geneont class

Суперклассы:

Структура данных, содержащая информацию о Генной онтологии (GO)

Описание

Объект geneont является структурой данных, содержащей Генную информацию об Онтологии. Можно исследовать и пересечь Генные термины Онтологии с помощью “is_a” и “part_of” отношения.

Конструкция

geneont

Создайте geneont и term обьекты

Методы

getancestors	Найдите термины, которые являются предками заданного термина Генной онтологии (GO)
getdescendants	Найдите термины, которые являются потомками заданного термина Генной онтологии (GO)
getmatrix	Преобразуйте объект geneont в матрицу отношения
getrelatives	Найдите термины, которые являются родственниками заданного термина Генной онтологии (GO)

Свойства

дата	Вектор символов только для чтения, содержащий дату и время файл OBO, обновился
default_namespace	Вектор символов только для чтения, содержащий пространство имен, в которое ПЕРЕХОДЯТ термины, присвоен
format_version	Вектор символов только для чтения, содержащий версию кодирования файла OBO
термины	Вектор-столбец только для чтения с указателями, чтобы назвать объекты объекта geneont

Иерархия экземпляра

Объект geneont содержит объекты термина.

Копировать семантику

Указатель. Чтобы изучить, как это влияет на ваше использование класса, смотрите Копирование Объектов в MATLAB^® Документация Основ программирования.

Индексация

Можно использовать круглую скобку () индексирующий или с ПОЙТИ, идентификаторы (числа) или ИДУТ термины (объекты термина), чтобы создать подонтологию. Смотрите Примеры ниже.

Примеры

Пример 15. Индексация в Объект geneont Используя ПОЙТИ Идентификатор

Можно создать подонтологию путем индексации в объект geneont при помощи ПОЙТИ идентификатора.

Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology с сети в объект geneont в программном обеспечении MATLAB.
```
GeneontObj = geneont('LIVE', true)
```
Программное обеспечение MATLAB создает объект geneont и отображает количество объектов термина, сопоставленных с объектом geneont.
```
Gene Ontology object with 27769 Terms.
```
Создайте подонтологию путем возврата терминов с, ИДУТ идентификаторы GO:000005 через GO:000010.
```
subontology1 = GeneontObj(5:10)

Gene Ontology object with 6 Terms.
```
Создайте подонтологию путем возврата термина с ПОЙТИ идентификатором GO:000100.
```
subontology2 = GeneontObj(100)

Gene Ontology object with 1 Terms.
```

Пример 16. Индексация в Объект geneont Используя ПОЙТИ Термин

Можно создать подонтологию путем индексации в объект geneont при помощи ПОЙТИ термина.

Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology с сети в объект geneont в программном обеспечении MATLAB.
```
GeneontObj = geneont('LIVE', true)
```
Программное обеспечение MATLAB создает объект geneont и отображает количество объектов термина, сопоставленных с объектом geneont.
```
Gene Ontology object with 27769 Terms.
```
Создайте массив объектов термина, содержащих пятое через десятые термины объекта geneont.
```
termObject = GeneontObj.terms(5:10)

6x1 struct array with fields:
    id
    name
    ontology
    definition
    comment
    synonym
    is_a
    part_of
    obsolete
```
Примечание
ПОЙТИ термин 5 положение термина объект в объекте geneont и не обязательно то же самое как термин объект с ПОЙТИ идентификатором GO:000005 используемый в первом примере. Это вызвано тем, что существует много терминов, которые являются устаревшими и не включены как объекты термина в объекте geneont.
Создайте подонтологию путем возврата пятого через десятые термины объекта geneont.
```
subontology3 = GeneontObj(termObject)

Gene Ontology object with 6 Terms.
```

Смотрите также

goannotread | num2goid | term

Документация