Exponenta Banner

terms property

Класс: geneont

Вектор-столбец только для чтения с указателями, чтобы назвать объекты объекта geneont

Описание

terms свойство только для чтения geneont класса. terms вектор-столбец с указателями на термин объекты объекта geneont.

Примечание

Несмотря на то, что terms вектор-столбец с указателями, чтобы назвать объекты, в MATLAB® Командное окно, это отображается, когда массив структур, с одной структурой для каждого ИДУТ термин в объекте geneont.

Значения

Используйте информацию в этой структуре для доступа (ИДУТ ID), термины объекта geneont и просмотреть свойства отдельных терминов.

Примеры

  1. Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology с сети в объект geneont в программном обеспечении MATLAB.

    GeneontObj = geneont('LIVE', true)

    Программное обеспечение MATLAB создает объект geneont и отображает количество объектов термина, сопоставленных с объектом geneont.

    Gene Ontology object with 27786 Terms.

  2. Используйте terms свойство отобразить массив структур MATLAB, содержащий 27 786 объектов термина, сопоставленных с объектом geneont.

    GeneontObj.terms

27786x1 struct array with fields:
    id
    name
    ontology
    definition
    comment
    synonym
    is_a
    part_of
    obsolete

    Примечание

    Несмотря на то, что terms свойство является массивом указателей, чтобы назвать объекты в командном окне MATLAB, оно отображается, когда массив структур, с одной структурой для каждого ИДУТ термин в объекте geneont.

  3. Используйте terms свойство просмотреть свойства термина возражает в 14,723-м положении в объекте geneont.

    GeneontObj.terms(14723)

            id: 31655
          name: 'negative regulation of heat dissipation'
      ontology: 'biological process'
    definition: [1x113 char]
       comment: ''
       synonym: {4x2 cell}
          is_a: [3x1 double]
       part_of: 31653
      obsolete: 0

  4. Создайте массив ячеек из символьных векторов, которые перечисляют ontology свойство для каждого термина в объекте geneont.

    ontologies = get(GeneontObj.terms,'ontology');

  5. Создайте логическую маску, которая идентифицирует все термины с ontology свойство cellular component.

    mask = strcmp(ontologies,'cellular component');

  6. Примените логическую маску ко всем терминам в GeneontObj объект geneont возвратить массив структур MATLAB объектов термина, содержа только называет с ontology свойство cellular component.

    cell_comp_terms = GeneontObj.terms(mask)
2362x1 struct array with fields:
    id
    name
    ontology
    definition
    comment
    synonym
    is_a
    part_of
    obsolete

    Существует 2 362 термина с ontology свойство cellular component.

  7. Создайте подонтологию всех сотовых терминов компонента путем индексации в GeneontObj geneont возражают с объектами термина маскированными.

    subontology = GeneontObj(cell_comp_terms)

Gene Ontology object with 2367 Terms.

Смотрите также

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка