Оцените параметры скрытой модели Маркова (HMM) профиля с помощью псевдоколичеств
hmmprofestimate(Model, MultipleAlignment,'PropertyName',PropertyValue,...) hmmprofestimate(..., 'A',AValue) hmmprofestimate(..., 'Ax',AxValue) hmmprofestimate(..., 'BE',BEValue) hmmprofestimate(..., 'BDx',BDxValue)
Model | Скрытая модель Маркова создается с функциональным |
| Массив последовательностей. |
A | Свойство установить вес псевдоколичества A. Значением по умолчанию является |
Ax | Свойство установить вес псевдоколичества Ax. Значение по умолчанию равняется 20. |
BE | Свойство установить фоновые вероятности эмиссии символа. Значения по умолчанию взяты из |
BMx | Свойство установить фоновые вероятности перехода от любого состояния СООТВЕТСТВИЯ ([ |
BDx | Свойство установить фоновые вероятности перехода от любого состояния DELETE ([ |
hmmprofestimate (Модель, MultipleAlignment, ' возвращает структуру с полями, содержащими обновленные предполагаемые параметры HMM профиля. Эмиссия символа и вероятности изменения состояния оцениваются с помощью действительных количеств и взвесили псевдоколичества, полученные с фоновыми вероятностями. Весом по умолчанию является PropertyName', PropertyValue...)A=20, фоновая эмиссия символа по умолчанию для соответствия и вставляет состояния, взят из Model.NullEmission, и фоновые вероятности перехода по умолчанию совпадают с вероятностями перехода по умолчанию, возвращенными hmmprofstruct.
Типовая конструкция: Несколько выровненных последовательностей должны содержать прописные буквы и тире, указывающих на состояния модели MATCH и DELETE, соглашающиеся с Model.ModelLength. Если аннотация состояния модели отсутствует, но MultipleAlignment выровненный пробел, затем "максимальная энтропия" критерии используется, чтобы выбрать Model.ModelLength состояния.
Примечание
Вставьте и фланг вставляют вероятности перехода, не оцениваются, но может быть изменен впоследствии с помощью hmmprofstruct.
hmmprofestimate (..., устанавливает вес псевдоколичества AValue)A = Avalue при оценке вероятностей эмиссии символа. Значением по умолчанию является 20.
hmmprofestimate (..., 'Ax', устанавливает вес псевдоколичества AxValue)Ax = Axvalue при оценке вероятностей перехода. Значение по умолчанию равняется 20.
hmmprofestimate (..., 'BE', устанавливает фоновые вероятности эмиссии символа. Значения по умолчанию взяты из BEValue)Model.NullEmission.
hmmprofestimate (..., 'BMX', устанавливает фоновые вероятности перехода от любого состояния СООТВЕТСТВИЯ ([BMxValue)M-> M M-> I M-> D]). Значения по умолчанию взяты из hmmprofstruct.
hmmprofestimate (..., 'BDx', устанавливает фоновые вероятности перехода от любого состояния DELETE ([BDxValue)D-> M D-> D]). Значения по умолчанию взяты из hmmprofstruct.
