Получите данные о формате Gene Expression Omnibus (GEO)
GEOData = getgeodata(AccessionNumber)
getgeodata(AccessionNumber,
'ToFile', ToFileValue)
GEOData = getgeodata(AccessionNumber,'TimeOut',TimeOutValue)
AccessionNumber | Вектор символов, задающий уникальный идентификатор для ГЕО Выборки (GSM), Набор данных (GDS), Платформа (GPL) или Ряд (GSE), записывает в базе данных GEO. Данные о Секвенировании следующего поколения не могут быть получены с помощью этой функции. Совет
|
ToFileValue | Вектор символов, задающий имя файла или путь и имя файла для того, чтобы сохранить данные. Если вы зададите только имя файла, тот файл будет сохранен в Текущей папке MATLAB. |
TimeOutValue | Тайм-аут связи в секундах в виде положительной скалярной величины. Значение по умолчанию равняется 5. Для получения дополнительной информации смотрите здесь. |
GEOData | Структура MATLAB, содержащая информацию для ГЕО записи, получена из базы данных GEO. |
GEOData = getgeodata(AccessionNumber)
| Поле | Описание |
|---|---|
Scope | Тип полученных данных (ВЫБОРКА, НАБОР ДАННЫХ, PLATFORM или РЯД) |
Accession | Инвентарный номер для записи в базе данных GEO. |
Header | Информация об эксперименте микромассивов. |
ColumnDescriptions | Массив ячеек, содержащий описания столбцов в данных. |
ColumnNames | Массив ячеек, содержащий имена столбцов в данных. |
Data | Массив, содержащий микроданные массива. |
Identifier (Только файлы GDS) | Массив ячеек, содержащий тестовые идентификаторы. |
IDRef (Только файлы GDS) | Массив ячеек, содержащий индексы к зондам. |
Примечание
В настоящее время, getgeodata функционируйте Выборка поддержек (GSM), Набор данных (GDS), Платформа (GPL) и Ряд (GSE) записи.
getgeodata( сохраняет данные, возвращенные от базы данных до файла. AccessionNumber,
'ToFile', ToFileValue)
Примечание
Можно считать ГЕО МЯГКО ОТФОРМАТИРОВАННЫЙ файл назад в программное обеспечение MATLAB с помощью geosoftread функция. Можно считать ГЕО отформатированный РЯДОМ файл назад в программное обеспечение MATLAB с помощью geoseriesread функция.
Для получения дополнительной информации смотрите
GEOData = getgeodata(AccessionNumber,'TimeOut',TimeOutValue)
geoStruct = getgeodata('GSM1768')