Exponenta Banner

geosoftread

Считайте данные Gene Expression Omnibus (GEO) в формате SOFT

Синтаксис

GEOSOFTData = geosoftread(File)
GEOSOFTData = geosoftread(File,'TimeOut',TimeOutValue)

Входные параметры

File

Любое из следующего:

  • Вектор символов или строка, задающая имя файла, путь и имя файла или URL, указывающий на файл. Файлом, на который ссылаются, является Файл примера формата SOFT Gene Expression Omnibus (GEO) (GSM), файл Набора данных (GDS) или Платформа (GPL) файл. Если вы задаете только имя файла, тот файл должен быть на MATLAB® путь поиска файлов или в Текущей папке MATLAB.

  • Символьный массив или вектор-столбец строк, который содержит текст ГЕО файла формата SOFT.

Совет

Можно использовать getgeodata функция с 'ToFile' свойство получить ГЕО данные о формате SOFT от базы данных GEO и создать ГЕО файл формата SOFT.

TimeOutValueТайм-аут связи в секундах в виде положительной скалярной величины. Значение по умолчанию равняется 5. Для получения дополнительной информации смотрите здесь.

Выходные аргументы

GEOSOFTDataСтруктура MATLAB, содержащая информацию от ГЕО файла формата SOFT.

Описание

GEOSOFTData = geosoftread(File) читает Файл примера формата SOFT Gene Expression Omnibus (GEO) (GSM), файл Набора данных (GDS) или Платформа (GPL) файл, и затем создает структуру MATLAB, GEOSOFTData, со следующими полями.

Поля Описание
ScopeТип чтения файла (ВЫБОРКА, НАБОР ДАННЫХ или PLATFORM)
AccessionИнвентарный номер для записи в базе данных GEO.
HeaderИнформация об эксперименте микромассивов.
ColumnDescriptionsМассив ячеек, содержащий описания столбцов в данных.
ColumnNamesМассив ячеек, содержащий имена столбцов в данных.
DataМассив, содержащий микроданные массива.
Identifier (Только файлы GDS)Массив ячеек, содержащий тестовые идентификаторы.
IDRef (Только файлы GDS)Массив ячеек, содержащий индексы к зондам.

Примечание

В настоящее время, geosoftread функционируйте Выборка поддержек (GSM), Набор данных (GDS) и Платформа (GPL) записи.

GEOSOFTData = geosoftread(File,'TimeOut',TimeOutValue) устанавливает тайм-аут связи (в секундах) считывать данные из удаленного файла или URL.

Примеры

Получите данные GSM с ГЕО веб-сайта и сохраните его в файл.

geodata = getgeodata('GSM3258','ToFile','GSM3258.txt');

Используйте geosoftread считать локальную копию файла GSM, вместо того, чтобы получить доступ к нему с ГЕО веб-сайта.

geodata = geosoftread('GSM3258.txt')

geodata = 

                 Scope: 'SAMPLE'
             Accession: 'GSM3258'
                Header: [1x1 struct]
    ColumnDescriptions: {6x1 cell}
           ColumnNames: {6x1 cell}
                  Data: {5355x6 cell}

Считайте файл GDS для фотосинтеза у протеобактерий.

gdsdata = geosoftread('GDS329.soft')

gdsdata = 

                 Scope: 'DATASET'
             Accession: 'GDS329'
                Header: [1x1 struct]
    ColumnDescriptions: {6x1 cell}
           ColumnNames: {6x1 cell}
                 IDRef: {5355x1 cell}
            Identifier: {5355x1 cell}
                  Data: [5355x6 double]

Смотрите также

| | | | |

Представлено до R2006a

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка