Сгенерируйте случайную последовательность, чертившую из скрытой модели Маркова (HMM) профиля
Sequence = hmmprofgenerate(Model)
[Sequence, Profptr]
= hmmprofgenerate(Model)
... = hmmprofgenerate(Model, ...'Align', AlignValue, ...)
... = hmmprofgenerate(Model, ...'Flanks', FlanksValue, ...)
... = hmmprofgenerate(Model, ...'Signature', SignatureValue, ...)
Model | Скрытая модель Маркова, созданная с |
AlignValue | Управляет использованием прописных букв для соответствий и строчных букв для вставленных букв. Выбором является |
FlanksValue | Средства управления включение символов, сгенерированных FLANKING, ВСТАВЛЯЮТ состояния в выходную последовательность. Выбором является |
SignatureValue | Управляет возвратом наиболее вероятного пути и символов. Выбором является |
Sequence = hmmprofgenerate(Model)Model. Длина, алфавит и вероятности Model хранятся в структуре. Для получения дополнительной информации об этой структуре, смотрите hmmprofstruct.
[ возвращает вектор из той же длины как модель профиля, указывающая на соответствующие состояния в выходной последовательности. Нулевые указатели (0) среднее значение, что такие состояния не существуют в выходной последовательности, также потому что они никогда не трогаются (i.e., спрыгивает с состояния BEGIN, чтобы СОВПАДАТЬ с состояниями, или от состояний СООТВЕТСТВИЯ в конец утверждают), или потому что состояния DELETE не находятся в выходной последовательности (не выровненный выход; смотрите ниже).Sequence, Profptr]
= hmmprofgenerate(Model)
... = hmmprofgenerate ( вызовы Model PropertyName ', PropertyValue, ...)hmmprofgenerate с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
... = hmmprofgenerate( если Model, ...'Align', AlignValue, ...)Align true, выходная последовательность выравнивается к модели можно следующим образом: прописные буквы и тире соответствуют СООТВЕТСТВИЮ, и состояния DELETE соответственно (объединенное количество равно количеству состояний в модели). Строчные буквы испускаются ВСТАВЛЕНИЕМ, или FLANKING ВСТАВЛЯЮТ состояния. Если AlignValue false, выход является последовательностью символов верхнего регистра. Значением по умолчанию является true.
... = hmmprofgenerate( если Model, ...'Flanks', FlanksValue, ...)Flanks true, выходная последовательность включает символы, сгенерированные FLANKING, ВСТАВЛЯЮТ состояния. Значением по умолчанию является false.
... = hmmprofgenerate( если Model, ...'Signature', SignatureValue, ...)SignatureValue true, возвращает наиболее вероятный путь и символы. Значением по умолчанию является false.
load('hmm_model_examples','model_7tm_2') % load a model example
rand_sequence = hmmprofgenerate(model_7tm_2)