можно также создать FData использование FData = Данные (Mask,:).

[Mask, FData, FNames] = geneentropyfilter(Data, Names) возвращает FNames, отфильтрованный массив names, где Names массив ячеек из символьных векторов или вектор строки из имен генов, соответствующих каждой строке Data. Можно также создать FNames использование FNames = Имена (Mask).

Примечание

Если Data объект DataMatrix с заданными именами строки, вы не должны обеспечивать второй вход Names возвратить третий выход FNames.

geneentropyfilter(..., 'Percentile', PercentileValue) удаляет из Data, экспериментальные данные, экспрессия гена профилирует с энтропийными значениями меньше, чем PercentileValue, заданная процентиль.

Примеры

  1. Загрузите MAT-файл, которому предоставляют программное обеспечение Bioinformatics Toolbox™, которое содержит данные о дрожжах. Этот MAT-файл включает три переменные: yeastvalues, матрица данных об экспрессии гена, genes, массив ячеек GenBank® инвентарные номера для маркировки строк в yeastvalues, и times, вектор из временных стоимостей для маркировки столбцов в yeastvalues

    load yeastdata

  2. Удалите гены с низкими энтропийными значениями выражения.

    [fyeastvalues, fgenes] = geneentropyfilter(yeastvalues,genes);

Ссылки

[1] Kohane I.S., Kho A.T., Бьютт A.J. (2003), микромассивы для интегральной геномики, Кембриджа, нажатия MA:MIT.

Смотрите также

| | | |

Представлено до R2006a

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка