Постройте профиль скрытой модели Маркова (HMM)
showhmmprof(Model)
showhmmprof(Model,
...'Scale', ScaleValue, ...)
showhmmprof(Model, ...'Order', OrderValue,
...)
Model | Скрытая модель Маркова создается функцией gethmmprof или pfamhmmread. |
ScaleValue | Свойство выбрать шкалу вероятности. Введите одно из следующих значений:
|
OrderValue | Свойство задать порядок алфавита аминокислоты. Введите вектор символов или строку с 20 стандартными символами аминокислот A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V. Неоднозначные символы B Z X не позволены. |
showhmmprof( строит профиль скрытая модель Маркова, описанная структурой Model)Model.
showhmmprof (..., ' вызовы PropertyName', PropertyValue, ...)showhmmprof с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
showhmmprof(задает шкалу, чтобы использовать. Если логарифмические вероятности (Model,
...'Scale', ScaleValue, ...) ScaleValue= 'logprob'ScaleValue= 'prob'ScaleValue= 'logodds'ScaleValue'logprob'.
showhmmprof( задает порядок, в котором символы располагаются вдоль вертикальной оси. Эта опция позволяет вам, переупорядочивают алфавит и группируют символы согласно их свойствам.Model, ...'Order', OrderValue,
...)
Загрузите пример модели.
model = pfamhmmread('pf00002.ls');Постройте профиль.
showhmmprof(model, 'Scale', 'logodds')
Закажите алфавит гидрофобностью.
hydrophobic = 'IVLFCMAGTSWYPHNDQEKR';Постройте профиль.
showhmmprof(model, 'Order', hydrophobic)
gethmmprof | hmmprofalign | hmmprofestimate | hmmprofgenerate | hmmprofstruct | pfamhmmread